В 1906 г., как уже отмечалось, в состав Отряда входило 5 подводных лодок. В 1907 г. к ним присоединились подводные лодки: «Карп», «Камбала» и «Карась». Последние, однако, не были превращены в учебные (на них обучался только кадровый состав, изучавший новый тип лодок). Осенью 1907 г. подводную лодку «Лосось» отправили по железной дороге на Черное море. Туда же была отправлена и подводная лодка «Судак», а затем «Карп», «Карась» и «Камбала». Таким образом. Учебный Отряд подводного плавания выделил из своего состава и укомплектовал личным составом новую часть в Черноморском флоте.
Летом 1909 г. в Отряд вошли две модернизированные лодки- «Макрель» и «Окунь» (типа «Касатка»); одновременно с ними к Отряду причислили опытную подводную лодку «Почтовый».
18 ноября 1909 г. совещание при Морском Генеральном Штабе нашло необходимым ввиду полного отсутствия на Балтийском море боеспособных соединений подводных сил, выделить из Учебного Отряда три лодки («Окунь», «Макрель» и «Стерлядь») и сформировать бригаду подводных лодок в составе:
1-й дивизион – «Окунь», «Макрель», «Минога», «Пескарь» и «Стерлядь»;
2-й дивизион – «Крокодил», «Кайман», «Аллигатор», «Дракон» и «Акула».
В качестве вспомогательных судов были приданы: к 1 дивизиону транспорт «Хабаровск», ко 2 дивизиону- транспорт «Европа». Поскольку «Хабаровск» отчислили от Учебного Отряда подводного плавания, слушателей и учеников переселили с него в береговое помещение.
За время, прошедшее с момента организации Отряда, его материально-техническая база значительно расширилась. Для занятий офицеров-слушателей и учеников устроили классы (торпедный и электротехнический), оборудовали лабораторию для исследования топлива и смазочных масел. На «Хабаровске» установили две динамомашины, компрессоры высокого давления, опреснитель и рефрижератор; оборудовали мастерскую, склад для хранения торпед, зарядных отделений и боезапаса. В распоряжение Отряда была выделена плавучая мастерская для текущего ремонта и два посыльных судна – «Воевода» и «Славянка» (последние отчислили от Отряда весной 1909 г. и вместо них в 1910 г. выделили посыльное судно «Тритон»).
В 1911 г. распределение подводных лодок в Балтийском море было изменено. В состав бригады подводных лодок вошли:
1-й дивизион -«Макрель», «Окунь», «Стерлядь», «Белуга» и «Минога»; вспомогательное судно – транспорт «Хабаровск»;
2-й дивизион – «Акула», «Кайман», «Крокодил», «Аллигатор» и «Дракон»; вспомогательное судно «Европа». Учебные лодки: «Сиг» и «Почтовый».
В 1912-1913 гг. группировка лодок по дивизионам была снова изменена: в 1-й дивизион вошли однотипные лодки «Макрель», «Окунь», «Минога» и «Акула», а во 2-й дивизион -«Кайман», «Дракон», «Крокодил» и «Аллигатор». Учебными подводными лодками Отряда при этом являлись «Белуга», «Стерлядь» и «Пескарь». Опытная лодка «Почтовый» и «Сиг» были сданы в порт.
Выделенные два дивизиона подводных лодок в новом составе продолжали находиться под общим командованием начальника Учебного Отряда подводного плавания. 1-й дивизион до начала первой мировой войны назначался обычно на 2-3 месяца летней кампании для практического плавания слушателей и учеников.
В 1913 г. произошла реорганизация командования. Из двух дивизионов подводных лодок была организована Бригада подводных лодок Балтийского моря.
Учебная и научно-исследовательская деятельность подводников отряда
В период 1906-1914 гг. Учебный Отряд подводного плавания проводил значительную учебную и научно-исследовательскую работу.
Первым следует упомянуть контр-адмирала Э.Н. Щенсновича, который был хорошо знаком с ходом постройки подводных лодок на Балтийском заводе, участвовал в их испытаниях и внимательно изучал факты различных неисправностей на лодках как из-за конструктивных недостатков, так и вследствие недостаточной подготовки команд. Работа Щенсновича в правлении Балтийского завода, а затем в Учебном Отряде подводного плавания способствовала связи проектировщиков и конструкторов лодок с подготовкой кадров офицеров подводного плавания. Щенснович привлек Бубнова. Беклемишева и других видных специалистов в число слушателей первого курса офицеров-подводников, что повышало авторитет впервые организованных офицерских классов. Эту плодотворную связь с офицерами подводного плавания Бубнов, например, использовал при проектировании и постройке подводных лодок «Минога», «Акула» и особенно -«Барсов».