Между тем Петр присмотрел, опять-таки среди киевских монахов, подходящего исполнителя своих замыслов, касающихся преобразования церкви. Феофан Прокопович, еще молодой в сравнении с Яворским, но более искушенный в житейских делах, более практичный и несравненно более деятельный, оказался именно тем человеком, который был нужен царю. Это был истинный деятель просвещенного XVIII века, волею судьбы ставший священником. В нем сочетались качества администратора, реформатора, полемиста и, если угодно, пропагандиста, а главное, он полностью разделял взгляды Петра на необходимость модернизации и секуляризации Русской церкви. Для православного священника Прокопович обладал небывалой ученостью – был знаком со взглядами Эразма Роттердамского, Лютера, Декарта, Бэкона, Макиавелли, Гоббса и Локка. Феофан с детства остался сиротой, и его первым учителем был дядюшка, ученый монах из Киевской академии. Затем юноша продолжил образование в иезуитском коллегиуме в Польше, а после отправился в Рим – изучал там теологию. В Риме ему выпало стать свидетелем коронации папы Климента XI. Однако в итоге трехлетнего пребывания в Риме у Прокоповича сформировалась стойкая неприязнь к католицизму и папству. Вернувшись в Киев, он стал преподавать в академии – читал на латыни лекции по философии, риторике и пиитике и первым добился включения в учебную программу арифметики, геометрии и физики. В неполные тридцать лет Прокопович написал пятиактную пьесу в стихах о крещении Руси князем Владимиром. В 1706 году Петр посетил Киев, был в Софийском соборе и пришел в восторг от проповеди, читанной Прокоповичем. В 1708 году, когда Мазепа изменил Петру и сделал ставку на Карла, Прокопович без колебаний стал на сторону русского царя. Киевский губернатор, князь Дмитрий Голицын, отвечая на вопрос Петра относительно лояльности высших киевских иерархов, писал: «Узнать нет ли в ком из монахов подозрения трудно, потому что монахи всех нас чураются, во всем Киеве нашел я только одного человека, именно из братского монастыря префект, который к нам снисходителен». В 1709 году, после Полтавской победы, Петр снова приехал в Киев, где Прокопович произнес в его честь панегирик, превознося царя сверх всякой меры. В 1711 году Феофан сопровождал государя в несчастном для русских войск Прутском походе, а через год, в возрасте тридцати одного года, был назначен ректором Киево-Могилянской академии. В 1716 году Петр вызвал Прокоповича в Петербург, и тот навсегда покинул Киев.
В отличие от Яворского, Прокопович всецело поддержал стремление Петра подчинить церковь государству. Фоккеродт, секретарь прусского посланника Мардефельда, писал, что помимо широчайшей учености, Прокоповича отличает «безмерная преданность благу страны, даже в ущерб интересам духовенства». Неудивительно, что он не находил общего языка с длиннобородыми поборниками патриархальных традиций. Конфликт Прокоповича с рядом видных иерархов обострился в связи с тем, что они поддерживали царевича Алексея. В 1718 году Петр повелел высшему духовенству «учинить суд» над царевичем, 6 апреля, в Вербное воскресенье, Феофан Прокопович произнес пламенную проповедь, возглашая с кафедры, что царская власть установлена Творцом, вооружена мечом Господним и повиноваться ей – святой долг всех подданных без изъятия, а всякое противодействие есть грех перед ликом Господним. Он гневно порицал тех, кто полагал, что духовенству не обязательно верноподданнически служить своему государю. «Многие мыслят, – заявил Прокопович, – что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся: священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве». Вполне понятно, что многие церковники упрекали Прокоповича в низкопоклонстве, честолюбии, вероотступничестве и лицемерии. Когда Петр назначил его архиепископом Псковским, московское духовенство не преминуло обвинить новопоставленного архиерея в протестантской ереси. Это обвинение поддержал и Яворский, однако, когда Петр потребовал представить доказательства еретических воззрений Прокоповича, местоблюститель, оказавшийся не в состоянии их раздобыть, вынужден был отступиться.