Отголоском этого дела в 1758 году стало еще одно следствие Тайной канцелярии по делу «молодого двора» Петра, Екатерину и их ближайшее окружение заподозрили в плане переворота со смещением Елизаветы с престола. Сама Елизавета Петровна не забыла, как ее обвиняли в годы правления Анны Иоанновны в составлении ряда подобных заговоров, теперь уже ее Тайная канцелярия Шувалова действовала протав возможности такого внутрисемейного переворота теми же методами, какими аннинская канцелярия Ушакова против окружения молодой Елизаветы. В Тайную канцелярию увезли многих сторонников «молодого двора», в частности приближенных Екатерины — Елагина и Арадурова. В тот же заговор «молодого двора» попытались вплести уже арестованного и опального канцлера Бестужева-Рюмина и умершего к тому времени в тюрьме фельдмаршала Апраксина. Выбить из соратников Екатерины признание о том, что она и Петр собираются брать престол заговором, не дожидаясь смерти императрицы Елизаветы, не удалось, задержанных пришлось отпускать. Саму Екатерину среди ночи поднял с постели глава Тайной канцелярии Шувалов, доставив для допроса в покои Елизаветы. Кроме самой императрицы и ее главы тайного сыска в этом допросе участвовал и всесильный тогда фаворит Иван Шувалов. Но доказать наличие заговора или связь Екатерины с Бестужевым-Рюминым и Апраксиным не удалось. Супруга наследника рыдала, клялась в чистых помыслах, даже просила отпустить ее из России назад в родной Цербст, если ее подозревают в столь страшных вещах. Так и это дело закончилось ничем, к тому же многие историки ставят под сомнение саму возможность такого единого заговора «молодого двора» в 1758 году — слишком Петр и Екатерина уже тогда ненавидели друг друга, слишком разными были устремления сложившихся вокруг обоих партий, чтобы объединиться даже временно для свержения Елизаветы силовым путем. В любом случае отметим важную деталь этого дела 1758 года — донос на «молодой двор» опять пришел не из Тайной канцелярии, а эту службу Шувалова Елизавета опять отправила расследовать уже полученный донос, доказательств же измены опять не найдено.
Даже на этом примере заметно, что елизаветинская Тайная канцелярия так же недотягивает до статуса полностью самостоятельной спецслужбы, как и ее петровская и аннинская версии. Это конечно же уже не слепой кистень в руках самодержца, Коковыми были опричники или Преображенский приказ, но и еще не вполне сложившийся институт полупрофессиональной спецслужбы, полностью замкнутый на устремления монарха. Пока Тайная канцелярия остается лишь следственно-карательным органом в руках императрицы, только начинающим осваивать и оперативную составляющую своей деятельности в деле госбезопасности. Вот указала императрица Елизавета на новую опасность, на «молодой двор» племянника Петра и его жены, — и Шувалов начинает работать в этом направлении. И никак не наоборот, чтобы Шувалов извещал царицу о новой угрозе (истинной или мнимой, другой вопрос).
Таких примеров работы Тайной канцелярии тех лет по указке с самого верха множество, вот один из самых ярких, хотя и не слишком известный, но зато о многом говорящий в плане самостоятельности шуваловского ведомства. В 1748 году Елизавета вызывает недавно занявшего пост главы Тайной канцелярии Шувалова к себе и сообщает ему, что ее лакея Щукина за «злые слова» в ее адрес необходимо арестовать, допросить и сослать в Оренбург. Шувалов, естественно, приказание исполнил: лакея схватили, с пристрастием допросили и отправили в ссылку именно в Оренбург. При этом ни Шувалов, ни его подчиненные в Тайной канцелярии не должны были интересоваться, что же именно сказал их подследственный Щукин об императрице. То есть Тайная канцелярия выступила только в роли палача, приводящего приговор в исполнение. А царица не только сама определила вину «государственного преступника» (на самом деле — просто невоздержанного на язык слуги), вынесла ему приговор, но даже и место отбывания им наказания назначила сама.
Так же она в 1742 году сдаст в Тайную канцелярию своего камер-лакея Турчанинова, заподозрив в подготовке покушения на свою особу, бывшему лакею после отсидки под следствием в Петропавловке отрежут язык и сошлют на Камчатку. Так же напустит Елизавета Тайную канцелярию и на своего бывшего приближенного медика Лестока, не оставлявшего ее при Анне Иоанновне в самые мрачные годы опалы и бывшего одним из вдохновителей переворота гвардии в ее пользу в 1741 году. А в 1744 году в Тайную канцелярию еще под началом Ушакова Елизавета отправит для следствия своего личного шута Аксакова, который переборщил с шутками: протянул царице в шапке спрятанного живого ежа, чем напугал государыню и заработал «статью» о попытке испугать ее до смерти.