Однако подпольная деятельность революционных партий продолжалась. Сердца руководящей кучки революционеров не дрогнули пред клочьями разорванных на Аптекарском острове тел, пред массой бесплодно загубленных жизней, и эсеровские «боевые дружины», летучие отряды и группы бомбистов стали вновь сорганизовываться. Уже в декабре 1906 года неким Добржинским была организована «боевая дружина», которая, по поручению центрального комитета партии социалистов-революционеров, должна была убить того же П. А. Столыпина; она была во время открыта и захвачена.
7 мая 1907 года Столыпин обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против самого Столыпина: «В феврале текущего года отделение по охранению общественного порядка и безопасности в Петербурге получило сведение о том, что в столице образовалось преступное сообщество, поставившее ближайшей целью своей деятельности совершение ряда террористических актов. […] В настоящее время предварительным следствием установлено, что из числа задержанных лиц значительное число изобличается в том, что они вступили в образовавшееся в составе партии социалистов-революционеров сообщество, поставившее целью своей деятельности посягательство на священную особу Государя Императора и совершение террористических актов, направленных против Великого князя Николая Николаевича и председателя Совета Министров […] В квартире оказались, действительно, члены Государственной думы».
В заговоре приняли участие 55 депутатов, и Столыпин, сообщая Думе о его раскрытии и обыске в квартире депутата Озоля, заявил, что представляется необходимым принятие мер к обеспечению правильного хода правосудия, для чего требуется разрешение Думы на привлечение нескольких ее членов в качестве обвиняемых. Премьер добавил, что всякое промедление со стороны Думы в разрешении предъявленных к ней требований или неполное их удовлетворение поставит в невозможность дальнейшее обеспечение спокойствия и порядка в государстве.
После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил II Государственную думу. Тогда же были арестованы все депутаты с.-д., которые еще не скрылись. Население встретило роспуск Думы совершенно спокойно: не было ни демонстраций, ни попыток устраивать забастовки.
«Революция объективно закончилась», — писал П. Б. Струве.
Еще продолжались террористические акты, аграрные волнения, но даже Ленин на конференции социал-демократов признавал, что «революционной ситуации» больше нет.
В революционном движении наступило временное затишье. П. А. Столыпин заявил: «Дайте государству двадцать лет покоя, внутреннего и внешнего, и вы не узнаете нынешней России»
Манифест от 3 июня, объявивший о роспуске II Государственной думы, в тоже время объявил и о новом избирательном законе. «Измененный по инициативе Столыпина избирательный закон создал большую ответственность депутатов перед избирателями, а потому сделал выборы более сознательными; в то же время он устранил опасность переполнения Думы инородцами, сократив их число. Введением этого закона, Столыпин сделал великий шаг вперед на пути созидания нового строя русской жизни; он привел Россию к Думе работоспособной, при содействии которой удалось, наконец, стать на прочную почву законодательных работ» (А. П. Аксаков).
Новая избирательная система, которая использовалась при выборах в III Государственную думу, увеличила представительство в ней землевладельцев и состоятельных горожан, а также русского населения по отношению к национальным меньшинствам, что привело к формированию проправительственного большинства. Большинство в новоизбранной III Думе составили «октябристы». Находящиеся в центре «октябристы» обеспечивали Столыпину принятие законопроектов, вступая в коалицию по тем или иным вопросам либо с правыми, либо с левыми членами парламента. В то же время партия Всероссийский национальный союз, которой покровительствовал премьер, лидировала в думской национальной фракции, занимавшей промежуточное положение между октябристами и правой фракцией.
По свидетельству современников, III Государственная Дума явилась «созданием Столыпина». С первых же дней деятельности этой Думы требовал разъяснений вопрос о современном государственном строе в России. Выступление Столыпина по этому вопросу состоялось 16 ноября 1907 года. При полном составе всех депутатов, в зале, заполненном публикой, на ораторской трибуне появился П. А. Столыпин. Голос его звучал громко, отчетливо и ясно. Были даны ответы на самые серьезные вопросы русской жизни.