А в самом начале 1770-х годов И. Георги исследовал озеро Байкал. Только за лето 1772 года он описал остров Ольхой и более 900 километров побережья Байкала, от устья реки Бугульдейки (у 106° восточной долготы) до реки Верхней Ангары и оттуда — уже по восточному берегу озера — до устья реки Селенги. Георги плавал по всему Байкалу и составил карту озера.
Первые удачные опыты по измерению больших глубин на Байкале были сделаны в августе 1798 года русскими горными мастерами Сергеем Сметаниным и Егором Копыловым под руководством Никиты Корелина. Они с помощью лота определили глубину в нескольких десятках точек. В пяти точках глубина была более 1 000 метров (наибольшая глубина, замеренная ими, равна была 1 238 метрам).
Существенный вклад в дело изучения флоры и фауны Байкала внесли исследования профессора Варшавского университета Бенедикта Дыбовского, участника Польского восстания в 1863 году, сосланного царским правительством в Сибирь. Он, талантливый зоолог и палеонтолог, установил, что многие из обитателей озера являются представителями эндемичных байкальских видов, то есть обитают только в Байкале. За блестящие работы по байкальской фауне Русское географическое общество (РГО) наградило ссыльного профессора золотой медалью.
С 1877 года к изучению Байкала приступил Иван Дементьевич Черский, также сосланный в Сибирь участник Польского восстания. Он работал препаратором и библиотекарем в музее Сибирского отдела РГО в Иркутске. Когда, получив амнистию, профессор Дыбовский уехал на запад, руководство Сибирского отдела предложило Черскому продолжить научные работы на Байкале.
В течение четырех лет, с 1877 по 1880 год, И. Д. Черский исследовал берега Байкала (на скудные средства, которые смог ему отпустить Сибирский отдел). Иван Дементьевич изучал береговые утесы с лодки, если они обрывались в воду, или пешком, если они не доходили до воды. Ночевал он с гребцами в палатке на берегу, а питался, как и спутники, главным образом сухарями и рыбой, которую ловили на ночлегах. Не раз приходилось попадать в шторм. Впоследствии И. Д. Черский вспоминал об одном из эпизодов плавания по Байкалу:
«Лодка… была захвачена до того мгновенным и сильным штормом с северо-запада, что, невзирая на очень близкое расстояние от берега, путешественникам удалось пристать к нему только с величайшим трудом, причем необходимо было двум гребцам выскочить из лодки в воду и взять ее на бечеву. <.> Поставить палатку не было никакой возможности, и потому путешественники воспользовались опрокинутою на берегу большою бурятскою лодкой и спасались под нею в течение полутора суток. Огонь удалось кое-как поддерживать лишь тогда, когда вокруг него возвели из крупных и плоских камней настоящую стену, без которой поминутно налетавшими шквалами разбрасывались даже дрова».
При невозможности плавания из-за штормовой погоды И. Д. Черский вместе с одним из гребцов совершал пешие экскурсии в глубь прибрежных гор иногда за 10–15 километров от берега и изучал их геологическое строение. В ходе исследований он собирал образцы горных пород, определял их геологический возраст, зарисовывал вид обнажений горных пород и формы рельефа, проводил промеры глубин у побережья, определял высоту прибрежных гор, собирал гербарий прибайкальской флоры.
Им были обнаружены на разной высоте (максимально до 330 метров) над современным уровнем озера остатки старых озерных отложений, свидетельствовавшие об изменении уровня воды в Байкале. В дальнейшем ученые объясняли эти находки «медленным поднятием горной рамы озера» в ходе разломов и сдвигов земной коры.
Зимние месяцы Черский проводил в Иркутске, где обрабатывал собранные коллекции и составлял подробный отчет о летних работах, в котором описывал строение береговой полосы и прибрежных гор, наличие полезных ископаемых.
Летом 1878 года Черскому помогала жена Мавра Павловна, которая плавала с ним по Байкалу. Они исследовали Приморский хребет, Баргузинский залив и устья нескольких рек, в том числе Большой, Банной, Верхней Ангары. На следующий год Черский работал на самом крупном байкальском острове — Ольхой (вообще на Байкале около 30 островов) и в устье реки Онгурена. В 1877–1880 годах он сделал 14 наскальных насечек на береговых отвесных скалах по всему периметру озера — для контроля за вековыми изменениями уровня воды в Байкале; в 1880 году провел исследования на реке Селенге, впадающей с востока в среднюю часть озера.
Огромный пожар в Иркутске в 1879 году уничтожил музей и библиотеку Сибирского отдела РГО. Сгорели и все собранные Черским коллекции. Поэтому он смог составить полный отчет об исследовании береговой полосы Байкала только по наблюдениям и сборам последних двух лет, когда работал в основном по восточному берегу озера. Этот отчет был опубликован Сибирским отделом в 1886 году. А сведения по западному берегу ученый опубликовал позже.