Последнее письмо Евфросинье Алексей направил из Твери. Царевич выражал надежду, что «меня от всего уволят, что нам жить с тобою, будет бог изволит, в деревне и ни до чего нам дела не будет». Царевич полагал, что его давнишнее намерение жениться было близко к осуществлению. Мысль об этом он как-то высказал Ивану Афанасьеву задолго до бегства: «Ведайте себе, что на ней женюсь. Ведь и батюшка таковым же учинил», то есть вступил в брак с безвестной пленницей.
31 января 1718 года царевич был доставлен в пригород Москвы, а 3 февраля состоялся его въезд в старую столицу, где находился двор и куда вызвали сенаторов, высшее духовенство и генералитет. Сцена встречи царевича с отцом описана современником-иностранцем.
«Войдя в большую залу дворца, где находился царь, окруженный всеми своими сановниками, царевич вручил ему бумагу и пал на колени перед ним. Царь передал эту бумагу вице-канцлеру барону Шафирову и, подняв несчастного сына своего, распростертого у его ног, спросил, что имеет он сказать. Царевич отвечал, что он умоляет о прощении и о даровании ему жизни.
На это царь возразил ему: я тебе дарую то, о чем ты просишь, но ты потерял всякую надежду наследовать престолом нашим и должен отречься от него торжественным актом за своею подписью.
Царевич изъявил свое согласие. После того царь сказал: „Зачем не внял ты моим предостережениям, и кто мог советовать тебе бежать?“ При этом вопросе царевич приблизился к царю и говорил ему что-то на ухо. Тогда они оба удалились в смежную залу, и полагают, что там царевич назвал своих сообщников».
После уединенного разговора собеседники возвратились в зал, где царевич подписал заготовленное отречение от престола: он обещал «наследства никогда ни в какое время не искать и не желать и не принимать eго ни под каким предлогом». Тут же был обнародован манифест о лишении Алексея права наследовать престол.
Догадка иностранного дипломата о содержании уединенной беседы отца с сыном оказалась правильной: Алексей назвал главных сообщников. Петр, как и во время розыска над стрельцами в 1698 году, руководство следствием взял в свои руки. В тот же день он отправил двух курьеров в Петербург к Меншикову. «Майн фринт, – обращался царь к губернатору. – При приезде сын мой объявил, что ведали и советовали ему в том побеге Александр Кикин и человек его Иван Афанасьев, чего для возьми их тотчас за крепкий караул и вели оковать».
Несколько часов спустя царь, уточнив, что оба брата Афанасьевых назывались Иванами, отправил другого курьера с письмом, в котором разъяснил, что сковать надлежит старшего, «а не хуже, чтоб и всех людей подержать, хотя и не ковать».
6 февраля, еще не получив донесений от Меншикова о выполнении предшествующих повелений, царь направляет курьера с новым предписанием: Кикина и Афанасьева «разпроси в застенке, один раз пытай только вискою одною, а бить кнутом не вели, и ежели кто еще явитца, и тех так же». Царь велел немедленно прислать всех оговоренных в Преображенское и тут же пояснил, почему он запретил бить их кнутом: «чтоб дорогою не занемогли».
Круг причастных к делу лиц расширялся, и царь посылал к Меншикову еще много курьеров – с предписанием «взять за караул» князя генерала Долгорукова, Ивана Нарышкина, брата и сестру своей бывшей супруги – Авраама Лопухина и Варвару Головину – и многих других. Всех их надлежало прислать в Преображенское, ибо, писал Петр, «дело сие зело множитца».
4 февраля, то есть в тот день, когда курьеры мчались в новую столицу, чтобы доставить в застенки оговоренных Алексеем людей, Петр составил для царевича так называемые вопросные пункты. Царя интересовали сообщники царевича, люди, руководившие поступками безвольного сына, подсказавшие ему мысль об отречении от престола и посоветовавшие бежать за границу. Отец призывал сына к полной откровенности и чистосердечному рассказу обо всем: «все, что к сему делу касается, хотя чего здесь и не написано, то объяви и очисти себя, как на сущей исповеди. А ежели что укроешь, а потом явно будет, – на меня не пеняй, вчерась пред всем народом объявлено, что за сие пардон не в пардон».
О чудовищных планах, вынашиваемых царевичем, Петр тогда еще не знал и поэтому, проявив великодушие, решил строго наказать сообщников при условии, что сын не станет скрывать ни своих замыслов, ни своих действий.