Недостаток обвинительных показаний не смущал устроителей собора. Они уцепились за слова Артемия о „наветующих" (клевещущих) на него - и потребовали „дважды и трижды, чтоб (Артемий) наветующих поименно назвал" перед собором. Это было невозможно - ведь наветы делались тайно и нельзя было доказать, что именно тот или иной человек шептал на ухо митрополиту или царю. К тому же было весьма вероятно, что доносители сидели сейчас в составе судей на соборе. Удар был нанесен с тонким расчетом. Собор обвинил Артемия в том, что тот ушел из Москвы, точнее „сбежал безвестно", не очистившись от „наветов" перед царем и митрополитом. В подтексте явно звучала мысль, что, таким образом, заволжский старец косвенно признал правоту обвинений, к которым устроители собора и перешли.
Дальнейшие события показали, что справиться с писателем, позволив ему говорить, не так-то просто даже всей своре иосифлян. Артемий не был сломлен, как Башкин, и держался перед судом с редкостным в те жестокие времена достоинством. Когда, писал Курбский, „Артемий был истязай и вопрошен, он, как неповинный, со всякой кротостью отвечал о своем правоверии; лжеклеветников же, лучше сказать сикофантов (доносчиков), спросили о доказательствах - они представили мужей скверных и презлых. Старец же Артемий отвечал, что они не достойны свидетельствовать". Об отводе свидетелей обвинения соборная грамота не говорит ни слова, и далее ее составителям все чаще приходится использовать фигуру умолчания.
Иосифляне выпустили на арену своего верного пса, „наветчика главного, Нектария монаха, ложно клевещущего", бывшего ферапонтовского игумена. Тот сразу выложил собору целую кучу обвинений: 1) „Артемий ему говорил о Троице, что в книге Иосифа Волоцкого (непререкаемого авторитета для стяжателей! - А. Б.) написано нехорошо; 2) „Артемий еретиков новгородских не проклинает"; 3) он „латинян (католиков) хвалит"; 4) „поста не хранит - во всю четыредесятницу рыбу ел да и на Воздвиженьев день у царя… за столом рыбу ел же".
По первым трем пунктам обвинения Артемий ответил так, что даже господствовавшие на соборе иосифляне не смогли его ни осудить, ни даже записать ответов в соборной грамоте. Только из ответа по четвертому пункту они смогли извлечь некоторую выгоду: опуская объяснение Артемия о преимуществе внутреннего поста перед внешним, ритуальным, они записали в грамоте, что обвиняемый действительно нестрого соблюдал пост. Хотя это был лишь факт его жизни, собор обвинил Артемия в сознательном „соблазнении" людей к нарушению „божественного устава и священных правил".
Видя малую результативность своих трудов, ретивый доносчик Нектарий продолжил „наветовать": он утверждал, что „Артемий ездил из Пскова из Печерского монастыря в Новый городок немецкий (Нейгауз. - А. Б.) и там веру их восхвалил". Артемий объяснил, что хотел спорить о вере, чего православная церковь никогда не запрещала. Тем не менее его обвинили под нелепым предлогом, что католичество-де „от православной веры отречено и проклятью предано".
Нектарий и далее не унимался, возводил на Артемия „многие богохульные и иные еретические вины", но обвинения были, видимо, еще нелепее, так что в соборной грамоте они не записаны, а ответы Артемия сведены к заявлению: „…теми богохульными и еретическими винами Нектарий меня клеплет, я того не говорил и во всех тех делах неповинен!" Войдя в раж, клеветник стал ссылаться на свидетелей, которые должны были подтвердить его слова. По навету Нектария на собор были вызваны монахи Ниловой пустыни Тихон, Дорофей и Христофор Старый, соловецкий старец Иоасаф Белобаев и суздальский архимандрит Феодорит Соловецкий (о котором соборная грамота не случайно умалчивает). Феодорит прямо обличил Нектария как бесчестного человека, лгущего на невинного. „Тогда, - пишет Курбский, - епископ суздальский, пьяный и сребролюбивый, в ненависти первый, заявил: Феодорит - давний согласник и товарищ Артемиев, он, наверное, и сам еретик, потому что с Артемием в одной пустыни немало лет прожил". Не испугавшись угроз, Феодорит стоял на своем. После собора он был лишен звания архимандрита и испытал в своей долгой подвижнической жизни еще немало преследований.
Показаний Феодорита не записали, но и другие призванные Нектарием свидетели единодушно заявили на соборе, „что они про хулы Артемия на Божественное писание и на христианский закон не слыхали ничего; и поэтому, - с грустью сообщает соборная грамота, - царь и великий князь не казнил Артемия, потому что Нектариевы свидетели Нектариевы речи не говорили". Чтобы как-то спасти лицо своего подручного, составлявшие соборную грамоту иосифляне внесли в нее бездоказательное, противоречащее предыдущему тексту заявление, будто участники собора „иных (каких?) свидетельств Нектария на Артемия не бросили, потому что Нектарий на Артемия иные (какие?) свидетельства привел".