Пока Феофил держал нечестивое соборище в Халкидоне, до сорока епископов сидели около Иоанна, в крестовой его палате, изумляясь дерзости пришельца Египетского и шаткости двора. «Братия мои, — сказал им с кротостью святитель, — только молитесь, и если любите Господа Иисуса, никто из вас да не оставляет ради меня своей церкви, ибо как говорит Апостол: меня уже приносят в жертву и время моего отшествия наступило, и я предвижу, что после многих скорбен скоро окончу жизнь. Знаю умысел сатаны, не терпит он тяжкой брани, какую вел с ним открыто словом моим; поминайте меня в молитвах и Бог да помилует вас!» Тогда исполнился рыданием сонм, и епископы со слезами целовали в уста, очи и чело своего архипастыря, и поникнув взорами, погрузились в горькое молчание. Но Иоанн опять нарушил его кроткою беседой: «Не плачьте, братия, надо мною и не разрывайте мне сердца: ибо дли меня, по словам Апостольским, жизнь — Христос, а смерть — приобретение. Вспомните, как часто я сам говаривал вам, что жизнь есть только странствие; разве мы лучше патриархов, пророков, Апостолов, чтобы нам вечно оставаться в этом мире?» Когда же один из присутствующих возразил: «Мы плачем о сиротстве нашем и вдовстве Церкви, о нарушении ее законов и торжестве нечестия, обнищании убогих и духовном лишении паствы», Златоуст ответствовал: «Довольно, брат мой, довольно, не оставляй, однако же, Церкви, не мною началась она, не мною и кончится!» «Но если мы останемся, — прервал епископ Вифинии Елевзий, — нас принудят сообщаться с твоими врагами и подписать приговор твой». «Сообщайтесь, — продолжал Иоанн, — чтобы не сделать раскола, но не подписывайте приговора, ибо совесть моя не упрекает меня ни в чем достойном низложения».
Тогда взошли посланные от Феофила с грамотою соборною к Иоанну, в ней не называли его даже епископом, и требовали на суд. Бывшие с ним отправили от себя трех епископов на собор, с увещательным словом: не делать раскола и помнить уставы Никейские, ибо тридцать шесть епископов одной области не вправе судить святителя чуждой им епархии, на стороне которого семь митрополитов и свыше тридцати епископов разных областей, тем более, что и сам судья Феофил вызван для оправдания. Со своей стороны Иоанн ответствовал, что доселе не знал против себя никаких жалоб, если же хотят судить его, пусть прежде удалят неприязненных ему: Феофила, который явно хвалился, что идет низложить его с престола, Акакия, Севериана и Антиоха; тогда готов предстать хотя бы и на Вселенский Собор, иначе же все приглашения останутся тщетными!
Явились и посланные от императора, с повелением идти на соборище, а между тем три епископа, представшие туда вместо Иоанна, подверглись поруганиям, побоям и узам. Но Иоанн оставался в своих палатах или проповедовал в церкви, и каждое слово обращалось ему в осуждение. Его обвиняли в покушении возмутить народ, за то, что говорил с кафедры: «Восстает сильная буря, мы же не боимся потопления, ибо основаны на камне; чего страшиться мне? Смерти? Но Христос жизнь моя, а смерть приобретение! Изгнания? Но Господня земля и исполнение ее! Лишения имуществ? Но мы ничего не внесли с собою в мир, ничего и не изне-сем! Церковь же непоколебима, а любовь сделает меня повсюду неразлучным с паствою».
Оправдываясь в клеветах, какие на него вымышляли, он продолжал: «Знаете ли, братие, за что хотят меня низвергнуть? За то, что не имею у себя пышных тканей и не облекаюсь в шелковые ризы и не даю пиршеств. Порождение ехиднино преобладает; есть еще остаток племени Иезавелина и борется с духом Илии; ныне время плача и бесчиния, опять бесится Иродиада, опять требует главы Иоанна и для того она пляшет!» Враги Златоуста отнесли слова те к царице и подвигли ее к мщению; соборище Феофилово осудило его заочно, как неявившегося на зов, и предоставило наказание императору, который велел изгнать его из столицы. Вечером извлекли святителя из церкви вооруженной рукою, и ночью, в малой ладье, перевезли на Азиатский берег Боспора; но изгнание продолжалось только один день, ибо на следующую ночь страшное землетрясение ужаснуло столицу: заколебались палаты кесаревы, и сама испуганная царица молила Аркадия возвратить святителя. В ту же ночь написала она убедительное письмо к Иоанну, слагая всю вину на людей злоумышленных, напоминая ему, что он крестил всех ее детей, и на рассвете послала еще своих сановников с мольбою о скорейшем возвращении.