Главной политической тюрьмой царской России с 1870-х годов служила следственная тюрьма Трубецкого бастиона
Петропавловской крепости.[96] В 1870 году разобрали валганговые стены и казематы, а также одноэтажный Арестный дом во внутреннем дворе Трубецкого бастиона. К январю 1872 года на их месте построили двухэтажное пятиугольное в плане тюремное здание (военные инженеры К. П. Андреев, М. А. Пасыпкин), имевшее 71 (с 1878 г. – 69) одиночную камеру. На втором этаже находилась квартира смотрителя тюрьмы. До марта 1917 года через тюрьму Трубецкого бастиона прошло почти полторы тысячи узников. В 1870-х годах здесь содержалось около ста участников «хождения в народ» (П. И. Войнаральский, П. А. Кропоткин, И. Н. Мышкин, Д. М. Рогачев, С. С. Синегуб, Н. А. Чарушин и др.), члены «Земли и воли», народовольцы (А. И. Желябов, А. Д. Михайлов, Н. А. Морозов, В. Н. Фигнер, М. Ф. Фроленко, А. В. Якимова, Г. А. Лопатин и др.), члены террористической фракции «Народной воли» (П. И. Андреюшкин, В. Д. Генералов, В. С. Осипанов, А. И. Ульянов, П. Я. Шевырев и др.), социал-демократы (Н. Э. Бауман, Ф. И. Дан, П. Н. Лепешинский, А. Н. Потресов, И. И. Радченко, Л. Н. Сталь и др.), эсеры (С. В. Балмашев, Е. К. Брешко-Брешковская, И. П. Каляев, З. В. Коноплянникова, В. В. Лебединцев, М. И. Соколов и др.), деятели иных революционных партий и либерального движения, руководители первого Петербургского Совета рабочих депутатов (Г. А. Хрусталев-Носарь, Л. Д. Троцкий), участники революции 1905–1907 годов, массовых революционных выступлений в армии и на флоте. В 1906–1908 годах в квартире смотрителя тюрьмы заседали военные суды. В ходе Февральской революции 1917 года в Трубецкой бастион доставили 11 арестованных министров царского правительства, а также руководителей политической полиции и других деятелей павшего режима (всего 44 человека).[97] Здесь же проходили заседания Чрезвычайной следственной комиссии, в работе которой принимал участие А. А. Блок. В ночь с 25 на 26 октября 1917 года в Трубецкой бастион были заключены 18 членов Временного правительства, затем – участники антибольшевистских выступлений юнкеров, лидеры кадетской партии (П. Д. Долгоруков, Ф. Ф. Кокошкин, Д. И. Шаховской, А. И. Шингарев), члены «Союза защиты Учредительного собрания» (Н. Д. Авксентьев, А. А. Аргунов, П. А. Сорокин), публицист В. Л. Бурцев и другие.7 марта 1918 года вышло распоряжение наркома юстиции «Об упразднении навсегда Трубецкого бастиона как места заключения», но вскоре камеры бывшей царской тюрьмы, превращенной в застенок ПетроЧК, заполнились жертвами красного террора (в их числе великие князья Георгий Михайлович, Дмитрий Константинович, Николай Михайлович и Павел Александрович, расстрелянные в январе 1919 г. в Петропавловской крепости). По свидетельству современника, в «ликвидационном Трубецком бастионе» единовременно содержалось до 600 человек.[98]
С 14 марта 1921 года в крепость заключили участников Кронштадтского восстания. В 1924 году тюрьма Трубецкого бастиона была превращена в мемориальный музей.