12 марта 1938 г., когда они еще находились в своем временном убежище, немецкие войска с триумфом вступили в Австрию и Берлин объявил аннексию, Австрия стала частью немецкого рейха. Макс с Эрнстом пытались укрыться на территории отеля «Империал», но с приходом нацистов в город управляющий отелем попросил их немедленно уйти. Затем они пытались найти убежище на квартире капитана Вуда, стараясь скрыться под вымышленными именами. Но спустя всего четыре дня настойчивый стук в дверь прервал семейный ужин. Это было гестапо с ордером на арест Эрнста. Его антинацистская деятельность сделала его врагом государства, но его также ложно обвиняли и в смерти четырех шахтеров, работавших в окрестностях Айзенэрца, которые погибли по собственной неосторожности. На самом деле шахтеры не были его рабочими, но нацисты считали, что и самого обвинения будет достаточно для представления Эрнста преступником. Его арест в ту ночь поверг в состояние шока всю семью. Несколько дней спустя один друг Макса предупредил его, что гестапо придет и за ним, так как он выступал за возвращение Габсбургов на трон. Если бы Макс сбежал, его брата могли убить, и 18 марта он сам сдался немецким оккупационным властям. Два брата снова встретились уже в тюремной камере и подверглись жестоким допросам. Им не приходилось рассчитывать на суд, так как они считались врагами Третьего рейха. В ночь с 25 на 26 марта их вывели из тюремной камеры и затолкали в грузовик, который помчал их в неизвестном направлении по ночным улицам Вены.
Их привезли в концентрационный лагерь Дахау, расположенный в окрестностях Мюнхена. Максу было уже тридцать шесть лет, а Эрнсту почти тридцать четыре. Когда они попали в ад Дахау, они оба были высокого роста, с усами, и сложенные, как и их отец. Они всегда отказывались вспоминать о пережитом в концлагере кошмаре, даже со своими ближайшими родственниками. Но их молчание не могло скрыть тех травмирующих переживаний, что довелось им вынести.
После того как они прошли через Jourhaus Tor с их печально известным девизом
Каждое утро в половине шестого Макс и Эрнст вместе с другими заключенными выходили из бараков и шли на
Истощение, недоедание и болезни косили ряды заключенных. Те, кто не пал жертвой суровых условий содержания, постоянно пребывали в страхе перед пытками и казнью. Избиения, марш-броски, жуткие расстрелы и повешения постоянно отмечали дни узников. Но Макс и Эрнст сохраняли спокойствие и выдержку на протяжении всех своих злоключений. Перенесенные до прибытия в Дахау трагедии и неопределенность лишь укрепили их непоколебимую религиозную веру. Один заключенный рассказывал, что их «непоколебимость и неустрашимость являлись вдохновляющим примером для всех остальных. Даже в своей грязной и оборванной тюремной одежде они оставались настоящими джентльменами и благородными людьми. Во время кратких минут отдыха они лежали вместе с нами в пыли и делились кусочками сахара, которые им удалось где-то раздобыть. Среди всех узников лагеря не было ни одного человека, который не относился бы к Гогенбергам с большим уважением; они являли собой пример для новоприбывших, как не сломаться и выжить».