Не случайно морякам гвардейцам присваивалась форма, отличная от общефлотской – с элементами обмундирования гвардейской пехоты, и по штату им были положены боевые средства и имущество сухопутного образца с включением шанцевого инструмента и обоза. Разумеется, флотский экипаж нес службу на императорских яхтах и плавсредствах загородных дворцов, привлекался наравне со всей гвардией к караулам, смотрам, парадам, торжествам, но во время боевых действий вместе с инженерными войсками наводил переправы, строил мосты и укрепления. Дрались моряки и в пешем строю вместе с пехотой.
Боевое крещение экипаж получил в Отечественной вой не 1812 г. 2 марта моряки под командованием капитана 2-го ранга И. Карцева в составе 1-й дивизии Гвардейского корпуса выступили в поход из Санкт-Петербурга в Вильно. Оттуда вместе с войсками 1-й Западной армии генерала М. Б. Барклая-де-Толли моряки-гвардейцы отходили вглубь страны.
Экипаж следовал в арьергарде – морякам приходилось уничтожать постройки и имущество, чтобы они не достались врагу. За мастерские действия при наводке мостов в районе Дриссы в присутствии Александра I морякам были пожалованы от императора денежные премии. Первый бой экипаж провел 4 августа при обороне Смоленска, отразив атаки французской кавалерии на Королевский бастион и мост через Днепр.
26 августа 1812 г., в «День Бородина», по приказу Барклая-де-Толли моряки были отправлены на помощь гвардейским егерям, оборонявшим село Бородино от атак дивизии Дельсона. Моряки-гвардейцы отбросили врага и разрушили мост через реку Колочу.
Артиллеристы экипажа, входившие в 1-ю лейб-гвардии легкую артиллерийскую роту, в середине дня под командованием штабс-капитана Лодыгина выдвинулись на позицию к селу Семеновское, где вместе с вставшими в каре гвардейскими пехотными полками отбивали атаки тяжелой кавалерии врага. За пять часов ожесточенного боя они потеряли убитыми и ранеными всех офицеров, погибли четыре матроса.
Несколько офицеров Гвардейского экипажа в тот день выполняли обязанности адъютантов при высшем командовании. Мичман Н. П. Римский-Корсаков неоднократно под градом ядер и пуль доставлял на передовую приказы главнокомандующего М. И. Кутузова, заслужив похвалу своей неустрашимостью и сообразительностью. На Семеновских флешах сражался капитан-лейтенант П. Колзаков, первым бросившийся на помощь раненому П. И. Багратиону.
Моряки гнали французов из России и участвовали Заграничном походе, сражались в Польше, Германии и Франции. За период Отечественной войны экипаж потерял 53 моряка убитыми; 16 матросов награждены Знаком отличия Военного ордена (Георгиевским крестом).
Прославились гвардейцы в сражении 9 мая 1813 г. под Бауценом в Саксонии, где вместе с двумя батальонами гренадер действовали в первой линии и удержали позицию под перекрестным огнем вражеской артиллерии.
Блистательным подвигом экипажа стало участие в кровопролитном сражении под Кульмом в Богемии 16–18 августа 1813 г. Под начальством генерала А. П. Ермолова моряки успешно отражали атаки французского корпуса Вандама, пытавшегося отрезать путь русской армии из гор на дорогу в Теплиц. В кровопролитных боях экипаж понес тяжелые потери убитыми, ранеными и пропавшими без вести.
За мужество экипаж заслужил высшую боевую награду – Георгиевское знамя.
Вместе с российской гвардией экипаж вступил 19 марта 1814 г. в столицу поверженной наполеоновской империи Париж.
Вернувшись из Гавра в Кронштадт на фрегате «Архипелаг», моряки в составе гвардии 30 июля торжественно вошли в Санкт-Петербург через установленные у Нарвской заставы триумфальные ворота. Через год в составе экипажа появился первый боевой корабль – 24-пушечная яхта «Россия». 5 июня 1819 г. в память о сражении при Кульме кораблям Гвардейского экипажа (фрегат «Меркуриус» и 5 придворных яхт) присвоены стеньговые флаги и вымпелы с изображением святого Георгия.
Моряки гвардейского экипажа участвовали в дальних походах российских кораблей. Почти на каждом паруснике, отправлявшемся в кругосветное плавание, находился офицер-гвардеец. Они привозили из кругосветных путешествий всевозможные редкости, которые легли в основу Морского музея, созданного в 1805 г. на базе знаменитой петровской «модель-камеры».
Именами О. Е. Коцебу, Ю. Ф. Лисянского, Б. А. Вилькицкого и других офицеров-гвардейцев названы острова, проливы и другие многочисленные географические пункты.
Совершали заграничные плавания и корабли, комплектовавшиеся гвардейцами. Во Францию, Англию и Пруссию в 1819 г. ходили фрегат «Гектор» и бриг «Олимп». В 1823 г. фрегат «Проворный» подходил к Фарерским островам и Исландии, обошел Великобританию и вернулся через Английский канал и Северное море на Балтику; через год он ходил в Гибралтар, Брест и Плимут. Линейный корабль «Эмгейтен» плавал в район Ростока.