Указ президента Б. Ельцина от 17 февраля 1993 года о реорганизации госхолдинга в РАО снизил долю государства со 100% до 40%, но и эта госсобственность была оформлена в доверительное управление менеджменту нового РАО во главе с Ремом Вяхиревым, то есть в их безраздельную собственность. С этого дня началась массовая «прихватизация» национального богатства бывшего Советского Союза. Растаскивание национального достояния было поставлено на широкую ногу: к 2000 году «Газпром» выступил учредителем более 300 коммерческих структур, каждая из которых в той или иной степени была одарена имуществом бывшего газового министерства. Больше всего повезло «Интере»: компания стала собственником семи крупнейших «дочек» «Газпрома» («Лургаз», «Роспан», «Таркосалнефтегаз», «Ачимнефтегаз», «Сибнефтегаз», «Востокгаз» и «Севернефтегазпром») общей стоимостью $66,8 млрд. За контроль над ними «Интера» заплатила около $370 млн. А, например, 51% «Роспана» стоимостью порядка $100 млн. был продан «Газпромом» всего за 4358 рублей, что на тот момент составляло $286.
В результате к 2000 году при совокупной стоимости газовых резервов $40 млрд. капитализация «Газпрома» колебалась на уровне $7 млрд., убытки составляли порядка $10 млрд. Для сравнения стоимость Exxon Mobil, резервы которой были в 6 раз меньше, чем у «Газпрома», в тот же период времени составляла $302 млрд., а чистая прибыль $6,64 млрд.
С первых дней своего президентства Владимир Путин вплотную занялся «Газпромом», сделав газовый концерн главным «денежным потоком», а заодно и международным энергетическим оружием. 30 мая 2001 гола на совещании в Кремле Путин заявил: «Компания «Газпром» - это больше, чем рядовое акционерное общество. Одной из основных задач будет не только сохранение, но и усиление роли государства в компании и в отрасли в целом». Для превращения компании в мощный политический инструмент власти был взят курс на «накачивание» компании активами и резкий рост ее капитализации. Понятно, что доверить такое дело президент мог только своему человеку. В 2001 году на пост главы «Газпрома» был назначен малоизвестный доселе Алексей Миллер - давний знакомый президента по совместной работе в мэрии Санкт-Петербурга. Он сумел за год провести масштабную кадровую реформу газовой монополии. Вслед за Ремом Вяхиревым компанию вскоре покинули и его ближайшие соратники (первый зам. Вячеслав Шеремет, куратор взаимоотношений с СНГ Александр Пушкин и газпромовский завхоз Николай Гуслистый), а также многочисленные родственники бывших руководителей компании. Среди них родной брат Рема Вяхирева Виктор, возглавлявший буровое подразделение «Газпрома», сын Вяхирева Юрий, управлявший «Газпром экспортом», дочь Татьяна - крупный акционер главного подрядчика «Газпрома» компании «Стройтрансгаз», ее муж Евгений Дедиков, занимавший в «Газпроме» скромный пост зам. начальника управления науки и экологии, а также двое сыновей Виктора Черномырдина - Виталий и Андрей, владевшие крупными долями в «Стройтрансгазе».
На освободившиеся кресла сели бывшие питерские коллеги Алексея Миллера и сослуживцы Владимира Путина по питерской мэрии, внешней разведке, а также близкие родственники президента.
Методы работы по «консолидации активов» у нового пропутинского менеджмента были жесткие. Показательна в этом смысле история возвращения в лоно «Газпрома» нефтехимических активов. Президент компании «Сибур», крупнейшего переработчика попутного нефтяного газа (на ее долю приходится около половины этого рынка), Яков Голдовский, инициировавший выпуск нескольких допэмиссий компании с целью уменьшить долю «Газпрома» в «Сибуре», был арестован прямо в приемной Алексея Миллера. Проведя более полугода в общей камере Бутырской тюрьмы, Голдовский передал структурам «Газпрома» акции около десятка нефтехимических предприятий, ранее выведенных из-под контроля «Сибура». После этого экс-главу крупнейшего нефтехимического холдинга России отпустили под залог, а «Газпром» отозвал свои исковые заявления. Позже Голдовский уехал из страны.
Уже через несколько лет в «Газпром» вернулись практически все активы, выведенные из компании за предыдущие 10 лет. В нулевые годы текущего столетия «Газпром» превратился в настоящую империю. Характерной особенностью ее стало то, что в развитие основной деятельности здесь вкладывается в разы меньше средств, чем в непрофильные активы. По данным бывшего министра энергетики Владимира Милова, в период с 2001-го по 2007 год компания направила на развитие газодобычи немногим более $27 млрд., на непрофильные инвестиции за тот же период было потрачено на 65% больше - $44,6 млрд. Сегодня у «Газпрома» имеются: 6 страховых компаний, 2 аэропорта, 5 телеканалов, 6 радиостанций, 7 журналов и газет, 2 кинотеатра и 1 футбольный клуб.