Буквально через месяц, 12 августа 1906 года, когда Столыпин на своей даче на Аптекарском острове принимал посетителей, боевая организация эсеров подготовила на него и его семью покушение. Вот как описывает его современник (А. П. Аксаков), хорошо знавший все подробности преступления: «Спустя только месяц после назначения Столыпина Председателем Совета Министров, группа социалистов-революционеров максималистов организовала чудовищное по жестокости покушение. Произошел взрыв министерской дачи на Аптекарском острове. Вот в кратких словах описание этого события. 12 августа 1906 г., в 3 час. 15 мин. дня, во время приема у Председателя Совета Министров, к даче его у Ботанического сада подъехало ландо, в котором находилось 3 человека; из них двое были в форме офицеров. Они подъехали к даче министра уже тогда, когда запись посетителей была прекращена, а потому, несмотря на приемный день, прислуга не хотела их впускать. Они проявили намерение проникнуть силой в следующую за прихожей приемную комнату, где ждали своей очереди многочисленные посетители и находился весь состоящий при Председателе Совета Министров штат должностных лиц. Во время столкновения с прислугой, один из злоумышленников, одетый в жандармскую офицерскую форму, бросил разрывной снаряд, тотчас же со страшной силой разорвавшийся. Силой взрыва были разворочены прихожая, прилегающая к ней дежурная комната и частью следующая за ней приемная, а также разрушен подъезд, снесен балкон второго этажа, опрокинуты выходящая в сад деревянные стены первого и второго этажей. По всему зданию прошел страшный толчок. Сила взрыва была такова, что частями разрушенных стен и выброшенных из дома предметов меблировки, а также мелкими осколками стекла была осыпана вся набережная перед дачей. Министр, принимавший просителей у себя в кабинете, остался невредимым. Его дочь и сын, находившиеся на балконе второго этажа, были ранены; первая в обе ноги, а второй в бедро с переломом кости. Находившиеся в швейцарской и в соседних комнатах лица убиты и ранены. Раскопками, произведенными нижними чинами двух полков и пожарными пяти городских частей, обнаружены 27 трупов и 32 человека с разными тяжелыми повреждениями; убийцы сами были убиты взрывом. Трупы лиц, бывших на даче, особ разных рангов и положений, среди которых были дамы и даже один младенец, найдены большей частью обезображенными, в виде бесформенных масс, без голов, рук и ног; и долго объятые ужасом, родные отыскивали среди этих обезображенных тел близких им людей. Карета скорой помощи отвезла детей министра в частную лечебницу доктора Кальмейера, куда скоро прибыл и сам П. А. Столыпин. Мальчику, сыну Столыпина, было только три года, а дочери его 14. Несчастная девочка, когда ее вытащили из-под досок и мусора, и понесли в соседний дом, говорят, спросила: «Что это — сон?» «Нет, это не сон, барышня», — ответили ей. Когда ее положили на кровать, и она увидела свои окровавленные ноги, она горько заплакала.
Несмотря на страдания детей и ужас пережитой минуты, когда среди развалин дачи он видел себя окруженным обезображенными трупами, многие из которых представлялись искалеченными остатками близких ему людей, П. А. Столыпин не потерял присутствия духа и мужественно давал необходимые распоряжения.
«После того как детей увезли, — рассказывает один очевидец, — министр вошел в полуразрушенный кабинет, вместе с министром финансов Коковцевым, который уговаривал его перевести семейство к нему.
— Когда я вытащил свою дочь из под обломков, ноги ее повисли как пустые чулки, — говорил он. Одежда министра вся была замазана известкой, на голове у него было большое чернильное пятно, так как во время взрыва подняло стол и опрокинуло чернильницу. Столыпин хладнокровно приказал позвать офицера и сказал ему: «Поставьте караул к столу; я видел здесь человека, который хотел его открыть. Тут государственные документы». В саду позади виллы отдавал приказания молодой чиновник, прикомандированный лично к Столыпину, весь окровавленный, перевязанный, каким-то чудом спасшийся из маленькой дежурной комнаты, совершенно разрушенной. На деревьях набережной висели клочья человеческого тела…
«В тот же вечер, — продолжает тот же очевидец (Г. Сыромятников), — я был у Столыпина, он бодро говорил мне, что надеется спасти своих детей»…
Ужасное, неудачное для активных революционеров покушение, стоившее стольких жизней, и причинившее столько страданий, вызвало общий крик негодованья и ужаса. Со всех сторон полетели к Столыпину выражения искреннего соболезнования. Сам Государь удостоил его следующей сердечной телеграммой: «Не нахожу слов, чтобы выразить свое негодование; слава Богу, что Вы остались невредимы. От души надеюсь, что Ваши сын и дочь поправятся скоро, также и остальные раненые».