Хотя еврейская колония казалась довольной своей военной ролью и, бесспорно, вознаграждениями от торговли, которые она им обеспечивала, у них возник серьезный конфликт с местными жрецами храма бога-барана Хнума, построенного на острове задолго до приезда поселенцев. Евреи имели собственный храм и жертвенный алтарь Яху (Яхве), «Бога небесного» по книгам Ездры и Неемии, единственный известный нам за пределами Иерусалима. В письмах на папирусе рассказывается, как жрецы Хнума разрушили этот храм во время мятежа 410 г. и как евреи пытались добиться его восстановления, посылая письма высоким персидским властям в Египет и Палестину, в том числе Багохи, персидскому правителю Иудеи, преемнику Неемии. Среди этих документов, кроме деловых писем, разрешений на брак и рукописей рабов, был и полный перевод на арамейский язык бехистунской надписи Дария.
Поскольку в то время Арсам отсутствовал, евреи адресовали свои письма Багохи в Иерусалим и сыновьям Санбаллата, правителя Израиля и Самарии. Они жаловались, что Иоханан, верховный жрец Иерусалима, не отвечал на их письма, но в конечном счете контакт был установлен с самим Арсамом, и петиция была направлена ему. В сохранившейся копии жрецы Элефантины в качестве особого условия оговаривали, что в храме не будут приносить в жертву животных, только еду и питье. Беспокоились ли жрецы задеть чувствительность зороастрийца Арсама, напомнив ему, что они загрязняют огонь, сжигая части тел животных? Более вероятно, что они стремились успокоить евреев у себя на родине, поскольку после очищения и мер по централизации еврейского религиозного закона, осуществленных Ездрой и Неемией, он не мирился с неортодоксальными взглядами, допускающими возможность воспользоваться каким бы то ни было местом за пределами Иерусалима для сожжения подношений Яхве. Дальнейшим отражением централизации закона евреев при персидском режиме и понимания Арсамом еврейских дел служит его письмо, написанное до разрушения храма Элефантины, в котором он приказывает колонистам праздновать Пасху согласно законам Пятикнижия. В этих папирусах, таким образом, не только подтверждается отсутствие Арсама и факт непослушания, но в папирусе 35-м упоминается о вступлении во власть Амиртея, названного там царем.
В опубликованном позднее наборе арамейских папирусов из Элефантины, находящемся теперь в Бруклинском музее, история колонии продолжена чуть дальше. Там показано, что в некоторой форме роль персов сохранялась в Египте в правление Артаксеркса II до конца 402 г. до н. э., или до зимы, предшествующей мятежу Кира Младшего. Кажется вероятным, что Египет избавился от персидского владычества лишь с началом мятежа Кира, поскольку папирусы из Бруклина показывают, что Элефантина все еще зависела от Артаксеркса II в зиму, предшествующую
Интерес Арсама к Египту не исчерпывался одной политикой, а был глубже: он поместил сюда значительные суммы денег. По курьезной случайности кое-что из его деловой переписки обнаружилось в Египте в запечатанной кожаной дипломатической сумке и приобретено в 1944 г. Бодлейской библиотекой Оксфорда. Сумка содержит 12 полных писем и фрагментов, написанных на официальном арамейском языке на полосах кожаного пергамента, в том числе письма от Аршамы (Арсама) Нетихуру, египетскому чиновнику, ответственному за контроль над обширными личными владениями Арсама в Нижнем Египте. Речь в них идет о земных вопросах: о сборе доходов, о передаче доходов отца его сыну, заменившего его в должности, приказы предстать перед сатрапом, освободить незаконно захваченных солдат. Одно из писем служит паспортом для Нетихура. На основании содержания этих писем следует считать, что написаны они Арсамом главным образом во время его отсутствия в Египте в 411–410 гг. до н. э. В одном говорится о его возвращении, в другом – о затруднениях «во время нашего отсутствия». Добавим к этому утверждение одного из элефантинских папирусов, что местный отряд египетских войск взбунтовался «в четырнадцатый год царя Дария, когда наш господин Аршама уехал к царю», и мы получим замечательное свидетельство о египетском мятеже 410 г.