Война со Швецией близилась к концу, и Петр все чаще задумывался о необходимости дать наконец церкви постоянное управление. «Временное» назначение Яворского местоблюстителем растянулось на восемнадцать лет, а русские архиереи без конца досаждали царю просьбами о поставлении патриарха. Долгое время Петр оставлял эти прошения без внимания, а когда наконец откликнулся, ответ его оказался вовсе не таков, какого ожидали церковники. За годы, прошедшие со времени кончины последнего патриарха, Петр немало поездил по Европе, побывал и в католических, и в протестантских странах и познакомился с принятыми на Западе формами церковного управления. Римскую церковь единолично возглавлял папа, а в протестантских странах руководство церковью осуществляли коллегиальные органы – синоды, ассамблеи или административные советы. Эта-то система и пришлась по нраву Петру. Он уже реформировал гражданское управление, заменив приказы коллегиями, а теперь задумал и церковь переустроить по аналогичному образцу. В конце 1718 года Петр поручил Прокоповичу подготовить проект нового церковного уложения, получившего впоследствии название «Духовный регламент». Этот документ должен был определить на будущее принципы управления Русской православной церковью. Долгие месяцы Прокопович упорно трудился над текстом Регламента, и в том, что этот документ увидел свет, ему, бесспорно, принадлежит основная заслуга, однако каждый раздел проекта внимательно прочитывался, а порой и переписывался самим государем.
В 1721 году царским манифестом «Духовный регламент» был введен в действие, нанеся жестокий удар по столь ненавистной Петру московской церковной старине. Регламентом предписывалось искоренять невежество и суеверия не только среди паствы, но и среди священства, ибо при недостатке просвещения церковь не может обрести и доброе устроение. Епископам было указано завести школы для приготовления священников. Всего за четыре года с момента вступления Регламента в силу было открыто сорок шесть таких училищ. Священникам надлежало изучать богословие и, прежде всего, учиться доказывать истинность православных догматов ссылками на Священное Писание. Но тем дело не ограничивалось: по настоянию Прокоповича, будущим пастырям предстояло изучать историю, политику, географию, арифметику, геометрию и физику. От прихожан Регламент требовал непременного посещения церковных служб: на тех, кто пропускал богослужения или разговаривал в церкви, налагался штраф.
Однако наиболее примечательной особенностью нового Регламента явилось упразднение патриаршества. Во главе Русской церкви было поставлено бюрократические учреждение, названное Священным правительствующим синодом и организованное по образцу коллегий. Синод состоял из президента, вице-президента и восьми членов. Но, по замыслу Петра, Синод был поставлен выше коллегий и приравнен к Сенату. Как и при Сенате, при Синоде состоял особый надзиратель, обер-прокурор, к ведению которого относились все административные вопросы, забота о соблюдении порядка и благопристойности и разбор всяческих свар между членами Синода. Синод контролировал все стороны церковной жизни как собственно духовные, так и хозяйственные, и, по существу, стал министерством по делам церкви, а его оберпрокурор – министром духовных дел.
В пространном вступлении к «Духовному регламенту» Прокопович (за которым стоял сам Петр) так объяснил причину учреждения коллегиального управления церковью и упразднения единоличной власти патриарха: «От соборного правления нельзя опасаться отечеству мятежей и смущения, какие происходят от единого собственного правителя духовного, ибо простой народ не ведает, как разнится власть духовная от самодержавной, но, великого высочайшего пастыря честию и славою удивляемый, помышляет, что таковой правитель есть второй государь, самодержцу равносильный, или еще и более его, и что духовный чин есть другое и лучшее государство. Простые сердца так мнением этим развращаются, что не столько смотрят на самодержца своего, сколько на духовного пастыря, и когда услышат между ними распрю, то все более духовному, чем мирскому, правителю сочувствуют, хотя слепо и пребезумно, за духовного ратовать и бунтовать дерзают, и льстят себя, окаянные, надеждою, что они по самом Боге поборают и руки не оскверняют, но освящают, хотя бы и на кровопролитие устремились».
В течение двух последующих столетий, до 1918 года, управление Русской церковью осуществлялось через Синод на основе «Духовного регламента». Церковь утратила свою независимость – власть государя во всех вопросах, кроме сугубо догматических, была отныне абсолютной и непререкаемой. Принимая сан, священник приносил клятву верности самодержцу, а монархия, в обмен на безоговорочное повиновение, обеспечивала православию положение государственной религии.