Двери часовни открылись для публичного посещения в пятницу, 3 июля, в восемь часов утра. Более 50 000 человек прождали всю ночь, чтобы засвидетельствовать свое последнее почтение погибшим. Такого общественного сочувствия давно уже никто не удостаивался. С наследным принцем Рудольфом можно было прийти проститься в течение всего дня, и потом этот период был еще продлен из-за большого числа пришедших; в 1895 г. попрощаться с эрцгерцогом Альбрехтом, инспектором императорской армии, можно было в течение двух дней, утром и после обеда. На то, чтобы люди могли проводить в последний путь Франца Фердинанда и Софию, было отведено всего четыре часа. И в довершение всего Монтенуово распорядился, чтобы во время траурной мессы одновременно в часовне могли находиться не более двух человек. Один из присутствующих отмечал, что «священник, читающий молитвы, выглядел очень убого. И все это выглядело очень, очень плохо». Хотя большая очередь пришедших людей тянулась далеко вдоль Рингштрассе, в полдень двери часовни закрылись, и десяткам тысяч людей пришлось вернуться, так и не попрощавшись.
София, Макс и Эрнст прибыли в Вену вместе с братьями и сестрами их матери и остановились в Бельведере у их бабушки, Марии Терезии. Им не было разрешено присутствовать в часовне на похоронной службе; морганатические потомки морганатического брака, они были признаны недостойными находиться вместе с Францем Иосифом и другими членами Императорского дома. Им было даже запрещено проводить своих родителей в последний путь из часовни по улицам города.
Горьким напоминанием об отсутствующих на службе детях стал большой венок из белых роз около гробов их родителей. На его траурных лентах было просто написано: «София, Макс, Эрнст». Последние знаки внимания, оказанные погибшим, наполняли часовню: венок из белых роз от короля Георга и королевы Марии с подписью: «В память о дружбе и симпатии, от британской королевской семьи»; цветы от королевских семей Европы и глав иностранных государств, в том числе от американского народа и президента Вудро Вильсона; был даже венок от гильдии обувных дел мастеров Нижней Австрии. Но от Габсбургов был только венок наследной принцессы Стефании. От других членов императорской семьи не было ничего.
Похороны состоялись в четыре часа пополудни. Британский посол Морис де Бунзен отмечал, что «многих комментариев заслужило решение провести отпевание в небольшой церкви Хофбурга, вместо того чтобы выбрать место, способное вместить большее количество людей». Император, в белом кителе армейского генерала, вместе с эрцгерцогами и эрцгерцогинями императорского дома, находился на галерее часовни. Придворные, министры, представители провинций, мэры Вены и Будапешта, президент парламента Австрии, члены дипломатического корпуса, представлявшие правительства своих стран, а также другие высокопоставленные гражданские чиновники заполнили церковь. Европейцы заняли первые ряды; американский представитель оказался на второй галерее, в верхней части часовни.
Зазвонили колокола, и принц-кардинал Вены, архиепископ Пиффль окропил гробы святой водой и окурил ладаном. Церковный хор исполнил