Скобелев все время проводил разведки с целью обезопасить проход войска, продвигаясь с конным отрядом перед войском для защиты колодцев. Так, 5 мая возле колодца Итыбая Скобелев с отрядом из 10 всадников встретил караван перешедших на сторону Хивы казахов. Скобелев, несмотря на численный перевес противника, бросился в бой, в котором получил семь ран пиками и шашками и до 20 мая не мог сидеть на коне.
По выбытии Скобелева из строя Мангишлакский и Оренбургский отряды соединились в Кунграде и под руководством генерал-майора Н. А. Веревкина продолжили движение к Хиве (250 верст) по весьма пересеченной местности, перерезанной множеством каналов, заросшей камышами и кустами, покрытой пашнями, заборами и садами. Хивинцы численностью 6000 человек пытались остановить российский отряд у Ходжейли, Мангыта и других населенных пунктов, но безуспешно.
Скобелев возвратился в строй и 21 мая с двумя сотнями и ракетной командой двинулся к горе Кобетау и вдоль арыка Карауз для разорения и уничтожения туркменских аулов, дабы наказать туркменов за враждебные действия против русских; поручение это он исполнил в точности.
22 мая, с тремя ротами и двумя орудиями, он прикрывал колесный обоз, причем отбил целый ряд атак неприятеля, а с 24 мая, когда русские войска стояли у Чинакчика (8 верст от Хивы), хивинцы атаковали верблюжий обоз. Скобелев быстро сообразил в чем дело и двинулся с двумя сотнями скрыто, садами, в тыл хивинцам, наткнулся на большой отряд в 1000 человек, опрокинул их на подошедшую конницу, атаковал затем хивинскую пехоту, обратил ее в бегство и возвратил отбитых неприятелем 400 верблюдов.
28 мая главные силы генерала Н. А. Веревкина произвели рекогносцировку городской стены и овладели неприятельским завалом и трехорудийной батареей, причем, ввиду раны Н. А. Веревкина, командование операцией перешло к полковнику Саранчову. Вечером явилась из Хивы депутация для переговоров о капитуляции. Ее направили к генералу К. П. Кауфману.
29 мая генерал К. П. Кауфман вступил в Хиву с южной стороны. Однако из-за господствовавшего в городе безвластия северная часть города не знала о капитуляции и не открыла ворота, что вызвало штурм северной части стены. Михаил Скобелев с двумя ротами штурмовал Шахабатские ворота, первым пробрался внутрь крепости и хотя был атакован неприятелем, но удержал за собой ворота и вал. Штурм был прекращен по приказу генерала К. П. Кауфмана, который в это время мирно вступал в город с противоположной стороны.
Хива покорилась. Цель похода была достигнута, несмотря на то, что один из отрядов, Красноводский, до Хивы так и не дошел. Для выяснения причины случившегося Скобелев вызвался выполнить разведку не пройденного полковником Маркозовым участка пути Змукшир – Ортакаю (340 верст). Задача была сопряжена с большим риском. Скобелев взял с собой 5 всадников (в том числе 3 туркмена) и выступил из Змукшира 4 августа. В колодце Даудурь воды не оказалось. Когда до Ортакую оставалось еще 15–25 миль, Скобелев утром 7 августа возле колодца Нефес-кули наткнулся на туркмен и с трудом спасся. Пробиться не было возможности, а потому Михаил Скобелев 11 августа вернулся к исходному пункту, пройдя более 600 верст (640 км) за 7 дней, а затем представил генералу Кауфману надлежащее донесение. За эту разведку Скобелева наградили орденом Св. Георгия IV степени (30 августа 1873 г.).
Зимой 1873/74 г. Скобелев находился в отпуске и провел его большей частью в Южной Франции. Но там он узнал о междоусобной войне в Испании, пробрался в расположение карлистов и стал очевидцем нескольких сражений.
22 февраля Михаил Дмитриевич Скобелев произведен в полковники, 17 апреля назначен флигель-адъютантом с зачислением в свиту Его Императорского Величества.
17 сентября 1874 г. Скобелев командирован в Пермскую губернию для участия во введении в действие приказа о воинской повинности.
В апреле 1875 г. Скобелев вернулся в Ташкент и был назначен начальником военной части российского посольства, отправляемого в Кашгар. Он должен был оценить во всех отношениях военное значение Кашгара. Посольство это направилось в Кашгар через Коканд, правитель которого Худояр-хан находился под русским влиянием. Однако своей жестокостью и корыстолюбием он вызвал против себя восстание и был низложен в июле 1875 г., после чего бежал в русские пределы, в город Ходжент. За ним двинулось и русское посольство, прикрываемое Скобелевым с 22 казаками. Благодаря его твердости и осторожности эта команда, не пуская в ход оружия, без потерь довела хана до Ходжента.
В Коканде вскоре восторжествовали повстанцы, руководимые талантливым вождем кипчаков Абдуррахманом-автобачи; на ханский престол был возведен сын Худояра Насреддин; был провозглашен газават; в начале августа кокандские войска вторглись в русские пределы, осадили Ходжент. Скобелев был послан с двумя сотнями для очищения окрестностей Ташкента от неприятельских шаек. 18 августа к Ходженту подошли главные силы генерала Кауфмана (16 рот, 8 сотен при 20 орудиях); Скобелев назначен начальником конницы.