Через несколько дней царю представили новые изобличающие улики. Петр распорядился, чтобы Веселовский, посол в Вене, потребовал у императора объяснений, почему царевича принуждали писать в Сенат и духовенству. 28 мая пришел ответ Веселовского. При австрийском дворе поднялся страшный шум. Вице-канцлер граф Шенборн был допрошен по делу в присутствии всех министров, после чего принц Евгений Савойский доложил Веселовскому, что ни император, ни граф Шенборн никогда не приказывали царевичу писать эти письма. Правда заключалась в том, что царевич написал их сам и послал графу Шенборну для передачи в Россию. Шенборн же по своей осторожности писем не отправил, и они остались в Вене. Словом, царевич солгал, да еще впутал в свою ложь имперский двор.
Это было уже слишком. Царевича арестовали и поместили в Трубецкой бастион Петропавловской крепости. Были созваны два верховных суда, один церковный, другой светский, чтобы решить, как поступить с узником. В состав церковного суда входила вся верхушка русской церкви, а в состав светского – все министры, сенаторы, губернаторы, генералы, многие гвардейскою офицеры. Прежде чем начались заседания судов, Петр, как рассказывает Вебер, в течение восьми дней по несколько часов на коленях молил Господа наставить его, как поступить, чтобы сохранить честь и не повредить благополучию страны. Затем 14 июня в зале Сената в Санкт-Петербурге начались слушания. Прибыл Петр в сопровождении духовных и светских членов суда, отслужили торжественный молебен, прося у Бога водительства в сем небывалом деле. Все собрание разместилось за столами, стоявшими в ряд, и тогда распахнулись двери и окна и пригласили публику: Петр хотел, чтобы все слышали, как идет разбирательство. Четверо молодых офицеров под караулом привели царевича, и начался суд.
Петр напомнил собравшимся, что долгие годы он ни разу не пытался лишить сына права на наследование трона. Наоборот, он всеми силами старался «заставить [Алексея] притязать на престол попытками доказать, что он его достоин». Но царевич, повернувшись спиной к усилиям отца, «совершил побег – бежал к императору, прося его помощи и защиты, чтобы он поддержал и помог ему даже военной силой… ради обретения российской короны». Алексей, по словам Петра, признал, что если бы мятежные части в Мекленбурге призвали его, чтобы их возглавить, то он поехал бы к ним даже при жизни отца. «Так что можно судить по всем этим обстоятельствам, что он думал взойти на трон, но не так, чтобы отец ему трон оставил, а своим путем, с иностранной помощью или силою восстания, даже при жизни отца». Кроме того, в ходе следствия Алексей непрерывно лгал и не хотел говорить всей правды. А так как прощение, обещанное ему отцом, зависело от полного и чистосердечного признания, то ныне это прощение недействительно. После обвинительной речи Петра Алексей «признался своему отцу и повелителю, в присутствии всего собрания властей мирских и духовных, что он виновен во всем поименованном».
Петр просил церковный суд – трех митрополитов, пятерых епископов, четверых архимандритов и других высших иерархов – посоветовать ему, что должен царственный отец делать с сим новым Авессаломом. Церковники отчаянно увиливали от прямого ответа. Это дело, утверждали они, не подведомственно церковному суду. Но принужденные Петром дать более основательный ответ, они свидетельствовали, что если царю угодно наказать своего сына, то Ветхий Завет позволяет сделать это (Исход 21, Левит 20: «Аще кто злоречит отцу своему или матери своей, смертию да умрет», и Второзаконие 21: «Аще кому будет сын непокорлив и губитель, не послушали гласа отца своего… да изведут его пред страцы града своего и пред враты места своего… и да побьют и мужи града сего камением и да умрет»). С другой стороны, сказали церковники, если царь желает проявить милосердие, то и тому есть много примеров в учении Христа – достаточно вспомнить притчу о блудном сыне.
Все еще недовольный этим невразумительным вердиктом, Петр обратился к 127 членам светского суда. Он приказал им судить его сына честно и объективно, «не флатируя (или не похлебуя) мне[19] и не опасаясь того, что сие дело легкого наказания достойно, и когда вы так учините осуждением, чтоб мне противно было, в чем вам клянусь Богом и судом Его, что в том отнюдь не опасайтеся, також и не рассуждайте того, что тот суд ваш надлежит вам учинить на моего, яко Государя вашего, сына не льстя нам и без лицеприятия». 16 июня Петр передал суду полномочия судить Алексея как любого другого подданного, обвиненного в измене «по принятой форме и с необходимым розыском» – то есть с применением пыток.