«Одному из пиратов пробили стрелой плечо, — пишет Эксквемелин. — Кляня все на свете, он вытащил ее, схватил кусочек ситца, который был у него в кармане, обмотал стрелу и сунул ее в огонь. Стрела вспыхнула, он забил ее в ружье и выстрелил в один из крепостных домиков, покрытых пальмовыми листьями. Его товарищи поступили так же. Вскоре они изловчились и подожгли два или три дома. Испанцы были так увлечены обороной, что даже не заметили, как занялась у них над головой крыша; от пожара взорвалась часть порохового запаса, и много испанцев погибло. Пираты, завидя взрыв, стали наступать еще яростнее, но пожар не поколебал испанцев, они стали гасить огонь. Однако воды им не хватало, чтобы остановить пламя. Как только пираты заметили, что огонь усилился и перешел на другие дома внутри крепости, они догадались, как зажечь ее и снаружи. Сначала они пытались поджечь палисады. Однако дело это оказалось тяжелым, и пираты понесли большие потери. В ров, куда спустились пираты, испанцы бросали горшки с порохом, вставляя в эти бомбы горящие фитили. Много пиратов погибло. Но остальные шли на штурм, несмотря на сопротивление испанцев. К ночи палисады охватил огонь, и пираты ползком пробирались через завесу пламени. К утру все палисады сгорели дотла. Земля начала оседать в ров, а вместе с ней стали отваливаться и пушки. Губернатор крепости отдал жестокий приказ: несмотря ни на что, ни один человек не должен был покидать свой пост. Он велел подкатить к бреши, образовавшейся от пожара, новые пушки и продолжать стрельбу. Однако, когда укрытий не стало, испанцы пали духом. Пираты, ослепленные яростью, уже не могли приметить ни одного защитника крепости — то ли они где-то прятались, то ли уже бежали.
Между тем огонь разрастался. Как только была прорублена большая брешь, пираты сами стали тушить пламя, засыпая его землей. Часть пиратов принялась тушить пожар, часть пустилась преследовать врага… Около полудня пираты прорвались через брешь, и, хотя огонь все еще пылал, губернатор с оставшимися двадцатью пятью солдатами сопротивлялся, причем те, кто уже не мог стрелять из ружей, дрались пиками или кидали в пиратов камни. Однако, несмотря ни на что, пиратам удалось проникнуть в крепость и овладеть ею. Оставшихся в живых добили без пощады. Их сбросили в ров, где они переломали себе кости. Губернатор отступил к арсеналу, там стояли еще две пушки. Он решил защищаться до конца и не сдавался, поэтому пиратам пришлось убить его».
По информации панамского губернатора, флибустьеры проникли в крепость «через пост, называемый Сан-Антонио, и выстрелили из пушки, заряженной мушкетными пулями, чем нанесли огромный урон, положив конец исполнению обязанностей коменданта, лейтенанта и всех тех солдат, которые не захотели просить пощады».
При захвате Сан-Лоренсо, по данным Эксквемелина, флибустьеры потеряли больше 100 человек, около 60 человек было ранено. Фогг сообщает, что в бою пали капитан Брэдли, его заместитель Пауэлл и 150 человек. Из отчета Моргана следует, что испанцы потеряли 360 человек, «тогда как наши потери составили 30 убитыми и 76 ранеными, среди них — храбрец Брэдли, который умер [от ран] спустя десять дней». Немногим уцелевшим пленникам велели перенести трупы испанцев с горы в долину и там похоронить их. Раненых испанцев отнесли в церковь, в которой укрывались женщины.
Спустя неделю Морган, все еще находившийся на Санта-Каталине, приказал грузить на суда провиант и сниматься с якорей. Выйдя в открытое море, пиратский флот отправился к крепости Сан-Лоренсо. «Он достиг ее на восьмой день после захвата крепости, — рассказывает Эксквемелин. — Как только Морган увидел над крепостью английский флаг, он тут же вошел в реку. Но его корабль [ «Сэтисфекшн»] и еще три судна наскочили на утес в самом устье реки. Правда, Морган не потерял ни одного человека. У пиратов не было времени, чтобы перенести грузы на берег, устранить последствия аварии: внезапно налетел северный ветер, разбил суда в щепки и выбросил их на берег».
Согласно отчету Уильяма Фогта, «при проходе через отмель адмиральский корабль, который был остановлен встречными ветрами, и еще шесть малых судов потерпели крушение, и десять человек утонуло».
Отремонтировав с помощью пленных испанцев и негров-рабов форт Сан-Лоренсо, Морган решил не мешкая готовиться к походу через перешеек. Пираты снарядили несколько захваченных близ устья реки Чагрес плоскодонок и установили на каждую из них по несколько пушек, а также спустили на воду все каноэ, которые имелись на борту кораблей.