Случались и более изощренные религиозные мистификации, которые, с одной стороны, возмущали Петра, а с другой – возбуждали его любопытство. В 1720 году по Петербургу пошли толки о том, что икона Пресвятой Богородицы в одной из церквей проливает горькие слезы оттого, что вынуждена прозябать в столь мрачном и унылом краю. Об этом прослышал канцлер Головкин и тотчас отправился в церковь. Протолкнувшись сквозь собравшуюся в храме толпу, он удостоверился, что образ и впрямь источает слезы. Немедленно отправили гонца к Петру, который в то время инспектировал строившийся Ладожский канал. Узнав о чуде, царь не мешкая тронулся в путь и, проехав всю ночь, поутру явился в храм. Служители подвели государя к иконе. Глаза ее в тот момент были сухими, но многие из находившихся в церкви уверяли, что видели слезы. Петр долго смотрел на икону, покрытую толстым слоем лака, а потом велел снять образ (он висел довольно высоко) и доставить к нему во дворец. Там икону тщательно осмотрели в присутствии канцлера, многих вельмож и священников, которые были в храме, когда образ снимали со стены. Вскоре царь обнаружил, что в уголках глаз Богородицы проделаны крохотные отверстия, совершенно незаметные, если смотреть на икону снизу вверх. Перевернув образ, царь сорвал холст, прикрывавший доску сзади, и увидел, что в доске, позади глаз, выдолблены углубления, в которых сохранился остаток деревянного масла. «Вот где секрет чудесных слез!» – возгласил царь и позвал присутствующих подойти поближе и удостовериться. Что же оказалось? Пока икона находилась в прохладном месте, масло затвердевало, но во время службы, когда воздух разогревался зажженными под иконой свечами, масло медленно таяло и оттого икона начинала «плакать». Хитроумная выдумка понравилась Петру, и он взял икону для своего кабинета редкостей. Однако то, что изготовивший ее шарлатан возбуждал суеверие, грозившее благополучию новой столицы, не могло не разгневатъ царя. Виновный был найден и «подвергнут столь суровому наказанию, что после этого даже мысль о чем-то подобном никому не могла прийти в голову».
Наряду с просвещением духовенства и искоренением суеверий и шарлатанства Петр задумал привнести поболее благочестия в жизнь российских монастырей и сделать обители полезными для государства. Царь ничего не имел против монастырской учености, идеалов нестяжательства и служения Богу. Сам он еще в молодости совершил паломничество в весьма почитаемый Соловецкий монастырь на Белом море, а в 1712 году основал в Санкт-Петербурге обитель в честь Св. Александра Невского. Однако идеалы идеалами, но царь с великой досадой замечал, что монашеская братия отнюдь не придерживалась образа жизни, подобающего смиренным инокам. В петровское время в России насчитывалось более 557 мужских и женских обителей, населенных 14 000 братьев и 10 000 сестер, причем многие монастыри владели огромными богатствами. В 1723 году за 151 монастырем в окрестностях Москвы числилось 242 198 душ; Троице-Сергиевой лавре – богатейшей из обителей – принадлежало 20 393 крестьянских двора. Монастырские богатства непрерывно росли: многие дворяне и зажиточные купцы жертвовали обителям земли и деньги в расчете на то, что иноки отмолят их грехи.
Монастыри были чрезвычайно богаты, но пользы отечеству, по мнению Петра, приносили очень мало. Они вовсе не являлись оплотом учености и добродетели и зачастую предоставляли в своих стенах убежище дезертирам, беглым крепостным и прочим «дармоедам – здоровым да ленивым врагам Божьим», как презрительно окрестил их Петр. Царь считал многих монахов паразитами, погрязшими в предрассудках и лени, и полагал, что безмерное умножение их в числе, одновременно с упадком благочестия, идет во вред государству.
В 1700 году, после смерти патриарха Адриана, Петр предпринял ряд мер по ограничению влияния монастырей в России. Для управления обителями был учрежден новый орган, Монастырский приказ, во главе которого царь поставил мирянина, боярина Ивана Мусина-Пушкина. Дабы монахи и монахини могли целиком посвятить себя служению Господу, управление всеми хозяйственными и финансовыми делами монастырей было передано этому приказу. Царь решительно сократил приток нового пополнения в монастыри: он запретил принимать постриг дворянам, чиновникам, несовершеннолетним, а также всем, кто не умел читать и писать. Впоследствии правила ужесточились, и всякий желавший дать обет должен был испросить царского дозволения. Одновременно были закрыты вес обители, в которых насчитывалось менее тридцати человек. На их месте возникли приходские церкви или школы, а братию разослали по крупным монастырям.