Сохранилось шесть редакций инструкции генерал-прокурору, из них четыре со следами правки и дополнений Петра. Генерал-прокурор, как сказано в указе о его должности, был «оком государевым», которому поручалось «накрепко смотреть, чтобы Сенат свою должность ревностно отправлял». Генерал-прокурору подчинялась сенатская канцелярия, а сам он был независим от Сената и мог быть судим только императором. Задача генерал-прокурора состояла не столько в регистрации нарушений закона, сколько в их предупреждении. Поэтому генерал-прокурору и прокурорам коллегий было предоставлено право вмешиваться в обсуждение того или иного вопроса, указывать на незаконность принятого решения и необходимость его пересмотра. Ему было предоставлено даже право приостанавливать решение Сената. Генерал-прокурор, таким образом, в чиновной иерархии занимал самую верхнюю ступень. Облеченный огромной властью, он должен был пользоваться полнейшим личным доверием царя. Именно таким генерал-прокурором был Ягужинский, человек весьма энергичный и властный, умевший придать этой должности высокий престиж. Петр высоко ценил способности Ягужинского, его прямоту, остроумие и веселый нрав. Рассказывают, что царь однажды велел Ягужинскому написать указ: если кто украдет столько, что на эту сумму можно купить веревку, то будет повешен. Генерал-прокурор возразил: «Мы все воруем, только один более и приметнее, чем другой». Петр расхохотался и отменил приказание.
Организация новых учреждений – лишь половина дела. Коллегии надо было вооружить уставами, регламентами, наставлениями, определявшими каждый шаг чиновника любого ранга. Петр принимает в их составлении живейшее участие. Одни из них он составлял сам, другие тщательно редактировал, вносил дополнения либо сокращал текст. Этой работой он временами занимался по 14 часов в сутки.
Работу над воинским и морским уставами Петр начал еще в 1715 году. «Устав воинский» он закончил в 1716 году, а затем в занятиях над составлением уставов и peгламентов наступил двухлетний перерыв. Возобновление работы над Морским уставом в 1718 году отмечено в записной книжке. Петр сделал для себя заметку, кому поручить группировку пунктов уставов зарубежных стран, а 4 апреля того же года был издан указ. Конону Зотову надлежало из иностранных уставов сделать выписки «о каждой материи». В основу должен был быть положен английский регламент, дополненный текстами соответствующих пунктов из французского, датского, шведского и голландского регламентов. Сохранились черновые наброски плана Морского устава, составленные Петром. В январе 1720 года устав был готов. В предисловии к нему Петр написал, что он составлен «из пяти морских регламентов и к тому довольную часть прибавили, что потребно», и все это, заявил царь, «чрез собственный наш труд учинено и совершено».
Закончив составление Морского устава, Петр наметил программу составления Адмиралтейского регламента, затребовав материалы от учреждений, причастных к подрядам, к заготовке снаряжения для Адмиралтейства, об оплате труда работников и т. д. В январе-феврале 1721 года он присутствует в Сенате «как до полудня, так и по полудни», где обсуждались Морской устав и Адмиралтейский регламент. В следующем году Петр дважды продолжительное время посвящал Адмиралтейскому регламенту – всю вторую половину февраля и затем в октябре, когда он четыре дня в неделю отводил этой работе. О своем участии в составлении Адмиралтейского регламента Петр с полным на то основанием писал, что он учинен «не повелением токмо, но самым трудом, где не токмо утрами, но вечерами по дважды на день оное делано в разные времена».
Каждая коллегия получила регламент с перечислением прав и обязанностей применительно к находившейся в ее ведении отрасли управления. Регламенты Берг-коллегии и Мануфактур-коллегии, кроме того, устанавливали привилегии промышленникам, чем способствовали развитию крупного производства. Особое место среди регламентов занимал Генеральный регламент. Он определял права и обязанности должностных лиц всех центральных учреждений, начиная от президента коллегии и заканчивая истопником и служителем, который сидел в прихожей, и когда «в колокольчик позвонят», то должен был «войтить и принять повеление».
О том, какое значение Генеральному регламенту придавал Петр, свидетельствует тщательное его редактирование. Сохранилось 12 редакций документа, шесть из них принадлежит Петру. Он правил стиль, вносил дополнения, включал новые статьи. Особенно много дополнений рукой Петра внесено в статьи Генерального регламента, где определена мера наказания за проступки должностных лиц.
К регламентам примыкает Табель о рангах 1722 года – указ, отразивший рационалистические взгляды царя на служебную годность дворянина. В допетровские времена критерием служебной годности была порода, происхождение. Путь в высшие чины открывался прежде всего потомкам аристократии, что придавало чинам практически наследственный характер. Лишь немногим представителям худородных фамилий удавалось преодолеть этот обычай.