Опасаясь многолюдства христиан и ненависти народной, он думал одолеть их иными средствами, поселив раздор в недрах Церкви, и с такой целью возвратил всех епископов, сосланных Констанцием; но тем поддержал Православие, когда Мелетий, Евсевий, Луцифер и другие исповедники снова взошли на свои кафедры. Потом император уничтожил преимущества, дарованные духовенству его предместниками, которые избавили клириков от службы общественной и наделили жалованьем многие церкви для содержания убогих; он расхитил их утвари под предлогом Евангельской заповеди о нищете духовной, и соединяя таким образом насмешку с жестокостью, запретил христианам домогаться почестей гражданских, искать защиты на суде, занимать кафедры в училищах, повелевал довольствоваться только истолкованием книг Св. Писания: ибо люди, презирающие Гомера и великих гениев древности, не могли, по его мнению, достойно излагать их творения ученикам. Отступник помнил обличения Василия и Григория в Афинах, и страшился красноречия христианского, если загремит в школах, подобно как в церкви; поэтому распространил строгое запрещение не только на учителей, но и на учеников, чтобы потушить свет истины во тьме невежества, утверждая, что галилеяне не имеют нужды в просвещении, ибо должны верить всему, не рассуждая.
Сам он, однако же, старался подражать их чистой нравственности и водворить ее между языческими жрецами, которых возбуждал к тому письменно, как верховный жрец, налагая на них обет воздержания, требуя точного исполнения обрядов, как будто ветхое здание идольской религии могло подняться из своих развалин подле всемогущего, проникнутого духом жизни христианства. «Стыдно, если галилеяне победят нас в делах милосердия», — писал отступник и отпускал большие суммы для заведения больниц и странноприимных домов при капищах, устроил даже подобие монастырей, многократные молитвы, пение гимнов в честь богов, чтение и толкование книг таинственных, предписывал также различные очищения жрецам, которым запрещал зрелища народные, и начертал для них строгие уставы: одним словом, он хотел светлою оболочкою Христианства украсить и оживать давно истлевший труп язычества, и Провидение дозволило ему то последнее безумие, чтобы явственнее показать миру, на каких основах утвердилась вера, обновившая вселенную, и как мало Константин и Иулиан могли сделать сами собою для ее возвеличения, или унижения; ибо краеугольным камнем ее был Тот, Кого изначала отвергли зиждущие, и судьбы Церкви Христовой зависят не от временных, а от вечных законов, направляемых свыше.
Однако мнимое равнодушие ко всем исповеданиям не продолжилось; из-под личины философа проглянул гонитель, и гонению скрытному последовало явное; опять предстали исповедники и мученики. Кесарии врач, брат св. Григория, честимый при дворе царском и часто убеждаемый им к оставлению тех почестей, первый исповедал веру свою пред отступником, когда увидел угрожавшую ей опасность; он поспешил удалиться в Каппадокию к престарелому отцу, епископу Назианскому, где скоро перешел от времени в вечность, возбудив над гробом своим красноречивый плач брата и слезы родителей. Три сановника двора Иулианова, все три, наследовавшие престол его, Иовиниан, Валент и Валентиниан, не утаили также от него своей веры; последний, в качестве начальника стражей царских, входя в капище, осмелился даже поразить при нем одного из служителей языческих, который, окропляя Иулиана водою очистительного, брызнул нечаянно и на его одежду; Валентиниан сейчас изорвал ее на себе и был сослан в Армению, хотя и не лишен сана. И многие из воинов, которые, по издревле принятому обычаю, поклонялись изображениям царским на знаменах, отказались от сего поклонения, когда Иулиан присоединил кумиры Юпитера, Марса и Меркурия к своему лику. Другие, под видом нового обряда, при обычной раздаче денег, будучи коварно принуждены императором к возжжению фимиама на стоявшем пред ним жертвеннике, ужаснулись, когда товарищи их стали обличать в идоложертвовании; свидетельствуя о своей невинности, с воплями устремились они в палаты, бросили золото к ногам императора и просили себе казни за невольное отречение. В первом порыве ярости Иулиан осудил их на смерть, но потом, не желая даровать им венца мученического, разослал в дальние пределы империи.