По доносу Старова взяли под стражу князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских, князя Василия Скопина-Шуйского, разных их друзей, князей Татевых, Урусовых, Быковых, Колычевых и множество гостей и купцов. Происходили допросы и пытки. В заключение, князей Ивана Петровича и Андрея Ивановича Шуйских сначала приговорили только удалить в их вотчины, но когда они туда приехали, то их схватили, увезли одного на Белоозеро, другого в Каргополь и удавили. Прочих знатных людей разослали в ссылку по городам, а Федору Нагаю и шестерым его товарищам отрубили головы.
Княжну Мстиславскую, за то, что ее хотели посадить царицею на место Ирины, насильно постригли в монахини; наконец, Годунов не простил и митрополиту: приказал сослать его в Хутынский монастырь; такая же участь постигла крутицкого архиепископа Варлаама за то, что он настраивал царя против Бориса.
Вместо Дионисия посадили на митрополию ростовского архиепископа Иова, во всем покорного Борису и, для сохранения своего положения, готового угождать во всем земной власти. С этих пор Борис сделался вполне единым и самовластным правителем в Московском государстве. Опыт должен был научить всех, как неудобно покушаться отнимать у него власть.
На будущее время беспокоили воображение Бориса потомки царской линии: царевич Димитрий и Мария, вдова короля Магнуса (дочь Владимира Андреевича) с малолетнею дочерью Евфимиею. Расправу с первым осторожный Борис отложил до удобного случая, а прежде разделался с последними. Еще в 1585 году он поручил английскому купцу Горсею уговорить Марию Владимировну переехать с дочерью в Москву из Риги, где поляки содержали ее очень скудно. Горсей уверил ее от имени Бориса, что в Москве ее примут хорошо и наделят вотчинами. Королева с дочерью убежала из Риги и прибыла в Москву на почтовых лошадях, нарочно расставленных для этого Борисом. Сначала Борис принял ее, как обещал, наделил вотчинами, деньгами, а через несколько времени именем царя ее разлучили с дочерью, увезли и постригли в Пятницком монастыре близ Троицы.
В 1589 году маленькую дочь ее похоронили у Троицы с почестями, как королевну. Все твердили, что Борис приказал тайно умертвить ее.
В декабре 1586 года умер Стефан Баторий. В следующем году в Польше началось обычное избрание нового короля, в котором важное участие приняло Московское государство. Предложение Гарабурды, хотя было отвергнуто в том виде, в каком было сделано, произвело, однако, сильное впечатление на правителя. Борис увидел возможность посадить на польско-литовский престол Федора, сообразно давнему желанию литовских панов соединиться с Московским государством посредством возведения на свой престол московского государя. Вероятно, Борис рассчитывал, что расположение к нему Польши и Литвы пригодится со временем, и потому-то при венчании Федора он выпустил его именем всех польских пленников.
Слабоумие Федора не казалось большим препятствием; напротив, можно было рассчитывать, что панам будет тем лучше, чем их король меньше будет иметь возможности показывать свою власть.
Мария Старицкая
В начале 1587 года Борис отправил в Польшу дворянина Ржевского. Этот посланец повез царскую грамоту ко всем панам вообще и, кроме того, письма к отдельным духовным и светским сановникам от имени царя. Каждого приглашали хлопотать, чтобы на престоле был Федор. Давалось обещание свято сохранять все шляхетские права и вольности и, сверх того, наделить панов вотчинами и деньгами. В Польше в то время образовалось три партии: одна, под предводительством Зборовских, хотела выбрать австрийского принца Максимилиана. Другая, – во главе которой был канцлер и гетман Замойский, – склонялась к избранию шведского королевича Сигизмунда, сына короля Иоанна и польской принцессы Екатерины. Третья, состоявшая преимущественно из литовских панов, хотела московского государя. Вслед за Ржевским послы Степан Васильевич Годунов и князь Федор Троекуров, с думным дьяком Василием Щелкаловым, отправились в Польшу и повезли сорок восемь писем к разным панам с самыми лестными предложениями.
Русский царь обещал защищать польско-литовские владения московскими силами, строить на свой счет крепости, отвоевать у шведов и отдать Речи Посполитой Эстонию, обязывался заплатить на 100 000 червонцев долги Стефана Батория ратным людям, предоставить свободную торговлю польско-литовским людям в Московском государстве; а главное, обещал не вступаться вовсе в королевские доходы и все отдать панам в управление, так что если новый государь приедет в Польшу, то не только не потребует от них никаких денег на свое содержание, но еще будет раздавать им свою казну. Борис наказывал своим послам соглашаться, если паны потребуют, чтобы царь был у них королем только по имени, а они бы управлялись сами собою: пусть бы только Польша и Литва оставались в мире и соединении с Москвою, готовые действовать против общего недруга.