С другом и собеседником своим Василием он хотел удалиться в соседние горы Антиохийские, наполненные пустынножителями, но нежная мать, проникнув его тайное намерение, удержала его трогательными словами: «Сын мой, недолго веселилась я с отцом твоим, со смертью которого Бог послал тебе сиротство, мне же вдовство; однако же ничто не могло меня заставить вступить во второй брак и ввести иного мужа в дом отца твоего; я пребывала в горькой участи, все перенося с помощью Божиею, и получала только отраду от частого воззрения на лицо твое, подобное лицу родительскому; не погубила я и твоего имения в бедственное время вдовства, но все сохранила тебе в целости. Сын мой, умоляю тебя, не ввергни меня во второе вдовство и не возобновляй отшествием твоим едва утолившегося рыдания; дождись моей смерти, которой скоро ожидаю; когда же погребешь меня, при костях отца твоего, тогда твори что хочешь!»
Тронутый Иоанн не мог противостоять слезам матери: но три года спустя, закрыв ей очи сыновнею рукою, роздал имение убогим и удалился в горы, где предался всей строгости жития иноческого, даже до расслабления собственного тела, не крепкого от природы. Там написал он и красноречивые слова свои в защиту иночества, осуждаемого миром, и о благодати священства, другу своему Василию, который скорбел о раннем своем поставлении в сан пресвитера. Сам Иоанн вызван был из своего уединения святым Мелетием Антиохийским, который, посвятив его в диаконы, неотлучно держал при себе; Флавиан же, преемник Мелетия, рукоположил Иоанна пресвитером и вверил ему дело проповеди в соборной церкви. Тогда начал он прилежнее поучать народ о спасении души, часто без всякого приготовления, к общему изумлению паствы, и такая благодать истекала из уст его, что все слушавшие не могли довольно насытиться сладостью словес, и многие скорописцы передавали их на хартиях, чтобы потом читать на торжищах или трапезах. С жадностью стекался народ слушать Иоанна, и едва разносилась весть, что он будет говорить в церкви, судьи оставляли суды свои, и купцы куплю, и ремесленники работы, почитая величайшею потерею лишить себя сладких речей его. Вития церковный, вначале служения увлекаясь глубиною своих созерцаний, проповедовал не всем доступно, но простая жена из народа научила его большей простоте: «Златоустый Иоанн, — воскликнула она из толпы, и оттоле сохранилось ему то название, — глубок кладезь твоего учения, а вервии ума нашего коротки и не достигают до дна». С тех пор, соразмеряя силы духа своего с слабостью паствы, он изложил в простых, но вместе возвышенных беседах все Евангелие от Матфея и от Иоанна, и Книгу Деяний, и Послания Павловы, соединяя всегда изъяснения догматов с нравственным увещанием. Умножение налогов возбудило негодование Антиохийцев; разъяренная чернь разбила изваяния Феодосия и супруги его, благочестивой Флакиллы, уже усопшей, и детей Аркадия и Гонория, из них первый был уже объявлен кесарем. После краткого неистовства глубокое уныние овладело городом, ожидавшим заслуженной казни: разнеслись слухи, что разгневанный император хочет лишить Антиохию всех ее преимуществ и даже сравнять ее с землею, а столицу Востока перенести в Лаодикию. Смятенные граждане умолили епископа своего Флавиана идти укротить гнев кесаря, и старец, несмотря на годы и весеннее распутье, сделался как бы юношею для спасения своей паствы. Невозможно было медлить, ибо на пути он встретил уже сановников царских, посланных для грозного исследования в Антиохию, где скоро начались пытки и наказания.