Невозможно понять природу империи инков, не имея некоторого представления относительно ее религии, на которой была основана вся ее жизнь и неотъемлемой частью которой являлся и сам правитель. Во главе сверхъестественной иерархии стоял бог-создатель, сотворивший не только все земные объекты, но также и других богов. Он имел различные имена, но чаще всего известен под испанизированной версией одного из них, Виракоча, означавшей «Господь». Создатель был довольно далек от каждодневных проблем, и, хотя он и изображался в некоторых храмах в человеческом обличье, больше внимания уделялось низшим богам – его представителям. Пачакамак, бог внушительного прибрежного святилища, носившего то же название, был весьма почитаем на побережье, и, когда религиозная система инков поглотила его в свою религиозную систему, создалось впечатление, что это был тот же бог-создатель, Виракоча, только под другим именем. Ниже Виракоча почитались небесные тела, солнце, луна, некоторые из звезд и Венера, а также земля и море. Солнце для горцев имело особую важность, частично из-за потребности в нем для созревания зерна и спасения от холода, который спускался на разреженную атмосферу Анд, когда солнце заходило, и частично потому, что это был личный бог и предок императора и его семейства.
Несмотря на это, известный храм в Куско, остатки которого все еще можно найти в доминиканском мужском монастыре, не был прежде храмом Солнца, хоть его так называют, поскольку главное место в пантеоне занимал Виракоча, а солнце довольствовалось второстепенным положением вместе с луной, громом, звездами и другими. Судя по сохранившимся руинам, здания храма состояли из множества прямоугольных палат, расположенных вокруг двора в пределах стены ограждения, и, хотя он был построен из самого лучшего камня и украшен золотыми пластинами, план его ничем не отличался от обычного дома, и его справедливо описывали как жилище богов, похожее на жилые дома людей. Такие храмы и действительно являлись жилищами богов и их обслуги, так как именно там сохранялись их золотые изображения и выносились из храма на площади городов для больших общественных церемоний.
Ниже главных богов почиталось большое количество местных святынь и объектов поклонения, называемых уака от слова кечуа, означающего святилище, хотя различные объекты, к которым оно применяется, вероятно, лучше было бы описать как святыни. Эти объекты поклонения чрезвычайно разнообразны по характеру, сюда относились и ручьи, и камни, и холмы, и пещеры, а также могилы и мумии. Мумиям предшествующих императоров оказывалось особое почтение. О такой мумии заботился королевский айлью, состоящий из потомков усопшего. В более поздние времена мумии хранились во дворцах, в которых пребывали в течение жизни, и обращались с ними, как с живыми, насколько это было возможно. Их, подобно великим богам, по большим праздникам выносили на площади Куско. Близ Куско, в Кенко, стоит интересная святая скала, где массивный пик известняка 20 футов высотой, подошва которого обрамлена прямоугольной платформой из камня, создает впечатление эллиптического амфитеатра, обложенного низкой каменной стеной. Горные перевалы и труднопроходимые места на дорогах почитались и ранее, и даже сейчас в этих местах люди читают молитвы и добавляют камень или жевательную коку к груде камней у стороны дороги, называемой апакита. Существовало также широкое разнообразие личных носимых с собой амулетов (фото 63), подобных уже упомянутым каменным фигурам альпака, – это изображения початков кукурузы или картофеля, кристаллы и причудливые камешки.