После полудня Морган приказал тайно поджечь дома, чтобы к вечеру большая часть города была охвачена пламенем. Пираты же пустили слух, будто это сделали испанцы. Местные жители хотели сбить огонь, однако это им не удалось: пламя распространилось очень быстро; если загорался какой-нибудь проулок, то спустя полчаса он уже весь был в огне и от домов оставались одни головешки… Внутри многие дома были украшены великолепными картинами, которые сюда завезли испанцы. Кроме того, в городе было семь мужских монастырей и один женский, госпиталь, кафедральный собор и приходская церковь, которые также были украшены картинами и скульптурами, однако серебро и золото монахи уже унесли. В городе насчитывалось две тысячи отличных домов, в которых жили люди иных званий; было здесь много конюшен, в которых содержались лошади и мулы для перевозки серебра к Северному берегу… Кроме того, там был великолепный дом, принадлежащий генуэзцам, и в нем помещалось заведение, которое вело торговлю неграми. Его тоже сожгли. На следующий день весь город превратился в кучу золы; уцелели лишь двести складов и конюшни: они стояли в стороне. Все животные сгорели вместе с домами, и погибло много рабов, которые спрятались в домах и уже не смогли вырваться наружу. На складах пострадало много мешков с мукой, после пожара они тлели еще целый месяц».
Согласно испанским данным, город был подожжен по приказу дона Хуана Переса де Гусмана; при этом пожар не затронул здания Королевской аудиенсии и Бухгалтерии, особняк губернатора, монастыри Ла-Мерсед и Сан-Хосе, отдельные жилища на окраинах и около 300 хижин негров — погонщиков мулов из предместий Маламбо и Пьерда-Видас.
Всю ночь флибустьеры простояли в окрестностях Панамы, а на рассвете снова вошли в город — точнее, в то, что от него осталось. Раненых доставили в церковь одного из монастырей, вокруг которой устроили арсеналы и установили орудийную батарею. Проведя смотр войскам, Морган и его офицеры констатировали, что во время захвата города погибло около 20 человек и примерно столько же было ранено.
На седьмой день пребывания в Панаме Морган послал отряд в 150 человек в крепость Сан-Лоренсо-де-Чагрес, чтобы известить ее гарнизон о победе. Остатки испанских войск, стоявшие за городом, не рискнули напасть на этот контингент.
Во второй половине дня, разместившись в немногих уцелевших зданиях, флибустьеры еще раз обыскали пепелище и колодцы, в которых надеялись найти спрятанную серебряную посуду и слитки серебра. Днем позже два отряда по 150 человек каждый отправились в окрестности Панамы на поиски сбежавших жителей. Они вернулись через два дня, приведя с собой 200 пленников — мужчин, женщин, детей и негров-рабов. Тогда же посланное Морганом судно под командованием капитана Роберта Сирла вернулось в порт с тремя захваченными призами, однако галеон «Сантиссима Тринидад» (капитан — Франсиско де Перальта), груженный королевским серебром, сокровищами самых богатых жителей Панамы и ценной церковной утварью, был упущен.
«В то время как часть пиратов грабила на море, — читаем у Эксквемелина, — остальные грабили на суше: каждый день из города выходил отряд человек в двести, и, когда эта партия возвращалась, ей на смену выходила новая; все они приносили большую добычу и приводили много пленников. Эти походы сопровождались невероятными жестокостями и всевозможными пытками; чего только не приходило в голову пиратам, когда они допытывались у всех без исключения пленников, где спрятано золото…
Морган, пробыв в Панаме недели три и добросовестно разграбив все, что попадалось ему под руку на воде и на суше, отдал приказ готовиться к отъезду.
Каждый отряд должен был достать мулов, чтобы перевезти добычу к реке, протекавшей примерно в восьми милях от города Тем временем около ста пиратов Моргана стали готовить к отплытию корабль, который стоял в гавани; пиратам хотелось еще кого-нибудь ограбить в этих водах, и, кроме того, они рассчитывали захватить большой корабль и на нем возвратиться через Восточные Индии в Европу… Их приготовления увенчались бы успехом, если бы об этом не узнал сам Морган. Он приказал срубить на этом корабле мачты и сжечь их, то же самое сделать и с барками, которые стояли неподалеку; таким образом, все планы этих пиратов были сорваны. Тем временем привели мулов, и Морган послал одного пленного испанца, чтобы тот доставил выкуп за женщин, детей и рабов, а также за монахов, которые были оставлены в качестве заложников за всех их собратьев. Одновременно Морган приказал заклепать все орудия и сжечь лафеты. За два дня до выхода он послал особый отряд, который должен был добыть сведения о губернаторе Панамы; он узнал от пленных, что губернатор собрал большие силы и устроил много засад, с тем чтобы отрезать пиратам путь к отступлению. Однако пираты, возвратившись, сообщили Моргану, что они не обнаружили никаких укреплений; несколько пленников, которых они прихватили с собой, сказали, что губернатор хотел собрать большой отряд, однако все разбежались и его замысел не осуществился из-за нехватки людей».