После падения Плевны Главнокомандующий решил перейти через Балканы и двинуться к Царьграду. Скобелев был направлен под командование к генералу Радецкому, который с 45 000 стоял против Весселя-паши с 35 000. Генерал Радецкий оставил на Шипкинской позиции против фронта турок 15,5 батальона, и направил правую колонну Скобелева (15 батальонов, 7 дружин, 17 эскадронов и сотен и 14 орудий) и левую колонну князя Святополк-Мирского (25 батальонов, 1 дружина, 4 сотни и 24 орудия) в обход главных сил Весселя-паши, находившихся в укрепленных лагерях близь деревень Шипки и Шейнова. 28-го числа все три части отряда генерала Радецкого с разных сторон атаковали неприятеля и вынудили армию Весселя-паши к капитуляции (30 000 человек при 103 орудиях); сдачу Весселя-паши лично принял Скобелев.
После перехода через Балканы Скобелев был назначен начальником авангарда армии (32 батальона и 25 эскадронов сотен с артиллерией и 1 батальоном саперов) и двинулся через Адрианополь к окрестностям Константинополя. По прекращению военных действий, 1 мая, он был назначен начальником «левого отряда» армии, а затем находился в составе армии при ее расположении в Турции и при постепенном очищении территории самой Турции и вновь созданной Россией Болгарии.
Скобелев явился на балканский театр военных действий очень молодым и полуопальным генералом, но он показал выдающиеся образцы военного искусства и заботу о подчиненных, проявил себя хорошим военным администратором.
Скобелев после войны стал очень знаменит.
6 января 1878 г. пожалован золотой шпагой с бриллиантами с надписью «За переход через Балканы», но отношение к нему начальства оставалось неблагоприятным. В письме одному родственнику 7 августа 1878 г. он писал: «Чем более проходит времени, тем более растет во мне сознание моей невиновности перед государем, а потому чувство глубокой скорби не может меня покинуть… только обязанности верноподданного и солдата могли заставить меня временно примириться с невыносимой тяжестью моего положения с марта 1877 года. Я имел несчастье потерять доверие, мне это было высказано, и это отнимает у меня всякую силу с пользой для дела продолжать службу. Не откажи поэтому… своим советом и содействием для отчисления меня от должности с зачислением… по запасным войскам».
Но постепенно горизонт перед ним проясняется, и обвинения с него сняли. 30 августа 1878 г. Скобелев назначен генерал-адъютантом к императору России, что говорит о возвращении к нему доверия.
После войны Михаил Дмитриевич занялся подготовкой и обучением вверенных ему войск в суворовском духе. 4 февраля 1879 г. утвержден в должности командира корпуса, в котором выполнял различные поручения в России и за границей и сильно сближается со славянофилами.
В январе 1880 г. Скобелев назначается командующим военной экспедиции против текинцев. Скобелев составил план, который утвержден и должен быть признан образцовым. Его цель – нанести решительный удар по туркменам-текинцам, населявшим Ахалтекинский оазис. Со своей стороны, узнав о походе, текинцы решили переселиться в крепость Денгиль-Тепе (Геок-Тепе) и ограничиться отчаянной защитой только этого пункта.
В крепости Денгиль-Тепе было 45 000 человек, из них защитников 20 000–25 000; они имели 5000 ружей, множество пистолетов, 1 орудие и 2 зембурека. Текинцы производили вылазки, преимущественно ночью, и наносили немалый урон, захватив даже однажды знамя и 2 орудия.
Скобелев сам сделал вылазку, прошел весь путь, проверил все колодцы, дороги и после этого вернулся назад к своим войскам. Затем начался штурм.
Штурм крепости был произведен 12 января 1881 г. В 11 часов 20 минут дня произведен взрыв мины. Восточная стена упала и образовала доступный обвал. Пыль еще не улеглась, когда колонна Куропаткина поднялась в атаку. Подполковнику Гайдарову удалось овладеть западной стеной. Войска теснили неприятеля, который, однако, оказывал отчаянное сопротивление. После долгого боя текинцы бросились в бегство через северные проходы, за исключением части, которая осталась в крепости и, сражаясь, погибла. Скобелев преследовал отступающего врага на протяжении 15 верст. Русские потери за всю осаду со штурмом составили 1104 человека, во время штурма было потеряно 398 человек (в том числе 34 офицера). Внутри крепости были взяты: до 5 тысяч женщин и детей, 500 персиян рабов и добыча, оцененная в 6 млн рублей.
Вскоре после взятия Геок-Тепе были высланы Скобелевым отряды под начальством полковника Куропаткина; один из них занял Асхабад, а другой прошел более чем на 100 верст на север, обезоруживая население, возвращая его в оазисы и распространяя воззвание с целью скорейшего умиротворения края. И вскоре в Закаспийских владениях Российской империи установилось мирное положение.