В ответ на свое представление Муравьев получил совершенно неожиданный ответ. По-видимому, в решении генерал-адмирала отразилось мнение Невельского, с которым Константина связывали юношеские воспоминания о совместных учебных плаваниях. Геннадий Иванович неизменно ратовал за Амур и выступал против укрепления Камчатки. Вот что написал Муравьеву великий князь: "Ваше превосходительство полагаете укрепить для будущего Камчатку, для чего потребуются большие усилия и неимоверные труды, результат коих еще сомнителен… Здесь мы приняли за правило защищать упорно в будущем году только те пункты, которые мы действительно в состоянии защищать… В Сибири сильный пункт, в котором может найти убежище весь тамошний флот наш и который мы в состоянии защищать, если соединим в нем все усилия наши, есть не Камчатка, а Амур, и потому не сочтете ли благоразумным с открытием навигации не посылать в Камчатку военные силы, а напротив, оттуда вывести оные, снабдив только жителей продовольствием, которое спрятать внутри края, и затем безоружный город или местечко оставить в гражданском управлении. Собственно порт и морские учреждения упразднить, суда и экипажи вывести и все военные способы сосредоточить на Амуре. Мысль эту я докладывал государю, и она удостоена предварительного одобрения его величества".
Письмо это написано 3 декабря 1854 года, а уже 27 декабря Муравьев отправил на него ответ, писать который было, наверное, нелегко своенравному генералу. Он прекрасно почувствовал, с какой стороны подул ветер. Верный и, как казалось Муравьеву, преданный исполнитель его начертаний Невельской, правда, много шумевший и с пеной у рта защищавший перед ним приоритет освоения и защиты Амура, теперь подал свой голос. А глава морского ведомства прислушался к суждениям опытного морского офицера и пренебрег мнением представителя верховной власти в Сибири. И все-таки Муравьев стоял на своих позициях до конца, подчинившись только приказу. "Из всех предшествовавших донесений моих, — писал он, — Ваше императорское высочество изволите видеть, что мысль эта не входила в мои соображения, я считал необходимым защищать это место до последней крайности…" Изложив далее свои соображения, Муравьев продолжал: "По всему этому я не только не смею противоречить мнению Вашего высочества…но, принимая в расчет время возможности получения по сему приказаний в Камчатке, мне остается безотлагательно отправить соответственные распоряжения к г. Завойко…"
Такие распоряжения были немедленно посланы с нарочным — есаулом Н. Мартыновым. Завойко получил их своевременно и сумел организовать дело таким образом, что весь гарнизон Петропавловска еще до начала навигации был погружен на корабли, которые по пропиленным во льду каналам, буквально под носом у крейсировавшей у берегов Камчатки англо-французской эскадры совершили смелый и дерзкий переход в устье Амура. Благодаря стараниям Невельского войска и гражданские лица смогли разместиться в Мариинском посту и в Николаевске. Часть войск осталась в гавани Де-Кастри и успешно отразила атаку пришедших сюда кораблей противника.
Еще раньше, чем были отданы распоряжения об эвакуации Петропавловска, Муравьев писал Завойко, чтобы тот всеми силами укреплял город и порт, и обещал ему, что весной по Амуру тронется второй сплав. Генерал-губернатор решил построить 60 новых плашкоутов и новый пароход. Предстояло перебросить к устью Амура сто тысяч пудов муки, пятьсот голов скота, артиллерийские орудия и не менее двадцати тысяч пудов боевых припасов, доставить туда определенное количество войск и — самое интересное — взять первых крестьян-переселенцев для размещения их на левом берегу Амура. Последним делом занимался юный князь М.С. Волконский. Готовили сплав Корсаков, Шарубин, Сеславин. Казакевича в августе 1854 года Муравьев отправил в командировку в США, чтобы закупить там три парохода и различное оборудование для устройства мастерских и "пароходного завода" в Николаевске. И все это предстояло проделать в течение нескольких месяцев.
Между тем Петербург чествовал защитников Петропавловска, восторгался умением и прозорливостью Завойко и Муравьева. Биограф Муравьева писал: "Итак, не спрашивая даже предварительного разрешения государя, Н.Н. Муравьев решился оставить Петропавловск и перевести эскадру и все учреждения на Амур. Вследствие такой замечательной находчивости неприятель, как мы увидим; далее, был чрезвычайно озадачен, не найдя нашей эскадры ни у берегов Камчатки, ни у берегов Татарского пролива. Это действие ярко обрисовывает характер Муравьева, который, зная хорошо государя Николая Павловича, осмелился, не спросившись его, взять на свою ответственность такую важную меру, как бросить на произвол судьбы целую страну, чтобы спасти то, что должно было спасти. Это решение его можно назвать поистине геройским".