Полоцк и округу было мало завоевать. Россия столкнулась со сложной проблемой, схожей с ливонской. Начиная с правления Ивана III Москва присоединяла земли двумя способами. Первый — инкорпорация земель с русским православным населением, например Новгорода и Пскова или бывших удельных княжеств. Здесь быстро смещалась местная власть (иной раз и военным путем). Если ее представители не оказывались на плахе или за решеткой (а так поступали с теми, кто сопротивлялся, например с новгородскими посадниками Борецкими), то их наделяли землей подальше от родного княжества. Потом происходил «перебор людишек», часть местной аристократии и купечества принудительно переселяли в другие регионы, чтобы обезопасить себя от возможного сепаратизма. Управление поручалось великокняжескому наместнику, опиравшемуся на присланных из Москвы государевых дьяков и вооруженный отряд, который становился гарнизоном в главном городе.
Эта модель была хороша тем, что не затрагивала интересы большинства. Население продолжало платить подати, нести свою службу и молиться в храмах. Менялись только лица в администрации, которая постепенно вводила московское законодательство и особенности социальной организации. При таком способе присоединения сепаратистские выступления и попытки сопротивления возникали только на самом начальном этапе, когда местная элита могла сопротивляться. Как только ее убирали — никаких сепаратистских бунтов не наблюдалось.
Вторая модель применялась, когда присоединяли земли с нехристианским населением. В этом случае Россия делала ставку на союз с местными элитами и их интеграцию в русскую социальную и политическую систему. За ними сохраняли какую-то власть, имущество, привилегии на условиях полной политической лояльности. Поскольку альтернативой было изгнание, а то и уничтожение, татарские и ногайские элиты соглашались интегрироваться. При этом, по возможности, параллельно велась колонизация присоединенных земель путем создания там анклавов русских землевладельцев, как, например, в Казанской земле.
Ни к Ливонии, ни к Полоцкому повету применить эти модели не удавалось. Проблема заключалась в низкой лояльности населения. Конечно, в Полоцке существовала какая-то «промосковская партия», но она была немногочисленной. Еще меньше сторонников России встречалось среди землевладельцев Полоцкого повета, где сказывались десятилетия вражды и войн. Если татары охотно переходили на московскую службу, то случаи перехода шляхты единичны. Она ушла воевать под знамена Сигизмунда II Августа. Рассчитывать на перебежчиков особо не приходилось.
То же самое происходило и в Ливонии, где проблем добавляли языковой барьер и религиозные различия. На русскую сторону в основном переходили отъявленные авантюристы, вроде И. Таубе и Э. Крузе, которые легко предавали и старых, и новых хозяев. Депортации населения и появление русских гарнизонов лишь разрушали существовавшую социально-экономическую систему Ливонии, поскольку военные потребляют материальные блага, но не могут их производить и ими торговать. Необходимо было искать новую формулу присоединения земель.
История Полоцкого уезда в 1563–1579 годах в составе Российского государства — это пример такого поиска. Чтобы закрепить за собой территорию, в 1566–1571 годах Россия создала систему крепостей, так называемых полоцких пригородов. Сокол прикрыл Полоцк с севера, обеспечивая связь с Псковской землей. Суша, Красный, Туровля и Ула обеспечивали оборону с юга — на самом опасном, могилевском направлении. Восточнее Полоцка до прежней русской границы находились Казьян, Ситна, Озерище, Нещерда и Усвят. Показательно, что на виленском направлении для защиты Полоцка не было возведено ни одной крепости. Царь был настолько уверен в своих силах, что не ждал нападения.
Маленькие деревянные крепости с небольшими, до нескольких сотен человек, гарнизонами стояли в труднодоступных местах — на слиянии рек, мысах, островах, перешейках между озерами. В них размещали вооруженные отряды-разъезды, осуществлявшие власть в регионе. Они контролировали коммуникации, собирали подати, вершили суд и расправу, помогали русским дворянам, получившим земли в Полоцком повете. Вместе с тем крепости не играли значимой военной роли. Их боевых качеств хватало только для устрашения местных крестьян и отражения мелких литовских отрядов, которые периодически делали набеги на Полоцкий повет.
Фактически эта тактика — постановка опорных крепостей и контроль над коммуникациями — предвосхищала действия Российской империи XVIII–XIX веков, например на Северном Кавказе.