Одновременно с тем, как происходило низложение Никона, делались распоряжения об изъятии из-под его власти всех трех монастырей, которыми он владел прежде. На другой же день после словесного над ним приговора, т. е. 6 декабря, уже послана была в Иверский монастырь царская грамота архимандриту Филофею и наместнику Паисию, чтобы они не слушались ни в чем поставленного Никоном строителя, старца Евфимия, и не давали ему никакой воли ни в монастырской казне, ни в монастырских вотчинах, равно как и никому другому, если еще кого пришлет Никон, а сами заведовали всем впредь до государева указа и чтобы теперь же оба прибыли в Москву, взяв с собою старца Филагрия с товарищи, которых прислал Никон в Иверский монастырь под начало. А 12 декабря, когда был прочитан и письменный приговор над Никоном, от патриархов и всего Собора с соизволения государя последовал приказ новоспасскому келарю Варлааму да подьячему Авдию Федорову, чтобы они ехали в Крестный монастырь и сделали там подробную перепись всего имущества, монастырского и церковного, всей братии и службников, всех монастырских вотчин и прочих владений и, переписав, приказали ведать всем этим местному архимандриту, келарю, казначею и соборным старцам впредь до указа государева, а отнюдь не слушаться тех, кого будет присылать Никон; чтобы выслали в Москву из Крестного монастыря старца Евстратия и других, битых Никоном и сосланных туда из Воскресенского монастыря, и чтобы допросили иноков, службников и крестьян, которые по приказу Никона были биты кнутьем, или какими пытками пытаны, или у кого руки и ноги ломаны, и взяли у тех людей сказки за руками их духовных отцов, и скоро прислали в Москву. Такое же распоряжение сделано было и относительно Воскресенского монастыря.