Империя расширялась с большой скоростью, и, поскольку она росла, была создана необходимая социальная организация. Император в главе ее являлся абсолютным монархом, и долгое время им был сын, хотя не обязательно старший сын своего предшественника. Хотя имя Инка часто присоединяется к его званию без всяких дополнений, полное имя императора звучало Сапа Инка, что означало «уникальный Инка», хотя он имел и другие имена, включая Интипа Кориа – Сын Солнца, из-за его предполагаемого прямого сошествия с солнца, – на основании чего ему поклонялись как богу в течение жизни, так же как и после его смерти. Его деспотизм был лишен великодушия, он беспокоился о материальном благосостоянии своих людей, зная, что это необходимо для процветания государства и его же собственного благополучия. Император имел главную жену, Койа, – его родную сестру, но у него было много жен рангом пониже, от которых он имел много детей.
Потомки мужского пола каждого императора формировали то, что называлось королевским айлью, они и составляли главную аристократию, т. е. чистокровных инков. Слово «айлью» обозначает группы, на которые делилось большинство андских племен; айлью являлись группами родственников или семейств, объединенных родством по мужской линии, и браки заключались в пределах этих групп. Иногда такая группа называлось кланом, но она не была кланом в строгом смысле, так как кланы объединены родством по женской линии и экзогамны. Инки использовали айлью побежденных племен, перегруппировывали их, если это было необходимо, чтобы делать деревенские общины более удобными в управлении, так что эти общины имели переменный размер, а иногда становились просто группами не связанных между собой семейств. Каждый айлью располагал землями, которые делились на три части, одна часть для императора, вторая – для Солнца и третья – непосредственно для айлью; культивирование первых двух частей было нормальной формой тогдашнего налогообложения, и полученная таким образом продукция использовалась для обслуживания правителей и религиозных нужд. Айлью группировались в области, и в пределах каждой области они разделялись на две, а в больших областях на три части, аналогичные верхней, или ханан, и низшей, или хорин, изначальным составляющим племен инков. Области, в свою очередь, были сгруппированы в известные четыре четверти империи: Чинчасуйу – на северо-западе, Куннтисуйу – на юго-западе, Антисуйу – на северо-востоке и Колласуйу, включая область Титикака, – на юго-востоке, которые сходились вместе в Куско по линиям, направленным приблизительно с севера на юг и с востока на запад.
Администрация областей, равно как и меньших отделов империи, требовала множества должностных лиц, и ко времени испанского завоевания появился двойной благородный класс – собственно инки, которые удерживали наиболее высокие посты, и менее уважаемые – кураки. Чистокровных инков, входящих в королевские айлью, было много, и все же они не могли занять все высокие посты, и Пачакути создал новый привилегированный класс инков из других кечуаязычных племен. Всех их можно было распознать по особенным головным повязкам и большим серьгам, за что испанцы назвали их орехонес, или «большие уши». Кураками стали вожди некоторых побежденных племен, безоговорочно подчинившихся инкам, они имели под своим руководством административные единицы численностью в сотни и более налогоплательщиков. Оба вышеупомянутых класса были наследственными и освобождались от налогообложения.
Все четыре четверти империи и ее провинции управлялись инкской знатью, и в пределах областей айлью были сгруппированы и разделены в общности, составлявшие приблизительно 10 тысяч, 5 тысяч, 1 тысячу, 500 и 100 налогоплательщиков или семейств, каждая под руководством своего курака соответствующего положения. Под их руководством находились ненаследственные должностные лица, несшие ответственность уже за 50 и 10 налогоплательщиков. Далее население разделялось на двенадцать возрастных групп, каждая с определенными обязанностями и привилегиями. Как уже отмечалось, нормальной формой налогообложения была сельскохозяйственная работа, но существовал также специальный трудовой налог – мита, служба в армии, строительство дорог, обустройство шахт и выполнение других общественных работ. Ремесленники и специалисты платили дань продуктами своего труда или применением способностей, например посыльные, имевшие свои посты на дорогах и отправлявшие почтовые сообщения от одного поста до другого, были задания и для обработчиков металла и ткачей. Такие работники поддерживались из общественных кладовых, а у тех, кто временно находился далеко от дома или выполнял задачи мита, их айлью возделывал земли и поддерживал их семейства. Эта система была столь эффективной, что, полагают, инки взимали мита для выполнения ненужных задач, лишь бы отвлечь людей от безделья и беспорядков.