Властная и не терпящая возражений мать Франклина, Сара Рузвельт, была решительно против этого брака, считая, что для женитьбы он еще слишком молод. Кроме того, она оберегала его с болезненной ревностью. С твердым намерением отдалить обожаемого сына от Элеоноры она пригласила его на прогулку по Карибскому морю. Но ей не повезло. По возвращении Франклин поспешил к Элеоноре, и в конце концов матери пришлось согласиться. Осенью 1904 года Элеонора и Франклин назначили день свадьбы на 17 марта 1905 года, когда президент Теодор Рузвельт должен был прибыть в Нью-Йорк, чтобы принимать традиционный парад в День Святого Патрика.
К алтарю племянницу Теодор Рузвельт вел вместо ее покойного отца. Он позволил себе намек: «Хорошо, что имя остается в семье». Как потом выяснилось, в семье осталось не только имя, но и президентство.
Свадьба Элеоноры и Франклина стала большим общественным событием. Перед домом на 76-й улице в Манхэттене собралась толпа, за порядком следили 75 полицейских. На свадьбу были приглашены 200 гостей, а молодожены получили 340 подарков.
Так как Франклин был еще студентом юридического факультета Колумбийского университета, свадебное путешествие молодые перенесли на каникулы. Они поехали в Европу, откуда привезли много книг и фотографий из Италии, Франции, Германии, Швейцарии и Шотландии. Возвратившись, поселились в доме, который для них сняла и обставила по своему вкусу мать Франклина Свекровь все держала в своих руках: набирала прислугу, решала вопросы отпуска, вмешивалась в воспитание детей.
У Элеоноры и Франклина было шестеро детей, пять сыновей и одна дочь. Энн была первым ребенком (родилась в 1906 году). После нее появились на свет: Джеймс (1907), Франклин (1909, умерший в возрасте восьми месяцев), Эллиот (1910), Франклин Делано (1914) и Джон Аспинуол (1916). У всех детей распался первый брак. Потом они женились вторично, некоторые из них стояли перед алтарем в третий и даже в четвертый раз.
В то время как Франклин Делано Рузвельт постепенно поднимался по служебной лестнице, Элеонора увлеклась политикой. «Долг каждой женщины жить интересами мужа», — говорила она. В 1910 году, когда Франклин Рузвельт добивался в Нью-Йорке должности сенатора, Элеонора считала политику занятием для мужчин, удивляясь тому, что ее муж выступал за предоставление женщинам избирательных прав. Франклин убедил ее в том, что женщина должна иметь равные права с мужчиной. Когда его избрали сенатором, они переехали в Олбани, столицу штата Нью-Йорк. Элеонора была счастлива избавиться от деспотичной свекрови. «Мне хотелось независимости. Только теперь я поняла, что во мне росло желание развивать собственную личность».
В Олбани она присутствовала на заседаниях Нью-Йоркского парламента и интересовалась деятельностью местных политических органов. Встречалась со многими политиками и публицистами, беседовала с ними. В 1912 году она сопровождала мужа на съезд демократической партии, где кандидатом на пост президента выбирали Вудро Вильсона. В 1913 году президент назначил Франклина Рузвельта помощником морского министра, и они переехали в Вашингтон. С этого времени Элеонора участвовала во многих приемах, сама принимала политиков в доме и вела политические дискуссии.
Во время первой мировой войны Элеонора помогала в работе Красного Креста, шила одежду для солдат, работала в солдатской столовой, хотя до конца жизни так и осталась неважным кулинаром. Единственным блюдом, которое ей удавалось, была яичница, поэтому она часто предлагала ее гостям. Кроме того, она полностью отвергала спиртные напитки.
В 1918 году из путешествия по Европе Франклин вернулся с воспалением легких. Элеонора заботилась о больном муже и просматривала его корреспонденцию. Именно тогда ей в руки попало письмо, из которого следовало, что ее муж поддерживал интимные отношения с некой Люси Пейдж Мэсер, молодой, красивой женщиной, которая с 1914 года была его секретаршей. Это открытие едва не разрушило их брак. Много лет спустя Элеонора доверительно поведала друзьям: «Для меня тогда рухнул весь мир». Вначале она предложила мужу развод, но потом они пришли к заключению, что, учитывая интересы детей и его политическую карьеру, такое решение было бы неразумным. Франклин обещал порвать с Люси, а Элеонора простила ему нарушение супружеской верности, но уволила Люси, которая вскоре поступила на военную службу. В 1920 она вышла замуж. Много лет спустя Рузвельт возобновил отношения с уже овдовевшей Люси. В день его смерти, 12 апреля 1945 года, она была у него в Уорм-Спрингс. Письменно Элеонора никогда не высказывалась об этом, но друзьям сказала: «Я могу простить, но не забыть».
Этот роман оставил глубокий след в супружеской жизни Рузвельтов, прежняя теплота отношений и доверие никогда не вернулись. Элеонора продолжала заботиться о муже, но всегда сохраняла определенную дистанцию по отношению к нему и свекрови. Она жила своими интересами и демонстрировала независимость. Биографы единодушно утверждают, что с этого времени они спали в разных спальнях.