До определенной степени царь был терпим даже к старообрядцам, которых Православная церковь осуждала и преследовала с особенным рвением. Для Петра имело значение лишь одно: прибыток или урон государству может принести их вера – то, что они крестятся двумя, а не тремя перстами, не слишком его заботило. В свое время тысячи старообрядцев, скрываясь от преследований, основали поселения в глухих лесах на севере России. В 1702 году Петр с пятью батальонами выступил из Архангельска на юг. Путь лежал через земли староверов. Полагая, что царское войско двинулось расправиться с ними, староверы запирались в скитах и готовились к самосожжению, ибо предпочитали смерть отречению от своей веры. Но Петр вовсе не собирался их трогать и отправился дальше – воевать со шведами, оставив староверам возможность жить по своему обычаю. Впоследствии в окрестностях Олонца были обнаружены залежи железной руды, и немало старообрядцев стало работать на рудниках и у плавильных печей. Многие оказались хорошими мастерами, и Петра это не могло не радовать: веротерпимость приносила свои плоды. «Пусть веруют, как хотят, – говорил Петр, – коли уже нельзя их обратить от суеверия рассудком, то конечно, не пособит ни огонь, ни меч, а мучениками за глупость быть – они той чести не достойны, да и государство пользы иметь не будет».
И до поры старообрядцы вели тихую жизнь по глухим окраинам. Повиноваться церковным властям они отказывались, но подати платили исправно и отличались чистотой нравов. Однако шла война, России требовалось все больше рабочих рук, и со временем Петр рассудил, что, укрываясь в лесах, староверы выказывают не только приверженность древним обычаям, но и неприятие политики государства. В феврале 1716 года царь повелел провести перепись старообрядцев и обложить их двойным налогом. Желая выставить их на публичное осмеяние и, опозоренных, возвратить в лоно Православном церкви, царь предписал всем раскольникам носить на спине лоскут желтой материи. Эти меры, однако, привели лишь к тому, что староверы гордились своим отличительным знаком, число их множилось, а от поборов они бежали в такую глухомань, что правительственным чиновникам было до них не дотянуться. К концу царствования Петра терпимость его к раскольникам заметно поубавилась. В раздражении он приказал было ссылать старообрядцев в Сибирь, но затем отменил этот указ, решив, что там их уже и так предостаточно. В 1724 году всем староверам (кроме крестьян), желавшим сохранить бороду, было предписано носить особый медный медальон. На нем была изображена борода, и чтобы заплатить за него, требовались немалые деньги.
Хотя Петр и допускал в России широкое разнообразие религиозных верований, терпимость его не распространялась на один из католических орденов – орден иезуитов. Другим католическим братствам дозволялось беспрепятственно действовать в России: францисканцы и капутинцы даже имели небольшие монастыри. Первоначально иезуитам тоже было позволено совершать в Москве свои требы, а их миссия ко двору маньчжурского императора Китая Кан-си получила свободный пропуск через территорию России. Но затем Петр заподозрил, что религиозное рвение иезуитов – не более чем ширма, прикрытие их стремления к политической власти. Подтверждением мирских интересов ордена, на взгляд Петpa, явились тесные связи братства Иисуса с венским императорским двором. Впоследствии царь издал указ, предписывавший иезуитам через четыре дня после уведомления покинуть российские пределы, поскольку всему миру известны опасные махинации иезуитов, которые «не могут отстать от того, чтобы не мешаться в политические дела». Однако, высылая иезуитов, Петр не потребовал закрытия римско-католического костела в Санкт-Петербурге. Он разрешил прихожанам послать за новым священником и настаивал лишь на том, чтобы их будущий пастырь не принадлежал к иезуитскому ордену и не был связан с австрийским двором.