Сесл и королевский Тайный совет знали о приготовлениях Эссекса. Рэли получил приказ удвоить стражу в Уайтхолле. Эссексу было послано письмо, в котором содержалось приглашение прийти на заседание Тайного совета. Эссекс отказался это сделать, сославшись на болезнь, но вечером того же дня его видели в театре.
В воскресенье, 8 февраля, произошел странный инцидент на Темзе. Рэли попросил Фердинанда Горгса, начальника форта в Плимуте, встретиться с ним и пригласил его в свой лондонский дом. Горгс приходился родственником Рэли, но был в приятельских отношениях с Эссексом. Эссекс разрешил Горгсу встретиться с Рэли, но не в доме последнего, а на реке и предложил взять с собой двух человек.
Рэли согласился и отправился на встречу с Горгсом на лодке без сопровождающих. Когда они встретились, Рэли посоветовал Горгсу, если тот не хочет оказаться в тюрьме, поскорее вернуться в Плимут. Горгс, в свою очередь, сказал Рэли, что если он дорожит жизнью, то пусть поспешит спрятаться. В это время с берега раздалось четыре выстрела. Стреляли в Рэли, но все пули пролетели мимо. Горгс немедленно покинул Рэли, посоветовав ему поскорее плыть к противоположному берегу реки.
Между тем перед дворцом Эссекса в Лондоне с раннего утра стали собираться вооруженные люди. К 10 часам их было уже до трех сотен. К Эссексу прибыли лорд Кинер, главный судья Попхэм, Уильям Ноллис и граф Уорсестер, которые от имени королевы спросили Эссекса, почему у него собралось столь большое число вооруженных людей. Но вместо ответа посланцев Елизаветы схватили и заперли во дворце. Сторонники Эссекса начали призывать его к немедленным действиям: «Вперед, наш лорд! Наш лорд, не теряй времени!» Потом они выбежали на улицу и, предводительствуемые Эссексом, направились в Сити.
Эссекс, обращаясь к толпившимся на улице людям, призывал их присоединиться к нему, но ответом ему было гробовое молчание. Испарина выступила на его лбу, лицо исказилось от ужаса. Граф понял, что это конец.
Эссекс бросился к своему дворцу. Он обнаружил, что все четыре пленника освобождены, а здание окружено войсками, к которым вскоре присоединилась артиллерия. Лорд-адмирал Хоуард угрожал начать бомбардировку дворца в случае сопротивления Эссекса и его сторонников. К вечеру Эссекс сдался. Его заключили в Тауэр.
Ближайшие его сподвижники были немедленно казнены. Суд над Эссексом начался 19 февраля. Одним из главных обвинителей выступил Фрэнсис Бэкон.
Суд обвинил Эссекса в государственной измене и приговорил к повешению с последующим извлечением тела из петли и четвертованием. Казнь состоялась 25 февраля 1601 г. Принимая во внимание его ранг, первоначальный приговор был изменен, и Эссексу отрубили голову.
Теперь вторым после королевы лицом в Англии стал Сесл.
Что касается Рэли, то два года, последовавшие после казни Эссекса, он вел довольно деятельную жизнь, энергично занимаясь и государственными делами, и своими собственными, и наукой.
Королева все чаще болела, особенно в течение 1602 г. Смерть ее наступила в Ричмонде 24 марта 1603 г. 5 апреля, получив официальное извещение от Сесла о смерти Елизаветы, король Шотландии Яков VI, теперь уже английский король Яков I, направился в Лондон.
Известие о смерти королевы настигло Рэли в Западной Англии, и он немедленно возвратился в столицу. В отношении нового монарха он вел себя весьма лояльно, но завладеть его расположением не мог. Первый раз Рэли встретился с Яковом I в апреле, а затем в мае. Король был с ним очень холоден. Тайный совет сообщил Рэли, что он освобождается от должности капитана королевской гвардии. Затем Рэли узнал, что лишен предоставленных Елизаветой прав на монопольную торговлю вином. У него отобрали по приказу короля дворец в Лондоне.
В середине июля Рэли прибыл в Виндзор для участия в королевской охоте. На террасе дворца к нему подошел Сесл и сказал, чтобы Рэли пришел на заседание Тайного совета. На заседании его спросили, что ему известно о заговоре против Якова I и каково его участие в этом деле. Рэли ответил, что ничего не знает о заговоре. Несмотря на это, его сначала посадили под домашний арест, а затем отправили в Тауэр.
Заговор действительно был, и даже не один. Нет сомнений в том, что Рэли что-то слышал о них, поскольку в заговоры были втянуты люди, связанные с ним родственными или дружескими связями. Но сам Рэли никакого участия в них не принимал.
Как только обнаруживался какой-либо заговор против Якова, еще до начала следствия первым называлось имя Рэли как ведущего заговорщика. Считалось само собой разумеющимся, что столь сильный человек, как Рэли, многократно и очень серьезно обиженный королем, не мог не выступить против пего, хотя Рэли никогда не нарушал своей верности монарху.