Как ни жалок был конец Голицына, участь его оказалась легче судьбы других приближенных Софьи. Хотя, как сообщает Гордон, Петр не хотел для своих противников самых суровых наказаний, его окружение, и особенно патриарх, настаивали на этом. Шакловитого приговорили к смерти, и на пятый день после прибытия в Троицу его обезглавили у подножия могучей монастырской стены. Еще двое сообщников были казнены вместе с ним. Троих стрельцов били кнутом и, урезав им языки, сослали в Сибирь. Сильвестр Медведев бежал из Москвы в надежде найти убежище в Польше, но его перехватили, доставили в Троицу, допросили под пыткой. Он признал, что слышал неопределенные угрозы в адрес некоторых сторонников Петра и что написал достойные осуждения хвалебные стихи под Софьиным портретом, но отрицал свою причастность к какому-либо заговору против царя или патриарха. Его оставили в заключении, затем вновь обвинили, страшно пытали огнем и раскаленным железом и, наконец, через два года казнили.
Приверженцы Софьи были сокрушены, но оставалась главная проблема – что делать с самой Софьей? Одна, без друзей, она ожидала в Кремле решения своей судьбы. Под пыткой Шакловитый ни одним словом не указал на причастность Софьи к заговору с целью сместить Петра с престола, а тем более убить. Против нее можно было сказать только, что она знала о замышлявшихся покушениях на некоторых членов партии Петра и имела поползновения властвовать наравне с братьями – по праву рождения, как монархиня, а не на временных основаниях, как регентша. Впрочем, Петру этого было достаточно. Он написал из Троицы письмо к Ивану – жаловался на Софью и предлагал в дальнейшем править государством вдвоем. В письме подчеркивалось, что при коронации царская власть была возложена на них двоих, а не на троих и что участие сестры Софьи в правлении и ее претензии на равенство с двумя помазанниками Божьими были нарушением воли Всевышнего и их царских прав. Петр настаивал на совместном царствовании без ненужного вмешательства «третьего зазорного лица». Он просил разрешения назначать новых чиновников, не испрашивая согласия Ивана в каждом отдельном случае, и заканчивал утверждением, что брат для него по-прежнему остается во всех отношениях старшим: «А я тебя, государя брата, яко отца почитать готов».
Иван беспрекословно согласился. Издали приказ об исключении имени Софьи из всех официальных документов. Вскоре в Кремль приехал посланец Петра, князь Иван Троекуров, и предложил царю Ивану потребовать, чтобы Софья покинула Кремль и перебралась в Новодевичий монастырь на окраине города. На том, чтобы Софья постриглась в монахини, не настаивали; ей предоставлялись уютные, хорошо обставленные покои, с нею отпускали множество прислуги, так что ее ожидала жизнь безбедная и бесхлопотная. Ограничения состояли лишь в том, что ей не разрешалось покидать монастырь, а навещать Софью могли только ее тетки и сестры. Но для Софьи любое, пусть самое роскошное, заключение означало конец всему, что было для нее важно. Власть, деятельность, азарт, игра ума, любовь будут вырваны из ее жизни. Она сопротивлялась и больше недели отказывалась выехать из Кремлевского дворца, но нажим стал слишком силен, и ее со всеми церемониями препроводили в монастырь, в стенах которого ей предстояло прожить оставшиеся пятнадцать лет.
Петр не желал возвращаться в Москву, пока Софья не удалилась из Кремля. Когда же сестра была надежно изолирована, он выехал из Троицкого монастыря, но в пути задержался на неделю, которую провел с генералом Гордоном, устроившим маневры пехоты и кавалерии перед очами государя. Наконец, 16 октября, Петр въехал в столицу по дороге, вдоль которой стрельцы всех полков стояли на коленях в знак мольбы о помиловании. В Кремле царь направился в Успенский собор обнять брата Ивана, а затем, облаченный в царские одежды, появился на Красном крыльце. Впервые этот высокий, круглолицый, темноглазый юноша стоял здесь как хозяин Российского государства.