В мае 1998 г. в администрации Ельцина прошли крупные кадровые перестановки. 25 мая Путин был назначен заместителем руководителя администрации, ответственным за региональную политику. В отличие от своей предшественницы - старой соратницы Ельцина Виктории Митиной, - Путин получил должность первого заместителя главы администрации. Однако он недолго совмещал обе должности. 1 июня на посту руководителя ГКУ его сменил генерал-лейтенант госбезопасности Николай Патрушев, также выходец из Санкт-Петербурга, которого в Москву перетащил Путин. Он же рекомендовал назначить Патрушева своим преемником.
Отставку Митиной и назначение на ее место Путина связывали с желанием администрации установить жесткий контроль над региональным руководством (в частности, в свете подготовки к выборам 2000 г.), - Митина, по мнению наблюдателей, с этой задачей не справлялась. Ожидалось, что работа Путина, который, будучи директором ГКУ, установил контакты с руководителями регионов и освоил рычаги влияния на них, будет более эффективной. 4 июня, в ходе своей первой пресс-конференции в новой должности, Путин сообщил, что руководство страны будет уделять больше внимания региональной политике, контроль за выполнением президентских поручений, распоряжений и указов на местах усилится, однако не следует ожидать «закручивания гаек». Путин также рассказал о результатах своей деятельности на посту главы ГКУ -выявленных злоупотреблениях (в частности, в виде нецелевого использования бюджетных средств) и возбужденных уголовных делах. Так, Путин указал на нарушения, обнаруженные в финансовой деятельности компании «Росвооружение», и продолжающуюся проверку этой организации.
Проверка была вызвана, прежде всего, тем, что во главе этой организации стоял человек, поставленный Коржаковым, - Евгений Ананьев. Путин же задумал поставить руководителем этого третьего после нефти и газа лакомого куска российской экономики своего знакомого, офицера действующего резерва ФСБ. Эту шахматную партию Путин выиграл с блеском. Он добился увольнения Ананьева, реконструировал Росвооружение и поставил во главе новой организации своего сослуживца по разведке Андрея Бельянинова (первым заместителем Бельянинова стал Чемезов).
15 июля 1998 г. Путин был назначен вместо Сергея Шахрая главой Комиссии при президенте России по подготовке договоров о разграничении полномочий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации. С тех пор ни один такой договор подписан не был.
Главное контрольное управление было влиятельным органом власти, и В. Путин совмещал этот пост с должностью заместителя руководителя администрации по региональной работе и члена комиссии Совета безопасности РФ по экономической безопасности.
Летом 1997 года В. Путин впервые лично познакомился с Б. Ельциным, поскольку по занимаемой должности он был обязан время от времени докладывать президенту. Б. Ельцин об этих встречах вспоминает в своих мемуарах: «Иногда Путин оставался в администрации за старшего. И тогда встречаться нам приходилось чаще. Путинские доклады были образцом ясности. Он старательно не хотел «общаться», как другие замы, то есть излагать свои концепции, воззрения на мир и на Россию; казалось, специально убирал из наших контактов какой бы то ни было личный элемент. Но именно поэтому мне и хотелось с ним поговорить! Поразила меня и молниеносная реакция Путина. Порой мои вопросы, даже самые незамысловатые, заставляли людей краснеть и мучительно подыскивать слова. Путин отвечал настолько спокойно и естественно, что было ощущение, будто этот молодой, по моим меркам, человек готов абсолютно ко всему в жизни, причем ответит на любой вызов ясно и четко. Вначале меня это даже настораживало, но потом я понял - такой характер». [44 - Ельцин Б. Н. Президентский марафон. М.: «АСТ». 2000. С. 357.]