Осенью 1917 года Петроградский митрополит Вениамин был участником Всероссийского поместного собора, призванного восстановить патриаршество в Русской церкви. Иногородних участников собора принял у себя Чудов монастырь, расположенный на территории Кремля. В это же время происходила смена власти в Москве. За кремлевскими стенами укрылись юнкера, выступившие за Временное правительство, на которых было оказано огневое воздействие. Митрополит писал об этом о. Философу Орнатскому: «Последние двое суток насельники Чудова монастыря спасались в подвале и подземной церкви Святителя Ермогена… Стену занимаемого мною помещения пробили два снаряда тяжелой артиллерии, разорвались и произвели большие разрушения. Из своей комнаты я вышел за несколько минут перед этим… через двор в подземную церковь. Шла постоянная служба… Остался цел среди ужасов».
«Подземная церковь» в подвалах Чудова монастыря была устроена на месте заточения и мученической кончины патриарха Ермогена, по воззваниям которого поднялось ополчение, освободившее Москву.
Вот при таких обстоятельствах и возникло решение устроить подобный «Пещерный храм» в Казанском соборе Петрограда. В этом была своя целесообразность: ведь именно при Казанском митрополите Ермогене была явлена прославленная икона, давшая имя собору. Да и время переживалось смутное, под стать тому, что было при давно усопшем патриархе. Даже более сложное, так как к неустройству государственному теперь присоединилось и церковное, вызванное ересью «обновленчества».
Промерзшие стены собора оттаивали вплоть до июля. От сырости на стенах и на живописных поверхностях некоторых икон появились темные пятна. Для того чтобы в следующую зиму температура в соборе не опускалась ниже пяти градусов, о. Василий Маренин решил установить в здании шесть временных железных печей, не забыв при этом, конечно, и новый подземный храм. Устраивался последний в достаточно обширном подвальном помещении, расположенном как раз под главным алтарем собора. Здесь летом заканчивали работы над новым иконостасом. На нем выделялся образ Казанской Божией Матери в серебряной позолоченной ризе, списанный с чудотворной иконы.
В июне 1918 года во время торжественного богослужения в Казанском соборе вновь избранный патриарх Тихон передал настоятелю ковчег с мощами священномученика Ермогена, благословляя тем самым задуманные работы. Воодушевленный этим о. Философ сказал тогда: «Пусть же очнутся, наконец… воры и грабители, раздирающие родину и расхищающие народное достояние, пусть проснутся тепло-хладные и станут на защиту родных святынь…» Теперь ковчег с мощами также был помещен в подземном храме.
В декабре 1920 года настоятелем собора стал пятидесятилетний протоиерей Н.К. Чуков, освободивший, наконец, о. Маренина от ставших для него непосильными забот. А в январе следующего года митрополит Вениамин освятил Ермогеновский придел. Если начинатель постройки, о. Философ Орнатский, именовал его «Пещерным храмом», то теперь он все чаще назывался «Теплым храмом»: в наступившей зиме это было в соборе единственное место, где можно было согреться. Новый храм в храме всегда был переполнен. Ночью в нем находил приют очередной сторож собора.
Архивные документы рассказывают нам о краже драгоценностей из собора в ночь с 22 на 23 июня 1921 года. Злоумышленник спрятался днем на хорах и лежал там до ночи, завернувшись в хранившиеся здесь ковры, приобретенные в 1894 году, когда соборяне ждали у себя наследника престола и его августейшую невесту. В эту ночь нес службу сторож Василий Алексеев. Он осмотрел собор, а потом к 12 часам зашел в «Теплый храм» и заснул. Через два часа преступник спустился с хоров и через окно в стене проник к безоружному сторожу, связал ему руки, ноги и завязал глаза и рот… Сам же с награбленными драгоценностями скрылся через форточку, обращенную к каналу. Всего были ограблены 12 икон (в том числе и чудотворная). Зеркальные стекла, защищавшие их, были разбиты, но лики не пострадали.
Преступника вскоре обнаружили, похищенные ценности вернулись в собор. Однако ненадолго. Летом 1921 года в Поволжье случилась засуха. В деревнях, селах от голода гибли люди, не было семян для весеннего посева. За границей продовольствие и семена можно было приобрести только за наличные деньги. Патриарх Тихон благословил добровольное пожертвование церковных ценностей, не имеющих богослужебного употребления. В феврале 1922 года постановлением ВЦИК было разрешено изъятие у церкви всех предметов, содержащих в себе драгоценные металлы и камни. Не делалось исключения и для священных сосудов. Все это привело к волнениям среди верующих, столкновениям. 15 марта у Казанского собора собралась масса народа, препятствующая изъятиям…