Между тем великие братья, не видя себе сильной защиты со стороны Златоуста, обратились с жалобами к императору и после должного исследования, обвинители их, обличенные в лжесвидетельстве, заключены были в темницу до прибытия главного виновника Феофила; сановник царский потребовал его на суд в Константинополь. Но пока он медлил, смущенный упреками совести и собирая около себя приверженных ему епископов, старец Епифаний поспешил прибыть в столицу. Сильно предубежденный против Иоанна, не принял он его почетной встречи, не хотел остановиться в приготовленном для него доме и даже видеть святителя, которого подозревал в заблуждениях Оригеновых и, соединив у себя несколько епископов, прочел им деяния собора Кипрского и убедил подписать осуждение Оригена. Феотим, епископ Скифский, отрекся, говоря, что не должно касаться памяти усопших, которых заживо не осудила Церковь, и сам Златоуст, исполненный уважения к благочестивой жизни престарелого Епифания, несколько раз склонял его к дружескому общению, не соглашаясь, однако, на его усильные требования осудить Оригена и великих братьев без соборного предварительного разбирательства. Узнав, что по внушению недругов, Епифаний, увлеченный неблагоразумной ревностью, хотел всенародно обличить его в церкви Апостолов, Иоанн послал архидиакона своего предупредить старца, чтобы не возникло смятения народного, и на сей раз не только удержался Епифаний, но размыслив о неправильности своих действий и невинности Иоанна, поспешил оставить суетную столицу, чтобы окончить дни свои посреди любящей паствы. Тайное предчувствие ускоряло его отплытие, и уже готовому сесть на корабль, принесли пророческое слово от Златоуста: «Брат Епифаний, хотя и дал ты совет на мое изгнание, знаю, однако же, что не узришь более своего престола». «Брат Иоанн, — отвечал в том же прозорливом духе отходящий старец, — мужайся, ибо и ты не дойдешь до места своего изгнания!» И оба прорицания сбылись!
401-й от Рождества Христова
Наконец, приплыл Феофил со множеством епископов Египетских, как судия, хотя сам был позван к ответу, и, чуждаясь общения с Иоанном, не хотел также поместиться в приготовленном для него жилище, но остановился вне города, где начал собирать около себя врагов Златоуста. Их было довольно из числа духовных и мирян; но главными почитались Акакий, епископ Верейский, Севериан Гавальский, Антиох Птолемаидский, завистники его славы, и несколько клириков, лишенных сана за порочную жизнь, также и сановники двора царского, и три именитые жены, обличенные за нескромную жизнь в сильных проповедях святителя, и сама Царица, часто раздражаемая его правдивостью на кафедре. Некоторые из епископов Азии, недовольные строгим судом Иоанна, присоединились к его врагам, и к великому изумлению всех православных, подсудимый Феофил, вместо оправдания, сам соединил многочисленный собор в предместий Халкидонском, под председательством Павла Ираклийского, как митрополита старшего престола Фракии, от которого принимали поставление по древнему чину архиепископы столицы. Все возможные клеветы возведены были на Иоанна: его обвинили в надменности и в жестоком обращении с клириками, и за то будто бы, что уморил в темнице, посланных Феофилом, в нарушении чина церковного, в расхищении имуществ, и даже в нечистой жизни, которая однако вся протекла в подвигах постнических.