Осенью 1800 г. произошло соединение школ Крюзи и Песталоцци, и таким образов был учрежден Педагогический институт, во главе которого стал Песталоцци. В результате объединения школ Крюзи и Песталоцци получилась не только большая объединенная школа, но и довольно сложный комплекс различных педагогических учреждений. Кроме школ имелся и специальный семинарий для педагогов, в котором могли принимать участие учителя в целях усовершенствования своей квалификации.
24 октября 1800 г. Песталоцци выпустил специальное объявление, кратко характеризующее задачи и условия приема в семинарий. В нем говорилось:
«Так как моя попытка упростить начала школьного обучения и обучать легче и вернее детей чтению, письму и счету достигла такой зрелости, когда различные друзья человечества желают широкого распространения моего метода, — я решил отныне открыть специальный семинарий для учителей.
Господин Шлафли — хозяин городской гостиницы в Бургдорфе — обеспечит лицам, желающим обучаться в этом семинарии, дешевый стол, я же требую за весь курс обучения, который для способных граждан не должен превышать срока в три месяца, только два луидора.
Наряду с принадлежащими к протестантскому вероисповеданию могут быть приняты в семинарий и католики, так как в Бургдорфе по всем воскресеньям происходят католические богослужения.
Если кто-либо желает получить более подробные сведения, я просил бы запрашивать их письменно.
Песталоцци».
Бургдорф, 24 октября 1800 г.
В отличие от слушателей семинария, живших вне Института, учащиеся в школе находились в пришкольном интернате.
В школу должны были быть, по идее Песталоцци, принимаемы и бедные дети, и вот 20 ноября 1800 г. Песталоцци выпускает обращение «К нашим согражданам и согражданкам Гельвеции», где он просит о поддержке своих планов, причем Песталоцци обращается с просьбой и о том, чтобы учреждение было поддержано изданием книг Песталоцци, а также привлечением достаточного количества детей в школы и достаточного количества слушателей в семинарий.
В работе Бургдорфского института, кроме Германа Крюзи, принимал ближайшее участие Густав Тоблер (1769–1843). учитель из Базеля, выходец из пролетарской среды, в детстве и подростком работавший на фабрике.
Другим помощником Песталоцци в это время является Иоганн Бус (1776–1855); это один из самых верных сподвижников Песталоцци; работал он в течение довольно длительного времени в Бургдорфе, а затем некоторое время в Ифертене, однако из Ифергена он уехал, так как не поладил с одним из ближайших сподвижников Песталоцци, а именно со Шмидом.
В Бургдорфе Песталоцци был занят организационной работой свыше меры; достаточно указать на то, что, когда его единственный сын Яков, воспитанию которого он так много уделял времени и внимания, умирал в Нейгофе (24 августа 1801 г.), то Песталоцци не мог отлучиться из Института и поехать к нему. Он до этого видел сына в последний раз лишь весною предыдущего года, и это несмотря на то, что от Бургдорфа до Нейгофа, даже и в то время, проехать не стоило большого труда.
Работа в Бургдорфе характеризуется чрезвычайной интенсивностью литературно-педагогической продукции Песталоцци; в это время были им написаны: «Как Гертруда учит своих детей». «Взгляды и опыты, касающиеся идей элементарного образования». «Книга для матерей». «Основы моего метода» и т. д.
Бургдорфский период — это период расцвета теоретической деятельности Песталоцци в области педагогики Однако в Бургдорфе Песталоцци не привелось пробыть достаточно долго: уже в 1804 г., когда реакция по отношению к революции 1793 г. получила большое развитие, по требованию нового Бернского правительства Песталоцци принужден был освободить Бургдорфский замок и перевести свой Институт в Мюнхенбухзее. Замок, в котором находилось его учреждение в Бургдорфе, понадобился Бернскому кантону, и Песталоцци должен был оттуда выехать.
В эпоху Гельветического правительства замок принадлежал всей Республике в целом: после падения этого правительства замок стал собственностью кантона Берна, и бернские власти поспешили изгнать Песталоцци из этого замка.