Критики использовали малейший повод и раздували его до чудовищных размеров. Через несколько лет после брака император, путешествуя по Богемии, остановился возле Конопишта. Франц Фердинанд пришел, чтобы поприветствовать своего дядю. Вместе с ним была София, о чем не было предварительно сообщено. «Для любого наблюдателя было очевидно, — писал Маргутти, — что пожилой император ищет повода побыстрее закончить вынужденный разговор с Софией». Когда императорский поезд наконец отбыл, придворные начали, перебивая друг друга, высказывать «тревогу и опасения», вызванные неожиданным визитом Софии, приводя его в качестве доказательства ее истинных намерений. Старший адъютант императора граф Эдуард Паар даже сравнивал Софию с графиней Мирафиори, печально известной любовницей, а потом и морганатической супругой короля Италии Виктора Эммануила. Слухи о нелестном сравнении быстро дошли до Софии. «Это оскорбление для меня! — сказала она. — Вы не можете так говорить, граф. Я не Мирафиори!» По сравнению с коварной королевской фавориткой София была потерпевшей стороной, однако двор использовал этот случай против нее, настаивая, что ее «необузданное честолюбие и изворотливый ум покажут ей дорогу, как воплотить свои стремления в реальность».
Эти ложные обвинения, бросаемые Софии, стали со временем представляться многим реальным фактом. «Говоря о Софии справедливо, — писала ее знакомая Дейзи, принцесса Плеса, — я должна сказать, что верю в то, что она никогда не питала никаких политических или династических амбиций». И это была правда: София никогда не строила никаких хитроумных планов, чтобы получить власть для себя и своих сыновей, как и не стремилась оказаться в центре нежелательного внимания. Все, что она хотела, — сделать своего мужа и их детей счастливыми. Как рассказывает ее правнучка принцесса Анита, она «никогда не пыталась выставить себя вперед» и была осторожна в своих поступках, зная, что недоброжелатели всегда в поиске новых боеприпасов, которые они смогли бы направить против нее и ее мужа.
Франц Фердинанд не допускал ее до обсуждения политических решений. «Женщины, — утверждал он, — должны быть на кухне, за бокалом вина и в постели». Личный секретарь эрцгерцога Пауль Никич-Буль
Франц Фердинанд иногда спрашивал мнения своей жены, и София могла тонкими способами оказывать какое-то влияние, но ничего не говорит о том, что она играла какую-либо серьезную роль в подходе мужа к решению политических проблем империи.