На Востоке Нидермайер оказался еще до Первой мировой войны – в 1912 году двадцатисемилетний Нидермайер был командирован Мюнхенским университетом в составе научной экспедиции в Азию, Индию, Аравию, Палестину и Персию, пробыв в ней большую часть этой двухлетней командировки.
В октябре 1914 года Нидермайер был отозван с Западного фронта в Берлин, где командование поручило ему (хорошо знавшему местные традиции) организацию секретной миссии на Востоке, направленной против англичан. Число участников миссии капитана германского Генерального штаба Нидермайера в разных источниках называется от 80 до 400 человек. Причем в состав миссии были включены не только германские и австро-венгерские разведчики и агенты, но и турецкие «специалисты», а также борцы за свободу Индии от английского господства Махендра Пратап, Мухаммад Баракатулла и другие соратники. Дипломатическое руководство миссией, имевшей полномочия германского правительства и рейхстага на заключение военного и торгового соглашений с Афганистаном, было возложено на капитана О. фон Хентига. Часть миссии, в том числе сотрудники, везшие переписку (среди сопроводительных посланий были письма кайзера и турецкого султана к афганскому эмиру) и часть багажа, были схвачены при переходе афганско-персидской воинами русского казачьего отряда из Хорасана.
Но Нидермайер и большинство его подчиненных прибыли в столицу Афганистана, где им удалось заключить с афганским руководством германо-афганское соглашение, предусматривающее вступление страны в войну против России и Англии. Текст этого соглашения (в зашифрованном виде) был отправлен с капитаном В. Пашеном в Тегеран и затем – в Берлин. Но афганский владыка эмир Хабибулла хотел, чтобы ему из Германии прислали 100 тысяч винтовок и 200 орудий со всем необходимым материалом. При этом английское правительство он заверял в миролюбии, поскольку сомневался в победе германского оружия, партии которого, обещанные Нидермайером, как и крупные суммы денег, в Афганистан так и не прибыли.
После десяти месяцев, проведенных на афганской территории, Нидермайер отправился обратно в Персию, но его группа столкнулась с «восточно-персидским кордоном», состоящим из воинов англо-индийских военных подразделений и наемных ополченцев из местных племен, которые были набраны в Хорасане, Систане и Белуджистане. «Кордон» препятствовал появлению германских и турецких агентов в Афганистане и английской Индии. В Юго-Западную Персию Нидермайер со спутниками смогли попасть через территорию Туркестана.
Согласно данным ученого-востоковеда, доктора исторических наук Салеха Мамедоглы Алиева (Алиев, С.М. История Ирана. XX век. М.: Ин-т востоковедения РАН), «к этому времени здесь уже функционировало сформированное в начале 1916 г. английскими военными властями особое вооруженное подразделение иранских наемников – “Южноперсидские стрелки” (“South Persian Rifles”). Ими руководил генерал сэр Перси Сайкс. Одной из главных задач подразделения, которым командовали британские офицеры, была зачистка юго-западных и центральных провинций Ирана от действовавших там германских и турецких эмиссаров и пропагандистов (утверждавших, что «у порабощенных народов есть один друг – народ немецкий, а у ислама защитник – перед Аллахом пророк, а на грешной земле – германский император»). Одновременно «стрелки» вели военные действия против иранских полукочевых племен, совершавших вооруженные рейды против английских учреждений и предприятий в упомянутых районах и в соседних провинциях. Эта операция в основном была завершена лишь к январю 1917 г.
Нам удалось обнаружить в бывшем Военно-историческом архиве в Москве документ, отправленный из дипломатической миссии в Тегеране на имя российского посланника в Иране. В нем сообщается, что из Шираза в Исфахан была выслана «партия вражеских агитаторов, задержанных в разное время в Южной Персии… для передачи их в Исфахане русским войскам и выдворения в Россию в качестве военнопленных». Указанная «партия» пленных состояла из 66 человек, в числе которых были такие известные разведчики, как уже упомянутый Нидермайер, а также Цугмайер, Шредер, австрийцы, турки, иранцы (бывшие иранские жандармы, перешедшие в начале Первой мировой войны на сторону германо-турецкого блока). Вся группа была передана русским военным властям. Под российским конвоем пленные были отправлены в Баку, далее – в лагерь для военнопленных, расположенный на небольшом острове в Каспийском море – Наргин».
После возвращения на родину в марте 1917 года принятый императором Вильгельмом II Нидермайер был награжден орденом за операции в Афганистане и Персии.
Как зафиксировано в протоколе допроса в НКВД бывшего командующего добровольческими силами Западного фронта немцев генерал-майора фон Нидермайера, он сообщил, что «с ноября 1914 года по 1916 год руководил экспедицией в Иране и Афганистане, предпринятой по заданию германского генштаба с целью организации там повстанческого движения против англичан. С конца 1916 года […] являлся помощником начальника штаба фронта на Ближнем Востоке…»