Измена патриарха нанесла Софье тяжелый удар. Его отъезд послужил примером для многих. Но основная масса стрельцов и видных московских горожан оставалась в городе, не зная, как лучше поступить, и надеясь дождаться каких-нибудь новых подтверждений, что та или другая сторона берет верх.
27 августа Петр сделал следующий ход. Он разослал грозные письма, где повторял требование всем стрелецким полковникам и урядникам немедленно прибыть в Троицкий монастырь с десятком солдат от каждого полка. Другим приказом вызывались многочисленные представители населения Москвы. На сей раз всех неподчинившихся ждала смертная казнь. Эти письма, грозившие неотвратимым наказанием, произвели должное впечатление, и стрельцы под началом пятерых полковников беспорядочной толпой тут же повалили выражать покорность царской воле.
Софья сидела в Кремле, не в силах остановить непрерывный исход к Троице, и ею овладевало отчаяние. В последней попытке покончить дело миром, она решилась сама поехать в монастырь и встретиться с Петром. С Голицыным и Шакловитым, в сопровождении стрельцов, она двинулась к Троице. Но по пути в селе Воздвиженском ее уже встречал друг Петра, Иван Бутурлин, и отряд солдат с заряженными пищалями. Выстроив людей поперек дороги, Бутурлин приказал регентше остановиться. Он сказал, что Петр не желает ее видеть, запрещает допускать ее в Троицу и велит ей немедленно возвращаться в Москву. Возмущенная этой дерзостью, Софья заявила: «Я все равно поеду к Троице!» – и приказала Бутурлину и его солдатам уйти прочь с дороги. В этот момент подъехал еще один из сторонников Петра, молодой князь Троекуров, с распоряжением царя ни в коем случае не пропускать его сестру, даже если для этого понадобится применить силу.
Подавленная и униженная Софья сдалась. Возвратясь в Кремль перед рассветом 11 сентября, она собрала редеющий кружок своих приверженцев. Она была на грани истерики: «Чуть меня не застрелили! В Воздвиженском прискакали на меня многие люди с самопалами и луками. Я насилу ушла и поспела к Москве в пять часов. Затевают Нарышкины с Лопухиными извести царя Иоанна Алексеевича, и до моей головы доходит. Соберу полки и буду говорить им сама. Вы послужите нам, к Троице не уходите. Я верю в вас! Кому и верить, как не вам, старым? Пожалуй, и вы побежите! Целуйте лучше крест! – И Софья каждому протянула крест для целования. – Теперь, если вы попробуете перебежать, крест вас не пустит. Если из Троицы принесут грамоты, сами не читайте. Несите их во дворец».
Завладев инициативой, Петр и его советники не собирались ее упускать. Через несколько часов после возвращения Софьи в Москву из Троицы прибыл полковник Иван Нечаев с грамотами к царю Ивану и регентше Софье. В них объявлялось о существовании заговора против жизни царя Петра и были поименованы главные заговорщики, Шакловитый и Медведев – предатели, которых следовало на месте арестовать и доставить в Троицу, к Петру на суд.
Грамоты эти, врученные дворцовому подьячему у подножия Красной лестницы, вызвали потрясение, волной прокатившееся по всему дворцу. Чиновники и офицеры, стоявшие за Софью в надежде, что она либо победит, либо добьется компромисса, теперь ясно поняли, что впереди их ждет крах или смерть. Даже стрельцы, которые не совсем потеряли преданность регентше, заворчали, что не станут покрывать предателей и что заговорщиков надо выдать. Софья велела привести полковника Нечаева, доставившего столь некстати царские грамоты, и на него обрушилась вся буря ее ярости. Трясясь от бешенства, она спросила: «Как смел ты взять на себя такое поручение?» Нечаев отвечал, что не решился ослушаться царя. В неистовстве Софья приказала отрубить ему голову. К счастью для Нечаева, в эту минуту не нашлось палача, а потом в суматохе о полковнике забыли.
Софья, одинокая, загнанная в угол, в последний раз попыталась сплотить вокруг себя приверженцев. Выйдя на Красное крыльцо, она обратилась к толпе стрельцов и горожан на площади. Гордо вскинув голову, она бросила вызов Нарышкиным, а затем просила собравшихся не оставлять ее: «Злые люди рассорили меня с братом, подговорили других, подобных злодеев, разгласить о заговоре на жизнь младшего царя, и зачинщиком умысла, которого вовсе не было, выставили Федора Леонтьевича Шакловитого, из зависти к его добрым заслугам, не умея ценить его неусыпных трудов о благе государства. Я сама хотела, для открытия истины, присутствовать при розыске и ездила к Троице; но брат, по наущению злых советников, отверг меня и к себе не допустил: я принуждена была возвратиться со стыдом и срамом. Вам самим хорошо известно, как я более семи лет правила государством; я приняла правление в самое смутное время; заключила славный вечный мир с соседними христианскими государями и в ужас привела врагов святой веры двумя знаменитыми походами. К вам я всегда была милостива, щедро вас награждала; докажите же мне свою преданность: не верьте наветам врагов мира и спокойствия; они хотят погубить не Шакловитого, а меня: они ищут моей собственной головы и жизни моего родного брата!»