Так думали многие. Но сам-то Муравьев хорошо знал, что это все ложь. Однако признать во всеуслышание правду было выше генеральских сил. Гораздо легче оказалось убрать подальше тех, кто осмелился перечить ему. И он начал изгонять людей, благодаря которым нажил немалую долю своего авторитета и популярности. Сначала вынужден был уйти Зарин, его правая рука в Иркутске, теперь Муравьев стал проявлять неудовольствие по отношению к Запольскому, им же самим выдвинутому на пост губернатора Забайкалья и атамана тамошнего казачьего войска. А затем наступила очередь Невельского. 25 февраля 1855 года в письме к Корсакову генерал-губернатор выразил резкое недовольство тем, что Невельской осмелился строить батарею не там, где показал Муравьев, а на другом месте. И вывод, как выстрел: "Он оказывается так же вреден, как и атаман: вот к чему ведет честных людей излишнее самолюбие и эгоизм!" К чину контр-адмирала своевольный офицер был уже представлен. Так что теперь, не теряя лица, можно было спокойно обдумать и способ избавиться от него.
Но пока еще Геннадий Иванович был нужен. Второй сплав состоял из трех отрядов, или отделений. В апреле 1855 года они начали свое плавание по Шилке и Амуру. С первым отделением, которое возглавлял сам Муравьев, на 26 баржах было доставлено основное продовольствие и часть войск. Второе отделение под руководством полковника Назимова состояло из 64 барж со 150-пудовыми крепостными орудиями — самая тяжелая и самая хлопотливая часть сплава, замедлявшая его продвижение частыми посадками на мель. Третье, порученное М.С. Волконскому, включало 35 барж, на которых располагались первые русские поселенцы на Амуре — иркутские и забайкальские крестьяне. Им предстояло освоить земли на левом берегу реки между Мариинском и Николаевском. И действительно, летом тут возникли пять русских сел, или, как еще их тут называли, станиц: Иркутское, Богородское, Михайловское, Ново-Михайловское и Сергиевское. Всего переселилось 51 семейство, общей численностью 481 человек. Со сплавом следовала и экспедиция Сибирского отдела Русского географического общества во главе с натуралистом Р.К. Мааком.
По пути к устью Амура в Мариинском произошла встреча главы русской власти на востоке с представителями Китая. Предложение русской стороны сводилось к тому, чтобы "провести границу по левому берегу Амура и вдоль всего течения реки от Горбины до впадения ее в море, оставляя вам все населенные вами места на правом, кроме занятых нами мест и Приморского края, во избежание споров". То есть Муравьев уже тогда, в сентябре 1855 года, сформулировал основной тезис, по которому установление "естественной границы между Китаем и Россией по линии Амура могло бы полностью, ко взаимной выгоде, покончить с вековой неопределенностью". Именно эти положения легли три года спустя в основу Айгунского договора.
Несомненно, что все эти мероприятия проводились с "высочайшего" ведома. Уже в июне 1855 года царь признавал необходимым "утвердить за Россиею весь левый берег Амура". Было принято решение вступить в прямые переговоры с Китаем. Представлять российские интересы на них должен был генерал-губернатор Восточной Сибири. Продумано было и новое административное устройство Амурского и Приморского краев. Преобразование устраняло необходимость Амурской экспедиции, которую столько лет бессменно возглавлял Г.И. Невельской.
И когда Муравьев прибыл со вторым сплавом в Мариинский пост, он послал оттуда в Николаевск к Невельскому мичмана К.Ф. Литке (сына известного мореплавателя и ученого) со следующим предписанием:
"1. Амурская экспедиция заменяется управлением Камчатского губернатора контр-адмирала Завойко, место-пребыванием которого назначается Николаевск.
2. Вы (то есть Невельской. —
3. Все чины, состоящие в Амурской экспедиции, поступают под начальство контр-адмирала Завойко.
4. Главною квартирою всех наших войск назначается Мариинский пост".