Получив эти распоряжения и заверения, суд призвал царевича в зал Сената и объявил ему, что «они очень опечалены его прежним поведением, но обязаны исполнить свой долг и, невзирая на его личность и на то, что он сын их всемилостивейшего монарха, его допросить». Сначала был допрос под пыткой. 19 июня Алексей получил двадцать пять ударов кнута. Эти страдания не исторгли у него новых признаний, и 24 июня пытку применили вновь. После пятнадцати новых ударов, от которых кровавыми лентами сходила кожа у него со спины, Алексей признался, что говорил своему духовнику, что желает смерти отцу. В этом жалком и униженном положении, готовый признаться в чем угодно, он сказал своему следователю, Толстому, что хотел даже заплатить императору за предоставление иноземных войск, чтобы с их помощью отнять у отца российский трон.
Этого было достаточно. Тем же вечером, 24 июня, высокий суд единогласно и без дальнейших обсуждений, «с сокрушением сердца и слез излиянием» произнес свой приговор. Алексей должен был умереть за «сверх бунтовскаго, мало прикладное в свете, богомерзкое, двойное, родителей убивственное намерение, а именно в начале на Государя своего, яко отца Отечествия и по естеству на родителя своего милостивейшаго». Подписи под приговором составляли почти полный список петровских сподвижников: первым стояло имя Меншикова, за ним – генерал-адмирала Федора Апраксина, канцлера Головкина, тайных советников Якова Долгорукого, Ивана Мусина-Пушкина и Тихона Стрешнева, сенатора Петра Апраксина, вице-канцлера Шафирова, Петра Толстого, сенатора Дмитрия Голицына, генералов Адама Вейде и Ивана Бутурлина, сенатора Михаила Самарина, Ивана Ромодановского, Алексея Салтыкова, князя Матвея Гагарина – сибирского губернатора и Кирилла Нарышкина, губернатора Москвы.
Окончательный приговор зависел от Петра; привести его в исполнение без царского утверждения и подписи было невозможно. Петр заколебался, прежде чем подписывать, но очень скоро события вышли из-под его контроля. Вот как Вебер описывает последний день трагедии: «На другой день, в четверг 26 июня ранним утром царя известили, что тяжкие душевные терзания и страх смерти ввергли царевича в апоплексический припадок. Около полудня другой вестник принес сообщение, что жизнь принца в большой опасности, после чего царь послал за важнейшими людьми своего двора и велел им оставаться при нем, пока третий посланец не сообщил ему, что положение принца безнадежно, он не доживет до ночи и жаждет видеть отца.
Тогда царь, сопровождаемый вышеназванными людьми, отправился к своему умирающему сыну, который при виде отца разразился слезами и, стиснув руки, говорил ему, что он прискорбно и гнусно оскорбил величие всемогущего Господа и царя, что надеется умереть от этой болезни и что даже если выживет, то все равно жизни недостоин, и потому лишь просит отца снять с него проклятие, которое тот наложил на него в Москве, простить ему все его тяжкие преступления, дать ему отеческое благословение и велеть, чтобы молились за его душу.
При этих жалобных словах царь и все присутствующие изошли слезами; Его величество дал трогательный ответ, в немногих словах представил все обиды, кои тот ему нанес, а потом дал ему прощение и благословил, после чего они расстались со многими слезами и причитаниями с обеих сторон.
В пять вечера прибыл четвертый гонец, гвардейский майор, чтобы сказать царю, что царевич крайне желает еще раз видеть его. Сначала царь не хотел исполнить просьбу сына, но наконец окружающие его уговорили, представив Его величеству, как жестоко было бы отказать в этом утешении сыну, который, находясь на грани смерти, возможно, терзается муками совести. Но едва успел Его величество ступить на свой шлюп, чтобы переправиться в крепость, пятый посланец принес весть о том, что принц уже скончался».
Как же на самом деле умер Алексей? Этого никто не знал тогда, не знает и сейчас. Смерть царевича породила слухи и споры сначала в Петербурге, потом по всей России, а потом и в Европе. Петр, обеспокоенный тем неблагоприятным впечатлением, которое эта таинственная кончина могла произвести за рубежом, велел разослать ко всем дворам Европы длинное официальное объяснение случившегося. Особенно он тревожился по поводу реакции французского двора, который он посетил совсем недавно, а потому отправил в Париж курьера с письмом к царскому послу, барону Шлейницу, для вручения королю и регенту. В письме Петр изложил все дело и ход судебного разбирательства с официальной точки зрения: «Светский суд, согласно всем Божьим и людским законам, должен был приговорить его [Алексея] к смерти, и только от нашей монаршей воли и от отеческого милосердия зависело простить его преступления или исполнить приговор. И об этом мы известили царевича, нашего сына.