В отличие от левых и кадетов, для которых цель неизменно служила оправданием применяемых средств, даже в условиях беспощадной борьбы с революционным террором Столыпин не принимал беззакония. Когда до него дошли сведения о случаях насилия над заключенными революционерами и применении к ним избиений для получения необходимых полиции сведений, он отреагировал немедленно: губернаторам и градоначальникам была послана следующая циркулярная телеграмма, возлагавшая на них личный контроль за прекращением нарушения закона: «В Министерство Внутренних Дел поступили сведения о нескольких случаях допущения чинами тюремной администрации и полиции насилия над заключенными, причем эта противозаконная мера применялась иногда при допросах с целью вынудить откровенные показания от арестованных.
Подобные факты с несомненностью свидетельствуют об отсутствии должного надзора за действиями означенных административных чинов со стороны Начальников губерний, последствием чего и являются приведенные злоупотребления властью.
Введенные Столыпиным военно-полевые суды вынесли всего 1102 смертных приговора (а реально казнено было почти вдвое меньше — 683 человека). Цифра казненных выглядит более чем скромно по сравнению с приводившимися выше цифрами жертв террористической вакханалии со стороны защитников государства и просто мирных жителей. И когда с помощью чрезвычайных мер Столыпин сбил волну террора, то он не сделал попытки продлить действие закона о военно-полевых судах, который прекратил свое действие 20 апреля 1907 года. Категория дел, которые ранее рассматривались военно-полевыми судами, передавалась в военно-окружные суды, в которых не было упрощенного судопроизводства. Впрочем, военно-окружные суды тоже внесли свой вклад в окончательное уничтожение терроризма — с 1907 по 1909 год они вынесли 4232 смертных приговора террористам, из которых были приведены в исполнение 1824.
После апреля 1907 года военно-полевые суды имели право лишь на рассмотрение дел военнослужащих и число осужденных (в основном это были организаторы военных бунтов и убийцы командного состава) свелось к минимуму — например, в год смерти Столыпина они осудили всего 58 человек.