18 марта двор отправился из Москвы в Петербург. Туда же были доставлены оставшиеся в живых сообщники царевича, подлежавшие дальнейшему розыску. В отдельной карете, без оков, ехал Алексей. Он все еще находился под впечатлением жестоких казней, совершенных в Москве накануне. Кикин, его советник и организатор побега, был подвергнут колесованию: чтобы продлить мучения, ему отрубали руки и ноги с большими промежутками во времени. Отрубленную голову палач воздел на кол. Вспоминал и о суровом предупреждении отца, высказанном полтора месяца назад в свой адрес: «А ежели что укроешь, а потом явно будет, – на меня не пеняй». Пытался размышлять о том, какие показания против него могут быть добыты следствием в Петербурге. Прикидывал, как вести себя в дальнейшем. Стоило, однако, возобновиться следствию, как все эти размышления были забыты.
Страх за свою жизнь совершенно затмил рассудок царевича, и он лгал, изворачивался, оговаривал других, пытаясь умалить свою вину. Признания Алексея следовали лишь после того, как неопровержимые улики и очные ставки делали бесполезным дальнейшее запирательство.
Решающую роль в разоблачении царевича сыграла его любовница Евфросинья, после разрешения от бремени доставленная в апреле 1718 года в Петербург.
Судьба Алексея, разумеется, находилась в руках Петра. Но царь не пожелал сам распоряжаться этой судьбой. Петр помнил о своем обещании простить сына и разрешить ему после возвращения в Россию жениться на Евфросинье. Но следствие обнаружило, что бегство царевича отнюдь не являлось безобидным поступком сына, покинувшего страну ради того, чтобы избавиться от монастырского заточения. Собственный сын оказался изменником.
Царь направил два одинаковых по содержанию послания: одно было адресовано духовным иерархам, другое – светским чинам. Обращаясь к тем и другим, Петр заявил, что он как отец и как государь мог бы сам вынести приговор. «Однако ж, – писал царь, – боюсь бога, дабы не погрешить, ибо натурально есть, что люди в своих делах меньше видят, нежели другие в их. Також и врачи, хотя б и всех искуснее который был, то не отважится свою болезнь сам лечить, но призывает других».
Свое послание царь заканчивает просьбой вершить суд нелицеприятный, в соответствии с виной осуждаемого, отрешаясь от того, «что тот суд ваш надлежит вам учинить на моего, яко государя вашего, сына».
Послания зачитывались на совместном собрании светских и духовных чинов. Современник оставил следующее его описание: «Когда все члены суда заняли свои места и все двери и окна залы были отворены, дабы все могли приблизиться, видеть и слышать, царевич Алексей был введен в сопровождении четырех унтер-офицеров и поставлен насупротив царя, который, несмотря на душевное волнение, резко упрекал его в преступных замыслах. Тогда царевич с твердостью, которой в нем никогда не предполагали, сознался, что не только он хотел возбудить восстание во всей России, но что если царь захотел бы уничтожить всех соучастников его, то ему пришлось бы истребить все население страны. Он объявил себя поборником старинных нравов и обычаев, так же как и русской веры, и этим самым привлек к себе сочувствие и любовь народа.
В эту минуту царь, обратись к духовенству, сказал: смотрите, как зачерствело это сердце, и обратите внимание на то, что он говорит. Соберитесь после моего ухода, вопросите свою совесть, право и справедливость и представьте мне письменно ваше мнение о наказании, которое он заслужил, замышляя против отца своего. Но мнение это не будет конечным судом; вам, судьям земным, поручено исполнять правосудие на земле. Во всяком случае, я прошу вас не обращать внимание ни на личность, ни на общественное положение виновного, но видеть в нем лишь частное лицо и произнести ваш приговор над ним по совести и законам. Но вместе с тем я прошу также, чтоб приговор ваш был умерен и милосерд, на сколько вы найдете возможным это сделать».
Царевич, остававшийся во все это время спокойным и являвший вид большой решимости, был после сего отвезен обратно в крепость. Помещение его состоит из маленькой комнаты возле места пытки. Но недолго продолжал он оказывать твердость, ибо вот уже несколько дней, как он кажется очень убитым.
Смена настроений царевича, переход от подавленности к веселой беззаботности, а от нее либо к истерике, либо к тупому упрямству – характерная черта поведения Алексея. Отсюда и сцена публичной полемики, описанная выше голландским дипломатом, отражала вовсе не «твердость» Алексея, а вспышку озлобленности обреченного человека, наговорившего в исступлении немало нелепостей. Это тем более вероятно, что в столице носились упорные слухи о психическом расстройстве царевича в последние месяцы его жизни. В конце апреля 1718 года француз де Лави писал о царевиче: «Все его поступки показывают, что у него мозг не в порядке».