Столкновение между Францем Фердинандом и Конрадом казалось неизбежным, особенно после лета 1913 г. 17 августа император возвел эрцгерцога в чин генерал-инспектора Имперских вооруженных сил. Обрадованный Франц Фердинанд решил отправиться в Ишль, где император проводил свой отпуск, и поблагодарить его лично. Он хотел взять с собой и Софию, рассчитывая, что император не будет возражать против ее присутствия на частном ужине, но не учел продолжающееся двойственное отношение императора к его супруге. Узнав о намерениях своего племянника, император попросил Бардольфа присоединиться к ним за этим ужином. Присутствие Бардольфа как руководителя Военной канцелярии эрцгерцога превращало частный ужин в официальное мероприятие, а значит, присутствие Софии было исключено.
Три недели спустя в сентябре 1913 г. эрцгерцог впервые принял участие в военных маневрах в Богемии в новой должности генерал-инспектора. Отношения между ним и генералом Конрадом складывались плохо. Эрцгерцог отчитал генерала, упрекая его в неэффективности и также вменяя ему в вину то, что он не ходил на церковные службы, будучи атеистом. Конрад жаловался потом своему другу, что это была «безобразная сцена», никогда прежде он не подвергался такому жестокому порицанию. К моменту окончания маневров Франц Фердинанд был настроен даже более решительно, чем прежде, в своем стремлении снять Конрада с занимаемой должности. Генерал, еще остававшийся начальником Генерального штаба, покинул Богемию подавленным и раздраженным: вернувшись в Вену, он снова подал прошение об отставке, но император снова отказался удовлетворить его. «Как высоко ранее эрцгерцог возносил ему хвалы, — заметил один наблюдатель, — так же сильно он теперь ненавидит его».
На фоне разворачивающихся событий эрцгерцогу поступило приглашение принять участие в военных учениях в окрестностях Сараево в июне следующего года. Даже столетие спустя это приглашение предстает в достаточно зловещем свете. Конрад излагал две противоречащие друг другу версии тех событий. Он утверждал, что впервые услышал об этом приглашении 16 сентября, когда эрцгерцог лично рассказал ему, что планировал эту поездку и думал взять с собой Софию. Но тот же Конрад позднее утверждал, что ничего не знал об этих планах до 29 сентября, когда его проинформировал о предстоящем визите генерал-губернатор Боснии генерал Оскар Потиорек. «По чьей инициативе планировалось проведение этих маневров — я не знаю», — писал Конрад.
Многие историки предполагают, что необходимость присутствия Франца Фердинанда на боснийских маневрах была обусловлена его новой должностью генерал-инспектора вооруженных сил. Его сын Макс также позднее объяснял, что эрцгерцог чувствовал, что обязан появиться там в своей новой роли руководителя имперской армией. Но это было не совсем так. Франц Фердинанд отправился в Боснию только в качестве наблюдателя. Он не имел обязанностей на этих маневрах как генерал-инспектор и не принимал никакого участия в их проведении.
Макс рассказывал, что его отец, несомненно, должен был прийти в восторг от того, что будет присутствовать на предстоящих маневрах в Боснии. Возможно, это действительно было так. На время маневров эрцгерцог остановился на соседнем курорте. Но его энтузиазм по отношению к этой поездке быстро угас, когда встала необходимость совершения церемониального визита в столицу Боснии Сараево.
Много чернил и бумаги было потрачено в размышлениях о том, зачем Франц Фердинанд поехал в Сараево. Принято считать, что эта поездка произошла по причине того, что эрцгерцог хотел придать своему визиту дополнительное общественное звучание и, что более важно, стремился укрепить общественное признание его морганатической супруги. Барон Альберт фон Маргути утверждал, что инициатором этой поездки была София, что она «жадно ухватилась» за «еще одну неожиданную благоприятную возможность предстать как жена наследника престола». Как писал один историк: «Таким образом, ради любви эрцгерцог пошел на свою смерть».
Но эрцгерцог не искал признания в потенциально опасной обстановке — он презирал такие апелляции к общественному мнению. Также ему не нужно было беспокоиться о Софии. Когда обсуждался первоначальный план поездки, речь шла только о его присутствии на маневрах, София должна была оставаться в соседнем отеле. Предполагалась возможность одного или двух ужинов с военными чинами, но не было никаких упоминаний о необходимости совершения визита в Сараево: эта идея возникла лишь несколько месяцев спустя. Таким образом, изначально не предусматривалось для Софии никакой возможности «показать себя на людях» или почить на лаврах торжества. И она уже была принята королевскими дворами Румынии, Берлина и Великобритании. И даже если в первоначальном плане поездки и значился визит в Сараево, что могли добавить аплодисменты нескольких тысяч боснийцев к ее чувству собственного достоинства?