Пользуясь все возрастающим доверием президента, В. Путин нашел подходящий момент, чтобы реабилитировать себя за самовольные действия, способствовавшие побегу А. Собчака за границу в самый неблагоприятный для него момент, когда, с одной стороны, он лежал в госпитале с обширным инфарктом, а, с другой стороны, Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов по «делу» Собчака направил с санкции самого Б. Ельцина в Санкт-Петербург специальную следственную бригаду во главе с генералом Леонидом Прошкиным, заместителем начальника следственного управления. Многие «демократы», в частности, А. Чубайс, Б. Немцов и В. Юмашев обращались в начале ноября 1997 года к Б. Ельцину с просьбой о защите А. Собчака от уголовного преследования. В. Путин не стал обращаться к президенту, а 3 или 4 ноября тайно приехал в Санкт-Петербург и, пользуясь своими связями в Ленинградском Управлении ФСБ, организовал фактически похищение А. Собчака из клиники профессора Юрия Шевченко - главного кардиохирурга Санкт-Петербурга, будущего Министра здравоохранения РФ. «Тяжелобольного А. Собчака вынесли на носилках во внутренний двор клиники, поместили в машину «скорой помощи» и выехали в аэропорт Пулково, где его ждал финский самолет, специально оборудованный для перевозки таких больных. Аренда этого самолета у частной финской медицинской компании обошлась анонимному нанимателю в 30 тысяч долларов». [45 -Рой Медведев. Владимир Путин. М.: «Молодая гвардия». 2008. С. 82.]
Похищение А. Собчака из тщательно охраняемой клиники было осуществлено 7 ноября, поэтому отсутствие Собчака было обнаружено только 10 ноября. Это стало сенсацией, некоторые сравнивали побег Собчака из ельцинской России с побегом дочери И. Сталина Светланы Аллилуевой из брежневского СССР в 1967 году.
Для последующей репутации операция «похищение» имела для В. Путина чрезвычайно важное значение. С одной стороны, он раз и навсегда реабилитировал себя за фактическое предательство А. Собчака в июле 1996 года, о чем уже сказано выше, и в глазах «демократов» остался верным «собчаковцем». С другой стороны, он очень тонко рассчитал момент, когда можно было признаться своему новому покровителю о мотивах его личного участия в организации побега А. Собчака.
Летом 1998 года в условиях все более обострявшегося политического и социального кризиса Б. Ельцин решил заменить руководство ФСБ, освободив от должности директора ФСБ генерала армии Николая Дмитриевича Ковалева, профессионального чекиста, работавшего здесь с 1974 года. Президента, очевидно, не устраивал как авторитет Ковалева у оперативных работников ФСБ, так и независимость его суждений по ключевым вопросам безопасности страны.
«Я задумался, - пишет он, - кого ставить вместо Ковалева? Ответ пришел мгновенно: Путина! Во-первых, он немало лет проработал в органах. Во-вторых, прошел огромную управленческую школу. Но главное, чем дольше я его знал, тем больше убеждался: в этом человеке сочетаются огромная приверженность демократии, рыночным реформам и твердый государственный патриотизм» [46 - Там же. С. 358.]. Назначение состоялось указом президента от 25 июля 1998 года.
Назначив В. Путина директором ФСБ, Б. Ельцин предложил ему вернуться на военную службу и получить генеральское звание. Однако В. Путин от этого предложения (получение генеральского звания) решительно отказался. «А зачем? - неожиданно ответил В. Путин. - Я уволился из органов 20 августа 1991 года. Я гражданский человек. Важно, чтобы силовое ведомство возглавил именно гражданский. Если позволите, останусь полковником запаса». [47 - Там же. С. 359.]
Деятельность Путина в качестве директора ФСБ, подчинявшегося непосредственно президенту, отчасти координировалась премьер-министром. Премьер-министром в тот момент был Сергей Кириенко. Он представил нового руководителя аппарату ФСБ, охарактеризовав Путина как человека, имеющего опыт работы в спецслужбах и борьбы с экономической преступностью.
Путин в своем выступлении заметил, что возвращается в ФСБ как «в свой родной дом» и настроен на большую конструктивную работу. Тем не менее, в книге «От первого лица» он вспоминал, что воспринял новое назначение без энтузиазма. Другой вопрос -насколько он тут откровенен.
Без энтузиазма отнеслись к назначению Путина и многие кадровые сотрудники ФСБ. Вскоре после назначения Путина правительство Кириенко, самое молодое за всю историю, считавшееся прозападным и реформистки настроенным, было отправлено в отставку. Сменивший Кириенко Примаков, бывший первый заместитель председателя КГБ и директор Службы внешней разведки, был очевидным противником и Ельцина и всего его окружения. Для генералитета ФСБ приход Примакова на пост премьер-министра означал если не свершившийся переворот, то, по крайней мере, его начало. Доставшийся в наследство от ушедшей эпохи Кириенко Путин всерьез не воспринимался. К тому же Путин был всего лишь полковник. В военной организации, где к чинам относились серьезно, без улыбки нельзя было упоминать воинский ранг Путина.