По результатам всех своих исследований на Байкале Черский в 1886 году составил первую подробную геологическую карту береговой полосы озера с объяснительной запиской. За работы по изучению Байкала РГО наградило Черского золотой медалью. Его геологическая карта демонстрировалась на Международном географическом конгрессе в Венеции и была высоко оценена географами и геологами во всем мире.
Иван Дементьевич выдвинул гипотезу о происхождении впадины озера и образовании окружающих гор. По словам академика В. А. Обручева, «И. Д. Черский правильно представлял себе, что образование впадины Байкала не имело катастрофического характера, а представляло длительный процесс с нижнепалеозойского времени и продолжается еще теперь». Академик В. А. Обручев считал, что впадина появилась в результате прогиба земной коры и провала по разломам. Позже этот вопрос рассматривался рядом ученых, и до настоящего времени его нельзя считать полностью решенным.
Первое подробное гидрографическое описание озера Байкал было выполнено специальной гидрографической экспедицией под руководством подполковника флота Федора Кирилловича Дриженко (впоследствии генерал-майор флота) в 1896–1902 годах.
Особый интерес к составлению подробных и точных карт Байкала объяснялся потребностями, возникшими при строительстве Транссибирской железнодорожной магистрали и организации на Байкале железнодорожной паромной переправы.
Дриженко был опытным военным моряком-гидрографом. В 1877 году он с отличием окончил Морской корпус в Петербурге (по окончании получил Нахимовскую премию), а в 1884–1886 годах учился на гидрографическом отделении Николаевской Морской академии (и тоже успешно его закончил). В 1888 году молодой офицер защитил диссертацию по конструированию и использованию морских угломерных инструментов; в 1887–1889 годах прослушал курс практической астрономии и геодезии в Главной астрономической обсерватории в Пулкове; в 1889 году за выполненные гидрографические работы получил золотую медаль на Всемирной выставке в Париже.
К моменту назначения начальником Байкальской экспедиции Ф. К. Дриженко накопил значительный опыт в проведении гидрографических исследований: занимался гидрографическими работами на Балтике, участвовал в промерных работах вблизи острова Корсика, в 1891–1894 годах возглавлял гидрографическую экспедицию, работавшую на Онежском озере.
В основной состав Байкальской экспедиции были включены 11 моряков-гидрографов. В их распоряжении имелся небольшой колесный пароход «Иннокентий». Позже им выделили еще один пароход — «Лейтенант Малыгин», названный именем известного моряка-гидрографа XVIII века. Начальник экспедиции лично участвовал в промерах, проводил астрономические и магнитные наблюдения, фотографировал, руководил строительством маяков (к 1901 году было установлено уже 10 маяков).
Результаты работы экспедиции были значительными: составлен «Атлас озера Байкал» на 12 листах; написана и издана прекрасно иллюстрированная «Лоция и физико-географический очерк озера Байкал» на 440 страницах; составлена и издана генеральная карта озера и три более подробные навигационные карты. Экспедиция провела точную топографическую съемку всех 2 640 километров береговой линии, а шлюпочных промеров было сделано на протяжении более 5 500 километров. С борта пароходов было сделано 2 400 измерений глубин при помощи лота Томсона; через каждые 1,5–2 километра пути извлекались образцы грунта и измерялась температура воды. Экспедиция впервые определила наибольшую глубину озера — 1 664 метра (современные промеры дали глубину 1 637 метров).
В путевых дневниках экспедиции не только отмечены обнаруженные месторождения слюды, каменного угля, глауберовой соли, горного воска (озокерита) и железной руды, но и высказана гипотеза о наличии в Прибайкалье нефти. Были обследованы рыбные промыслы, описаны лесные богатства, покосные угодья, уточнены возможности развития на байкальских берегах хлебопашества. В этом выразился комплексный подход Ф. К. Дриженко к исследованиям в прибайкальском регионе. Он считал всесторонние исследования первым и важнейшим шагом в «большом истинно патриотическом деле» освоения богатств этого края.
После завершения работ на Байкале Ф. К. Дриженко еще много лет плодотворно занимался исследованиями северных морей и Каспия. Имя замечательного моряка-гидрографа носят мысы на Новой Земле и Сахалине. По Байкалу прежде плавало судно с его именем на борту.