Истощение ресурсов Великого княжества заставило знать согласиться на окончательное объединение Литвы с Польшей в единое государство — Речь Посполитую. В январе 1569 года в Люблине начал работу польско-литовский сейм, который обсуждал условия слияния двух держав. Было решено учредить для обеих стран общее государственное устройство, денежную систему, единую армию, придерживаться единой внешней политики. Раньше Польша и Литва действовали несогласованно, поэтому литовцы не всегда поддерживали Польшу в ее борьбе с Тевтонским орденом, а поляки частенько оставляли Литву один на один с Россией. Заключая унию, Литва рассчитывала привлечь польскую армию для войны против Москвы. В одиночку великое княжество не выстояло бы в борьбе с Иваном Грозным, и, как считали многие, «Литвы бы не было».
Подобная точка зрения несколько преувеличена. Конечно, Великое княжество Литовское накануне унии находилось в трудной ситуации, но была ли она катастрофичной? Литва явно проигрывала войну, и это была далеко не первая война в ХVI веке, которую Великое княжество проигрывало своему восточному соседу. Каждое поражение сопровождалось территориальными потерями, но ни разу не возникали сомнения в сохранении литовской государственности. Москва не собиралась завоевывать Литву и вполне удовлетворилась бы уступкой ей Полоцка и отказом Ягеллонов от прав на Ливонию.
Паны великого княжества были склонны к миру на таких условиях. Камнем преткновения оказалась Ливония, которая, как было показано выше, была целью Ягеллонов. Корона вовсе не собиралась отказываться от своих планов. Таким образом, судьба Литвы оказалась как бы разменной картой в балтийских войнах. Чтобы удержаться в Ливонии, изгнать оттуда русских и шведов, сил только Польши или только Литвы не хватало. Для реализации проекта «Польской Прибалтики» потребовалось объединение двух государств в единую державу.
Польша и Великое княжество Литовское имели свои проекты создания союзного государства. Между ними были весьма существенные противоречия. Коронная шляхта предлагала более унитарную модель, по которой Литва полностью интегрировалась в состав Королевства Польского. Литовская шляхта настаивала на федерации, сохранении своих законов и системы судопроизводства, выборах короля и решении важнейших вопросов на совместных сеймах польской и литовской знати, сохранении у короля титула «великий князь литовский», приоритете коренных жителей при назначении на местные должности.
Противоречия этих позиций вызвали продолжительные споры. Стороны не скупились на резкие слова в адрес друг друга. Поляки заявили, что их короли всегда правили Литвой и принесли живущим в ней народам свободу. На это один из лидеров литовской делегации Григорий Ходкевич ответил: «Наши народы и мы — честные и достойные люди, а что касается наших свобод, то мы равны любому другому народу, включая и вас, господа поляки. Нам бы не хотелось заключать унию, прежде чем мы установим добрый порядок в нашем содружестве и покажем вам, что вы заключаете союз с друзьями, равными вам по достоинствам и внутреннему устройству… Это исключительно наше дело, поскольку мы свободные люди и христиане. Никто не может вести наших дел, кроме нас самих, как это делали наши предки».
Литовцам было очевидно, что при слиянии с Польшей они окажутся на второстепенных ролях. Польская культура во всех отношениях была более зрелой. Ее сильной стороной была толерантность — недаром историки называли Польшу «государством без костров». Польская культура распространялась не насилием, ее добровольно принимали и к ней стремились как к более высокому ориентиру. Все понимали, что в результате слияния Литвы и Польши именно Польша будет задавать стандарты поведения, систему ценностей, политические, религиозные и культурные ориентиры развития общества.
Патриоты Великого княжества Литовского видели в этом угрозу утраты не только самостоятельности, но и самобытности. Отчаяние литовских вельмож в полной мере показано в одном из писем М. Радзивилла, в котором он горько сожалеет о «…похоронах и уничтожении навсегда ранее свободного и независимого государства, известного как Великое княжество Литовское». На картине «певца польской истории» — художника нового времени Яна Матейко, изобразившего момент заключения Люблинской унии, лица представителей литовской делегации полны горя и отчаяния, некоторые из них плачут.
Поляки очень злились на выступления литовских патриотов. Как отмечал современник событий, автор «Дневника» Люблинского сейма, «такие беседы приносили больше взаимного раздражения, чем результатов». По удачному выражению историка Александра Преснякова: «Поляки настойчиво требовали от литовских политиков политического самоубийства и получили резкий отпор».